1868年，英商「怡記洋行(Elles &
Co.)」違反禁令私購樟腦準備運往海外，遭到官府查扣，最終擴大為國際糾紛，史稱「樟腦事件」。英方以武力為後盾，逼使清政府達成協議，除開放樟腦自由貿易並止民眾誹謗基督教、承認傳教士在台灣各地有傳教居住的權利等。在得到法定協議的保護後，馬雅各帶著剛剛完婚不久的妻子重返台南，開設醫館與禮拜堂。這間醫館就是今日新樓醫院的前身。
1871年，馬雅各在台灣的服務任期屆滿，返回英國。值得一提的是，馬雅各的兩個兒子在耳濡目染下，長大後也投身醫療宣教工作。長子馬約翰(Jhon Praston Maxwell，1871～1961)在中國大陸行醫；次子馬雅各二世(James Laidlaw Maxwell Jr.，1873～195l)則跟隨父親的腳步來到台灣，出任新樓醫院院長。父子3人均從事醫療宣教工作。
馬雅各曾說：「如果我還有其他的孩子，也願意奉獻給上帝。」他認為在台灣將近7年多的時間，是他一生中最美好的時光；而對台灣來說，馬雅各帶來的西方醫學概念與技術，則為台灣現代醫療打下重要的基礎。
出生於英國蘇格蘭的馬雅各(James Laidlaw Maxwell)，畢業於愛丁堡大學(University of Edinburgh)。學成後，在伯明罕總醫院(General Hospital, Birmingham)擔任駐院醫師。事業起步的同時，馬雅各得知長老教會(Presbyterian Church)尋找有醫學背景的傳教人才前往台灣，雖然他當時對台灣一無所知，卻下定決心放棄在英國優渥且光明可期的前途，主動向教會申請到台灣服務。
馬雅各在公元1865年被派往台灣。經過考察後，馬雅各認為府城台南最適合作為在台傳教的起點和中心，一面行醫一面傳教，這是台灣首次引進西式現代醫療的紀錄。當時台灣民間的醫療觀念還十分保守，馬雅各開始行醫後不久就傳出他挖取人的眼睛和心臟做成藥，造成騷動並包圍看西街醫館。
馬雅各只得放棄醫館，轉往駐有英國領事館的旗後(今高雄旗津一帶)，繼續行醫傳教。雖然在旗後的醫療傳教工作進展順利，但馬雅各對於在府城傳教的推動卻念念不忘。
馬雅各醫生是蘇格蘭人，出生於1836年3月18日，畢業於愛丁堡大學（Edinburgh
University）。在學中他不僅完成了醫學課程，也修讀理則學、倫理學、數學及自然哲學（物理學）均獲榮譽，是个優等畢業生。他也曾在柏林及巴黎的醫學院深造，其醫學博士論文主題特別專注在血癌研究方面。在伯明翰總醫院（General Hospital Birmingham）服務，是該院卓越的醫生。他也擔任寬街教會（Broad Street Church）的長老，後來上帝呼召他。
1862年底，他毅然決然辭去伯明翰醫院醫生的職位，向英國長老教會海外宣教委員會提出申請，欲成為派往台灣的海外醫療宣教士，當時他祇有 27 歲，正值人生的黃金時代，因他的愛心事奉而得眾會友敬愛。
1863年夏，英國長老教會大會，聽其海外宣教會主席哈密爾敦的報告云：“在伯明翰總醫院服務的馬雅各醫生，業己接受擔任派往中國宣教士之一員”。
1863年8月，年輕的馬雅各醫生辭別了未婚妻及親人，由杜嘉德牧師（Rev. Carstairs Douglas）陪同，自英國搭乘“波羅乃西”（Polonaise）號輪船出發，繞過好望角，渡印度洋，經過將近140天在船上的艱苦與不適，於12月４日安全抵達中國上海。參觀了教會與醫院，見教會前輩宣教士之後，於1864年1月２日前往廈門宣教區。
在廈門時馬雅各醫生積極學習廈門和臺灣通用的語言，同時參觀醫療傳道的工作，以準備到臺灣宣教。可是當時英國長老教會海外宣教委員會規定，派往海外地區宣教的宣教士必須是包括一名已受封立的牧師，馬雅各醫生不過是一名平信徒醫療宣教士，因此他必須要有受封立的宣教士陪同，才能進行臺灣的宣教工作。對於這個限制，馬雅各醫生相當不以為然，他認為只要懂得語言，又有本地傳道人的同行協助，就能獨擋一面；但是礙於規定，只好耐心等候。
1864年10月5日，為了考察將來的宣教區，杜嘉德牧師和馬雅各醫生，由僕人吳文水及兩位廈門信徒陪同，搭乘德輪三桅帆船“Chusan”號抵達打狗（高雄港）。他們先在附近巡視一週，看到1859捲土重來的天主教在前金建堂的艱辛。步行到府域（臺南府），在城裡住了一週之後便回打狗，途中也在埤頭（鳳山）住了一天。卅日返抵廈門，再經過半年多的籌備，於1865年5月，馬雅各醫生正式前往臺南府城。
1865年（清同治四年）5月28日（禮拜日），30歲的馬雅各醫生和三位助手——老僕吳文水（看守教會與醫館）、漳州傳道陳子路和配藥師黃嘉智，由杜嘉德牧師陪伴下，自廈門搭輪船“META”號駛往打狗（高雄港），從旗後上岸。6月16日馬雅各在臺南府城西門外看西街（現今台南市仁愛街 43 號）租屋，前面為拜禮堂，後面做為醫館開始醫療與傳道的工作，此為英國長老教會在台灣設教的紀念日。
馬雅各是一位熱心愛主的青年醫生，秉持單純善良的心，要將基督的福音傳給當時他認為黑暗、蠻荒、迷失的異邦──臺灣。但事與願違，他原以為會受歡迎及被接受，奈何不久就發生迫害事件，受到當地百姓的反對，造謠說馬醫生是取人心肝、挖人眼睛去做藥，因此全城搖動。當時臺灣人民又普遍有仇外的心理，雖然基督教是帶著“愛與和平的福音”來臺，卻很難與外國的軍事干預、經濟侵略及不平等條約劃清界限，甚至認為宗教是挾著侵略者的優勢而強行介入，因此對外國人都不懷好意且恨之入骨。雖然當時國人所憎恨的不是宣教士，而是整個“洋鬼子”，所以認為對教會的迫害只是一種“攘夷”行動而已。
1865年7月9日，城民欲前往拆屋，老僕吳文水見勢不妙前往城中見縣令訴狀，於是縣令立刻親臨，諭旨安民，請馬雅各遷居，否則會引起更大的擾動。在不得已的情況下，馬雅各行醫傳道不及24日便遷移到有英國領事保護的旗後，租三間房間做醫院與禮拜堂，繼續其醫療與傳道的事工。這起迫害事件並沒有打倒馬雅各的獻身之心志，雖然缺乏同工又受阻擾，導致福音事工停滯不前，但上帝仍有祂的旨意與帶領。
1865年11月，馬雅各與臺灣府海關的朋友必麒麟先生（Pickering）前往臺南東北山區（現今新市、崗仔林一帶）拜訪 SIRAYA（西拉雅）平埔族人。他們被平埔族人視為記憶中的荷蘭“紅毛親戚”，而受到熱情款待。馬雅各也覺得平埔族人較為單純，漢人則自負保守，所以宣揚福音可能向平埔族人來進行較容易被接納，這也是他日後傳福音的一線希望。
1866年在旗後的醫療傳道，持續發展，不但信徒人數增加到40名，三塊厝佈道所也有進展。杜嘉德牧師回去廈門後又差遣宣為霖牧師（Rev. William S.Swanson）來臺協助馬雅各約五個禮拜。8月12日宣牧士在旗後新的禮拜堂為四名信徒施行洗禮，他們分別是埤頭人陳齊、醫生助手陳清和、高長及陳圍，並舉行聖餐儀式，這或許是長老教會首次在臺舉行的聖典禮。
雖然在旗後與埤頭的醫療傳道事工大有進步，但馬雅各醫生念茲在茲仍是台灣府的宣教事工。當時馬醫生一面要照顧旗後醫館的經營，還要主持禮拜，並兼顧新分設的埤頭教會，可說是分身乏術；幸好得到神的安排，於1867年12月13日主差遣李庥牧師夫婦（Rev. Hugh Ritchie）自英國來臺協助馬雅各。他們的到來，確實讓馬雅各鬆了一口氣。
1868年3月中旬，馬雅各經由廈門及汕頭前往香港和他的未婚妻Miss Mary Anne Goodall結婚，完成終身大事。5月2日夫婦倆自香港返回臺灣。但接踵而來卻又發生更嚴重的“埤頭迫害事件”。此事件幕後策略者是清廷宮吏，鼓動民眾拆教堂，毆打信徒，並要將宣教士趕出臺灣。此事引起英國發動砲艦佔領臺灣府的安平港與砲臺，迫使清廷接受和約之條款，其中包括基督教的傳教自由。馬雅各見到重返臺灣府城的機會即將來臨，就積極處理善後事宜。他把打狗、埤頭的宣教事工交給李庥牧師，醫療方面則請 Patrick Manson 醫生前來臺灣照料。
1868年12月26日，馬雅各與吳文水重返臺南府，典借了二老口街許厝的公館（現今啟聰學校博愛堂附近），部份充為住宅，餘為診所及病房。又在亭仔腳街租一棟房屋為福音及培育信徒之用，也就是後來俗稱的“舊樓”醫院（即今日臺南“新樓”醫院的前身）。此時臺灣人已漸漸能接受西方傳教士帶來的現代化醫療，馬雅各可以說是近代醫療傳入臺灣的先驅者。1897年馬雅各又回臺灣臺南建造新樓醫院，並於1900年落成。該醫院為臺灣首座西式醫院。而馬雅各與其次子，俱在此醫院終生行醫。
除此之外，馬雅各還推行白話字運動與翻譯新約聖經。當時信徒幾乎是文盲，懂漢字的人不多，如何培育信徒靈命就是從讀聖經開始。馬雅各在一次偶然機會發現平埔族所使用的契約書（俗稱蕃仔契），有流傳甚久之荷蘭拼音的羅馬字，他從這得到靈感，決定以羅馬字拼音的臺灣話白話字運動，來推行信徒培育，並且著手翻譯新約聖經，這些都是極大的貢獻。
1870年是馬雅各醫生任期最後的一年，雖然回到臺南府城只有一年，但他所播福音的種子己廣佈南臺灣。有許多患者得到他醫治後到處宣揚，於是遠近馳名，求醫者越來越多，並將在醫館所聽到的福音，帶回鄉里傳揚，成為日後設立教會的種子。
1871年，德馬太醫生（Dr. Dickson）來臺灣接替馬雅各的工作，使他得以暫時休息。1871年11月，馬雅各離開臺灣返回英國，但他所建立的宣教事工並未就此結束，反而更如荼如火的展開。
1871年11月回國後，馬雅各患背椎病休息十多年，於1884年重返臺南府城住一年之久。不幸馬夫人生病，只好帶她回國，從此再未來臺灣。1918年1月23日馬雅各失去了與他相隨五十年的愛妻，安葬於Plaistow,st.Mary’s墓園。
年老的馬雅各喪妻之後越形孤單，終於在1921年3月6日蒙主恩召安息主懷，享壽86歲。四天後適逢巴克禮博士回國休假，特為馬雅各醫生主持喪禮，並安葬於Plaistow,st.Mary’s墓園，與馬師娘同穴。他們育有二子，都是醫生。長子在中國大陸永春行醫，次子繼承父志來臺灣在新樓醫院工作，也就是馬醫生二世或稱年青的馬醫生。
長子馬約翰 （Dr. John Praston Maxwell，1871-1940）是位婦產科醫生，於1899年受派到廈門漳浦醫院服務（二十八歲）。因他的加入，使醫院快速增長，住院病人由數百人增至千人之多。五年後，1904年他到位于偏遠山區的永春聖教醫院服務，推動醫療現代化，引進X光機，使醫院具備一流水準。他亦常在醫院的禮拜聚會中講道，開設查經班，十五年光陰完全奉獻給醫院。1919年他受聘於全國第一醫學中心的北京協和醫院為婦產科主任達二十一年，直到1940年退休返國。他一生在中國醫療傳道共四十一年之久。
次子馬雅各二世（Dr. James
Laidlaw Maxwell Jr.1873-195l）是位專長於痳瘋病之名醫。1901年受派為駐臺傳道師（二十八歲），任職於他父親在三十六年前所創設的新樓醫館。他與當護士的妻子共同投入醫療工作，以現代化醫療設備及對病人的親和力，為一向保守的臺灣社會所接受和信任，住院人數很快增至數倍。
他常帶助手、藥品，作環島巡迴醫療傳道，深入原住民區，尤著重阿美族的宣教（他曾向英國母曾提出對阿美族的宣教運動，但因歐戰爆發，英國母會無力拓展大規模的新工作而未果）。1915年第一次世界大戰時，他被徵往戰地醫院服務，大戰結束後，再度來臺。新樓醫館因戰爭呈現衰退，他到來後立即重整醫館，使其繼續發展。1923年他應中國“博醫會”之聘請前往上海出任該會執行幹事；1937年又出任中國紅十字會總幹事；1940年因腳疾而返國。
1944年他再度到中國杭州近郊一所痳瘋醫院，以其專精技術，醫治病人。1951年因一場急性傳染病去世於杭州，享年七十八歲。
保羅在特羅亞看見異象，有一馬其頓人懇求說「到馬其頓來幫助我們」，即想要往馬其頓去，以為上帝召我們傳福音給那裏的人聽（使徒行傳16章8至10節）。台灣即將開埠的消息傳開，有誰肯到台灣傳福音？
英國長老教會往廈門已有宣道站，1858年其資深宣教師杜嘉德（Carstairs
Douglas），在夏天搭船從寧波南下，曾在靠近台灣北角停航了一、二天，記下：「此島山嶺的美麗，吸引了我，雖然沒有機會親訪田禾豐茂人口眾多的平地」（據他10月24函）
1860年（咸豐10年），杜嘉德牧師偕駐汕頭的金輔爾牧師（Hur
Libertas Mackenzie），並由兩位信徒陪同，從廈門搭「亞細亞號」三檣帆艦抵滬尾（淡水），並訪問了艋舺。
他曾記載此行經過云：「我們於9月19日離開廈門，24日安抵本港（指淡水港）。我們帶來廈門信徒兩位及書冊甚多。上禮拜在這區傳福音。我不大清楚荷蘭人二百年前佔據此島時是否在這裡傳道過，但我相信這是那時以來首次在島上傳揚福音。船隻所停留的地，外國人稱之為淡水，本地人稱滬尾，有幾條蜿蜒長街，人口可能有四五千，但在短短幾天的逗留，是很難作正確的估計。我們還訪問過艋舺，是附近唯一的大市鎮，在淡水上游約10哩，處於一片美麗的平地，四面為山嶺所包圍，祇有若干河流的缺口……整個地區為福建漳廈一
帶來的移民，講閩南話，而全島也以閩南語為普遍。為了這個理由，且此地時有外國船隻和當地人民接觸，似乎應該由廈門已經建立的教會來擔任傳道工作。跨過海峽，仍通行着同樣的語言，覺得很不平常。在大陸隔了一百哩，就使我們覺得言語不通了。因此，我們耳中似乎聽到一種強烈的呼召：『到這裡來幫助我們』，直到福音在這裡發揚光大起來」（據杜嘉德在是年10月1日在亞細亞號船上所寫的信）。
杜嘉德就屢次寫信向母會鼓吹到台灣去傳教，而母會傳道委員會也終於批准了台灣宣教的方案，起初的計劃，規模甚小，先派二位宣教師，其中一位須有醫藥技術。
明有德牧師（Hugh
MacmiIlan） 於1953年刊「台灣今昔」（Then
till now in Formosa），於1963年增訂為「在台灣的最初一世紀」（First Century in Formosa）；兩書在其第3章談起近代宣教的開始，就以1860年杜嘉德的訪台為首，並附有杜嘉德1862年3月11日自廈門發出鼓吹在台傳教函件的影照一張。
杜嘉德牧師（Rev. Carstairs Douglas），生於1830年12月27日，父親是牧師，有6子，嘉德排行第六。1851年格拉斯爾大學畢業，1855年在愛丁堡自由教會神學院（Free Church College, Edinburgh）完成神學課程。
1855年2月21日，杜嘉德在格拉斯哥聖馬太自由教會，受按立為英國長老教會宣教師。3月與開拓宣道家賓威廉牧師（W.C. Burns）同搭「挑戰者號」（Chalenger），赴香港，再轉上海，在旅途中得前輩之指導受益匪淺。6月赴廈門，原駐廈的牧師James Johnson，於其幾週前因病離開，所以他必須孤軍奮戰。
當時在廈門，除英國長老會外，尚有倫敦宣道會及美國歸正教會的宣道站。三會的教勢，據杜嘉德是年年終報告，生存成人會員人數，倫敦會136，歸正100，而長老會47，總共283；其中婦女在倫敦會有39而歸正會也差不多同數。
在廈門，出外佈道，牧養教會，教導學生，研究語言，忙碌異常，因而其容貌，較其實際年齡蒼老。他曾編過「漳泉神詩」（其所編的詩詞多首仍可見於台灣基督長老教會「聖詩」），其於1873年刊行的「廈英大辭典」，是斯界古典權威著作（為此格拉斯哥大學頒贈他博士學位）。
廈門為閩南要津，泉漳汀龍永中樞，南洋門戶。福音自廈門漸入內地。台灣的傳教，也由廈門而來者，而杜嘉德就是其首倡者。
在廈門的教會合一運動，因為教會的分門別戶，有神學基礎異同及歷史沿革，但外人總難相信是同屬一主。歸正會，本屬長老會系統，採長老執事制，制度上差別不多，因而在廈門的歸正會及英國長老教會的會堂，於1862年4月1日開會組合「泉漳長老大會」。實際上是今中會，就是長老會所稱Presbytery，歸正會所稱Class。為了此合同杜嘉德、打馬字（J.V.N. Talmage）等之功不可滅。1881年大會分成二中會，而於1894年稱閩南長老總會。至於倫敦會，本屬公理會，教會制度不同，但宣道本部准各宣道區選用合適制度，因而閩南長老總會與倫敦會閩省議會終於達成協議，於1920年1月6日齊集於鼓浪嶼而成立了「中華基督教閩南合一會」，是中國教會合一運動的一巨步。
杜嘉德牧師於1877年夏主持了在上海舉行的首屆在華宣教師協議會（他是二位主席之一），回來廈門突為霍亂所襲，7月26日去世。
杜嘉德從上海回到廈門後，立即回到“承擔了過量的工作”的生活中。
1877年7月26日，杜嘉德突然受到霍亂的侵襲，從清晨開始腹瀉不止，到了中午，他已病入膏肓，身體非常虛弱，為他看病的的孟醫生(Dr. Manson)已經束手無策，只好勸他交待後事，並且安慰他說：“不要太激動，你是個哲學家。”
杜嘉德立刻打斷他的話，說：“不，我是個基督徒。”
然後他重重的喘了一口氣，接著說：“在這時刻，基督徒要比哲學家好得多。”
過了一會兒，他喃喃說出原計劃在下個主日講道中引用的經文：“惟有上帝的恩賜，在我們主基督耶穌裡，乃是永生。”(羅馬書6章23節) 藉以安慰在一旁為他悲傷的信徒們。就在這一天的下午五點多鐘，杜嘉德在廈門自己的寓所內，結束了世上的勞苦，進入永遠的榮耀中，年僅47歲。在第二天的追思禮拜中，主禮的牧師就以他原先選定的經文為題證道，令在場的人無不動容。
杜嘉德死後被安葬在廈門鼓浪嶼的傳教士公墓內。1878年，英國人赫伯特·翟理思（Hebert Allen Giles）在其所著《鼓浪嶼簡史》（A Short History of Koolangsu）一書中，不無遺憾地寫道：“傳教士公墓隱蔽在黃氏宗祠後面的一個靜靜的角落 ……。一位高尚卓越的人——著名的《廈英大辭典》的編纂者杜嘉德牧師的遺體也埋葬在那兒。迄今為止好像還沒有為紀念這位傑出的學者建立墓碑。”
後來，為了紀念杜嘉德的貢獻，教會在鼓浪嶼雞母山建立了一座杜嘉德紀念堂。
