連續發生的好些軍事和政治糾紛，轉移了一般人的宗教熱情。主後1765年英國國會所通過的「印花稅法」(Stamp Act)，以及其他連串的糾紛，引起了殖民地與母國間的重大磨擦，結果爆發主後1775年的獨立革命。
(一)教會對獨立運動的立場
獨立戰爭爆發時，新英格蘭殖民區大部份的教牧人員及聖公會信徒仍然忠於英國；南部各殖民區都站在美國這一邊；中部殖民區則一邊一半。簽署獨立宣言的人中，有 三分之二是聖公會的信徒。當時聖公會教牧人員的處境甚是尷尬，因為他們被按立時都發過誓要效忠教會的元首──英國國王。
出現在美國不太久的循道會信徒，立場也十分為難，因為約翰‧衛斯理站在英國這一邊，以致美國的愛國份子以懷疑的眼光看這些循道派信徒。但是循道派卻自主後1775至1780年，由四千人增長至一萬三千人。貴格會與摩爾維亞弟兄會雖然反戰，但在他們原則許可範圍內，還是儘量支持獨立。
除了少數例外，其他教會牧師幾乎全體支持獨立戰爭。長老會的傑出領袖維特斯普恩(John Witherspoon)被選為大陸國會代表，也是獨立宣言簽署人中唯一的牧師。有很多牧師以反抗英國及爭取獨立為神聖使命；也有很多牧師加入軍隊，作隨軍牧師。
(二)廢除州立教會
所謂「州立教會」，是指被州政府所認可的教會，所有百姓都屬於州立教會。早期在麻州，凡不加入州立公理派教會的人都被驅逐出境；浸禮派及貴格派信徒也常遭驅逐。在所有以聖公會為州立教會的殖民區中，由於州政府的干預，攔阻了其他各派的發展。
然而，在獨立戰爭初期，紐約州、馬利蘭州及最南方各州，很快便取消了「州立教會」制度。但在維吉尼亞州，則經過長期的艱苦奮鬥，一直到主後1786年纔取消。這個運動傳遍全國，終於這項「取消州立教會」的條例被列入憲法第一修正案，成為美國基本法律的一部份。
(三)切斷與歐洲母會的關係
有些宗派原就與歐洲的教會沒有任何組織上的關係，包括浸禮派、長老派及貴格派，因此他們很快便在美國成立了全國性的組織。唯有人數最多的公理派，拒絕組織全國性聯會。
而聖公會、羅馬天主教、循道派及改革宗等，則在歐洲母會的控制之下，後來也都紛紛成立在美國獨立的教區或組織了。
(四)教會靈性的衰弱
縱然美國爆發獨立革命，應歸功於宗教的動機和力量，但獨立戰爭很快便反過來傷害了美國的基督教。所有宗派都受到嚴重的損害，教堂被毀，會眾分散，牧師及信徒被殺，極少有新的神職人員受訓。信徒忽略屬靈和道德的情操，結果罪案及不道德的行為開始增加了。國家負債累累，令教會、平民以至政府都十分擔憂。除了這些內憂之外，還有外來的不可知論，而戰爭的附帶的悲痛及犬儒主義，引來了英國的自然神論、法國的自然主義，及日漸流行的無神主義。伏爾泰及培恩那些反基督教作品，助長了懷疑主義及不信的風氣蔓延。革命結束後，美國人口中只有百分之十是基督徒。無神論在學生及有學識的人中非常流行。唯理及無神的學社紛紛成立。
