到了十七及十八世紀，「唯理主義」(Rationalism)入侵神學領域，達於高峰。從「科學和神學十分相合」，而演變成「科學和神學互不相干」，最後，竟宣稱「哲學理論和神學根本不相合」。
此種觀念，影響了當時的信徒和教會領袖們，轉而注重理性；教會中有順應潮流的一派，應運而生，就叫「唯理派」。這派在教會中頗有勢力。他們只注重：「上帝」、「道德」、「永生」三項，卻不明白十架贖罪的道理，所以多半以耶穌為教師，而非救贖主。雖然如此，他們倒以為只有他們纔是真實的基督徒。
茲列舉當時著名的唯理主義思想家及其主張如下：
(一)牛頓(Sir Isaac Newton，1642~1727年)
牛頓因發現萬有引力而享負盛名，他是英國教會的會友，但他的神學見解並不「正統」。他承認上帝之超然性、全能及完美，他不接受汎神論中世界心靈的思想。但他僅基於對宇宙秩序的崇敬而相信上帝；他認為上帝自創造宇宙之後，定立固定的規律，使它自行運作，此後，上帝不再介入或指引。他這種思想觀念，為「自然神論」(Deism)舖路。
(二)伏爾泰(Francis-Marie Arouet de Voltaire，1694~1778年)
伏爾泰是法國哲學家，曾受教於巴黎的耶穌會教士門下。伏爾泰不是無神論者，他著書反對無神論，並提倡自然神論；他相信上帝的存在，但因世上的苦難與罪惡，使他認為上帝並非全能。他的悲觀主義，也使他對正統基督教的教義，滿懷憎恨。
(三)盧梭(Jean-Jacques Rousseau，1712~1778年)
盧梭被稱為法國革命之父，因為他的自然理性原則，推動了革命的精神，並燃起其火花。他是日內瓦一個法國難民家庭的兒子，起初是加爾文宗的信徒，後來成了天主教徒，最後改信自然神論。他所提倡的是一種感性的自然神論，亦即相信上帝存在，相信靈魂、永生及人需要遵循良心行事。《社會公約》(The Social Contract)是盧梭著作中膾炙人口的名著。
(四)休謨(David Hume，1711~1776年)
休謨是蘇格蘭哲學家及歷史學家，他提倡懷疑主義，對於自然神論加以駁斥，把理性降為經驗的產物；他說：「人的腦袋，捕捉經驗及觀念，留下印象，成為感性知識，而這類知識只是印象的虛假複製品。」
他也攻擊神蹟，說：「神蹟若是真實的話，就與經驗相違。」
休謨的推理，把傳統那種以神蹟證明基督教的做法說成一文不值。
(五)康德(Immanuel Kant，1724~1804年)
康德被稱為日耳曼理性主義之父，是他使唯理主義達於頂點，也是他使唯理主義趨於盡頭。康德指出理性有驚人的可能性，但也有明顯的限度。他說明純粹的理性，不能證實，也不能推翻信仰的對象。理性有它不能逾越的領域。
康德承認有關上帝的概念是至高的才智，但他否認有關上帝屬性的任何知識；他視耶穌基督為歷史上的典範，祂是一位最能取悅上帝的人，僅此而已。
