在加爾文時代，教會與國家的關係是個重要的課題。
他在日內瓦曾與政府有過一場尖銳的衝突，更加深他認為政府不應干涉教會的事之信念；他覺得教會內部的事，應由教會自己組織的仲裁機構來決議。
他對國家是十分尊重的，一直要信徒遵守法律，尊重在上掌權者。他也強調掌權者的責任，是去照顧自己的子民，像個牧人一樣。他認為就算掌權者是個暴君，信徒也要順服；信徒就算接受不義的苦難，也比策畫革命（Revolution）好。
但他也相信，暴君若走到一種天怒人怨的地步，人民就可以合乎公義的組織來把他推翻，或是由上帝興起的國外組織來推翻他。
