到這地步，似乎英國改教運動即將大獲全勝。然而，忽然間，這輛「得勝列車」被迫停止；天主教勢力再度收復自亨利八世以來，所有失陷的地盤。
愛德華於西元1553年因肺病去世，享年僅十六歲；他的姊姊瑪利（Mary）即位，登上英王的寶座。
瑪利是個堅定的天主教徒，她使英國改教運動至少倒退了廿五年。所有國會在前王任內通過的法案，都被撤銷，而恢復採用亨利八世最後幾年所用的崇拜儀式。凡贊成改教運動的主教或低級聖職人員，都被革職。許多改教領袖逃到歐洲大陸；在那裏，他們受到加爾文派的歡迎，卻因不接受基督身體臨在聖餐中的看法，而被路德派疏遠。
曾於亨利在位期間，逃往歐陸的紅衣主教波爾（po1e），這時回到英國。國會再度過通恢復教皇在英國的權柄，並重新制定對付異端的法案，同時，撤銷亨利八世時代有關教會的法律。英國的改教工作完全被毀，教會又回到西元1534年以前的光景。只有一項例外：修道院的產業仍可保留在新佔有人的手中。
西元1555年是英國復原派教徒最恐怖的一年。這一年中，英國各地有七十五人被火燒死。在逼迫中，最出名的殉道者是兩位主教：喇提美爾（Hugh Latimer）和利得理（Nicho1as Ridley）。當火焰吞滅他們之際，喇提美爾安慰一同殉道的同伴說：「感謝上帝，我們今天要在英國點起一盞永不熄滅的燈台！」瑪利並不以此為滿足，她的下一個犧牲者是坎特布裏大主教克藍麥。
克藍麥（Thomas Cranmer）雖然英國改教歷史中，主要的角色都是政治人物，但其中有一位是教會聖職人員，這一位不遺餘力地宣傳復原教主義。西元1532年，亨利八世指派克藍麥擔任坎特布裏（Canterbury）大主教；在此以前，克藍麥是劍橋大學的一位講道師；在歐陸旅行時，他遇到教皇、皇帝以及路德派領袖們，這些人都加強他對改教運動的傾向。
他對國家意識及改教運動兩方面都有強烈的感受，以致全力支持亨利八世切斷教皇對英國教會的統治。亨利八世死後，克藍麥成為英國改教運動的推動力。在他的指導下，許多改革付諸實行，例如：聖餐時，信徒可以同時領受餅和杯；教堂裏取消圖像等。
為了強化改教運動，克藍麥特別從德國請到復原教領袖馬特（Peter Martyr）和布塞珥（Martin Bucer）到牛津及劍橋執教。又因為許多聖職人員仍然照傳統羅馬方式舉行教會儀式，克藍麥在國王特許下，派遣「御用牧師」到各地遊行講道，教導聖職人員，也教導一般百姓；我們記得，諾克斯就是被派的人之一。克藍麥同時也是「公禱書」與「四十二信條」的主要起草人。
西元1555年， 他被羅馬革除教籍，而以紅衣主教波爾接他的空缺。到這地步，克藍麥屈服了，他公開承認教皇有權管轄英國教會。但，瑪利仍一心要把他置之死地，並希望他在死前公開表示放棄復原教主義，因為這樣，就能大大破壞改教運動。在這以前，克藍麥已經被迫簽署了一份否認復原教主義的宣言。他的死刑訂於西元1556年三月廿一日在牛津執行。就在行刑之前，克藍麥再一次得回勇氣，他把以前所有翻供與否認的事全部撤銷，而以堅定的口氣宣告他的復原教信仰，同時戲劇性的道出自己在否認改教原則時的感受。在火焰中，他高舉那只曾經簽署過否認宣言的手，直到燒成焦燼，火舌吞滅了他的全身。克藍麥終於以英雄之死殉道。
瑪利繼續血腥的逼迫，到西元1558年十一月七日她去世之時。在她統治下，大約有三百人被火燒死，她殘酷的逼迫，為自己換來「血腥瑪利」（B1oody Mary）之稱。
