A．政教關係
在《基督教要義》裡，加爾文書提到他認為牧師並不具備出任公職的資格，政治和社會事務應由平信徒負責。但在日內瓦期間，他發現宗教與政治事務難以分割，宗教規範同時亦是社會及倫理規範，必須藉賴政治力量來推行，世俗事務與神聖事務同時並進，相輔相成。因此，他積極參與市議會的立法工作，監管社會的日常事務。加爾文熱衷投入社會事務，曾為他招來不少批評，他也得多方論此答辯。
1．教會與市議會
加爾文認為教會的權力應由牧者和平信徒共同分擔行使，但在他的眼中，平信徒不是指所有參與聚會的信徒，而是當時的市政府官員（magistrates）。官員與教職人員同屬聖職人員，教會的政策方向由他們共同策劃釐訂；並且，教牧人員並非由平信徒自由選立，乃是由市議會委任。
市議會人員每星期聚集一次。聚會的開始先是查考聖經，然後才商議各種事項，包括委任每個查經班的教員。加爾文積極推行宗教教育，要求全城市民參加。長老是負責紀律的政府官員，他們監察市民的倫理道德，定期遞交報告；而牧師也得頻繁探訪信徒，瞭解他們的信仰境況。加爾文希望市政府協助推行教會事務，當教會法庭裁定某個人有罪後，便轉交市政府執法懲處。
不過，在純粹的信仰問題上，加爾文卻堅持只有由牧師組成的牧師團（Company of Pastors）才有發言權，市議會不得過問。譬如禁止某個犯罪者領聖餐，或將之開除出教，市議會便無權推翻教會的決定。1548年，他曾就停止一位行為不檢的信徒魯斯（Guichard Roux）領聖餐的問題，而與市議會公開決裂，並聲言他寧可死亡，也不容許這人分享主餐，結果市議會妥協，他獲得勝利。同樣地，市政府無權過問牧師的講道內容，因為加爾文認為這關乎上帝的道，沒有任何人間權力可以在上帝的道之上。
加爾文關心社會的聖潔過於其建設，而維護社會聖潔乃透過兩方面的途徑來施行：
一是加強社會紀律的控制，
二是加強牧者對信徒的教導；
前者由市議會負責，復者則是教會的任務。
日內瓦不是一個大城市，人口不太多，故加爾文有能力對市民的生活作鉅細無遺的監控。1550年，市政府授權牧師每年至少探訪信徒一次，檢查他們的家庭是否遵守教會規定。《教會組織法》規定成立教會法庭（the consistory），由牧師和市議會委任的十二位平信徒身份的長老所組成，專責審理信徒所犯與信仰有關的罪行，但不處理民事和刑事的糾紛。這個屬靈的政府模仿自巴塞爾的組織。教會法庭派人徹底搜查信徒家裡是否藏有諸如占卜、算命等異教書籍，是否有信徒從事不良的或騙人的買賣以謀取暴利等。教會法庭最高的權力是開除犯罪者出教。
加爾文深信沒有人可以在不受監管的情況下自行為善，外在的紀律不但不會妨礙人培養自律精神，反而是必要的輔助。
雖然教會法庭也審理許多牽涉信徒日常生活的案件，但加爾文謹慎地區分出何者屬於教會的監管範圍，何老是世俗政府的事務。至少在理論上，他沒有建立一個政教合一的國家的打算。不過，由於所有居民都是信徒，放政治與宗教事務確實是不易界分的（即使界分了亦不見得為所有人接受），例如教會法庭制訂銀行利率、進出口商品的價格，甚至規定禁食時間。據教會史家察域（Owen，Chadwick ）的分析，加爾文非常抗拒公共社會陷於無秩序的狀態中，故才積極參與公眾事務。
我們可不要以為加爾文在日內瓦是全無敵人對手，可以像暴君般任意妄為。事實上，一直有許多反對他的人，特別是前述的那些自由派的人。其實不少自由派人士，都出身於日內瓦顯赫的高門大族，他們大多在道德操守上有虧，故期望加爾文能對其罪行網開一面，特別對待。但在加爾文看來，即使是世俗君王，在萬王之王的上帝跟前亦不過是螻蟻而已，故毫不容情地予以處分。他們乃因此對加爾文切齒痛恨，屢次找他的麻煩。正因當時日內瓦的政治事務與宗教事務互相糾纏，反對加爾文的人所借助的是政治力量，而他亦得以政治手段予以還擊。1547年，長期反對加爾文的古埃（ Jacques Gruet）便因通敵叛國罪被處死。
自從服膺改教思想後，加爾文對人文主義不再感興趣，對與人文主義共生的「自由主義」（Libertarianism）更是極其厭惡，視之為反基督教的異端。事實上，他在日內瓦工作的初段，主要敵人不是來自天主教，而是自由派的陣營，當中包括不少政府高官。直到1555年他們藉詞反對法籍移民以推翻加爾文事敗，被迫逃亡後，市議會才落回一群道德主義者的手中。自此以後，日內瓦變成一個綱紀森嚴的社會。
2．建立『上帝的國』
加爾文欲使日內瓦變成一可見的「上帝的國』，以聖經教訓來管治人民，社會紀律非常森嚴。
當時市議會通過繁瑣的法律，限制人們的衣著、飲食、言行，及生活的每個層面，如監管貨品的售賣價格、服務收費、銀行利率，以至貨品的供求等；甚至禁止用聖經以外的名字為孩子起名。
即使是在家裡舉行私人聚會，他們也得遵守政府和教會的法令，而在公共場所的規限，便更為嚴格了。曾有人主張全面禁止跳舞，而玩紙牌等娛樂亦在絕對禁制之列。凡觸犯法令玩紙牌者，會以紙牌造成枷鎖枷號示眾：甚至新娘在出嫁時衣著過分豪奢，也可能會被逮捕入獄。此等規定大都不是由加爾文提出的，他也從未主持過市議會的會議；而我們也有理由相信，以上的嚴厲規條是得到當時大多數民眾所支持的。
加爾文亦極其抗拒賣淫行為，曾企圖用火將妓女燒死，卻遭到市議會反對。及後在1558年，市議會通過凡第二次觸犯賣淫罪的，便須戴上帽子遊街示眾。加爾文又建議取締所有酒館，將之改為咖啡店，其經營方法亦受市議會嚴格控制，客人嚴禁在店內說下流的言語，粗鄙的音樂也要禁止。倘若客人不謝飯，便不准為其上菜。
必須公允地說，加爾文並非一個完全不肯妥協的人，他甚至接納別人對他個人的冒犯。譬如說，1554年，市議會竟然要求審查他所出版的一本新書，他雖然深覺被侮辱，卻也作出讓步。但是，他卻不肯在有關信仰的問題上作任何的妥協。其中一個常為人提及的事例是這樣的：生產玩具及紙牌的廠商安姆（Pierre Ameaux），由於日內瓦全城嚴禁紙牌，他的生意大減。在某個宴會中，他出言攻擊加爾文，認為他的教導有欠正確。加爾文得悉後憤怒非常，下令重重懲治他，結果安姆被捕，除公開認罪外，又被囚禁了五個星期。加爾文認為這懲罰仍未足夠，進一步要求安姆公開懺悔，市議會最後同意將安姆遊街示眾，在不同地點下跪認罪。加爾文堅持此事並非僅關乎他個人的聲譽，更是牽連到他所作的教導，而這正是與真理相關的，所以必須嚴肅處理。
1553年，在加爾文強力影響下，一名為塞爾維塔斯（MichaelServetus）的異端者在日內瓦被判以火刑。塞氏是西班牙人，原本修習法律，在天主教會當文書，後來眼膺宗教改革思想，輾轉在巴塞爾和施塔斯堡當教師。他自1531年起，便寫書公開反對三位一體論，指這教義來自魔鬼，結果招致天主教及更正教的領袖（如布塞）分別譴責，並要將他逮捕延訊，但他以假名匿藏了一段時間。
1540年起，塞氏在維也納（Vienna）定居，開始寫信給加爾文，表達他個人的神學見解，並且撰寫了一本《新基督教要義》（ Restitutio）來批判加爾文的說法。他對加爾文的感情是複雜的，既崇拜這位更正教的神學巨人，又志切打倒他以自嗚身價。加爾文對塞爾維塔斯標奇立異的神學主張極表憎惡，乃揭穿他在書信往還時所暴露了的真正身份，後來塞氏在法國被天主教會逮捕，幸而逃脫。幾年後，塞爾維塔斯竟然來到日內瓦，加爾文得悉此事後，提出控告，結果他被拘捕。在加爾文的指證下，塞爾維塔斯被定為異端，被判處以火刑。這件事並未引起歐洲太大的震動，大概這種做法在當時也不算太罕見，但此事在日後卻成為反對加爾文派者指控加爾文的一個主要罪狀。
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