南部殖民區的聖公會
美國十三殖民區獨立之前，各殖民區漸次由歐洲移進許多殖民者。最早是在南部於1607年建立的維吉尼亞（Virginia），名稱是記念獨身的伊利莎白女王（the Virgin Queen）。殖民者多是傾向清教徒的英國國教徒。後來英王查爾斯一世（Charles I）恢復天主教，就在維吉尼亞北部劃出一塊地給天主教徒，就是馬利蘭（Maryland）。在南部的殖民區上流社會的教徒因漸漸富裕，成了貴族式的英國國教徒，而下階層的則成為貴格會及浸會信徒。貴格會及浸會中人有不少因遭逼迫而逃至馬利蘭，因為那兒還比較有宗教自由。
北部殖民區的公理會
北部殖民各區統稱為新英格蘭，其中包含美國最東北方六個殖民區（Mane, New Haven, Vermont,
Massachusetts, Rhode Island, Connecticut），是以分離派公理會的宗教理念而建立的。最早的是乘五月花號的一百零一位殖民者，由威廉‧布列得福（William Bradford）領導，從英國普利茅斯（Plymouth）出發，於1620年冬到了新大陸，為了紀念家鄉，他們把上岸處命名為普利茅斯。他們堅持會眾制的教會行政觀念，因而脫離了英國國教。
羅傑‧威廉斯（Roger Williams, 1603?-83）與政教分離
美國憲法中的宗教自由、政教分離原則是歷史上的一大進步。到如今已為大多數的國家所正式納入憲法之中。這原則的起頭，是由美國第一間浸會的牧師羅傑‧威廉斯在羅得島（Rhode Island）所實施的。
威廉斯在英國就是一位分離派者，在逼迫中他渡海於1631來到麻薩諸塞的波士頓。他漸漸反對殖民政府對教會的干預，又公開反對無償侵佔印地安人的土地，終於引致麻州總法院在1636下令將他遞解回英國。結果他逃到了羅得島所在的那拉岡塞灣區的荒野。好在他先前就學會些那拉岡塞印地安人的語言，受到他們的接待，才渡過了難關。
之後有一些他先前的跟隨者前來與他會合，他們在1636年六月向印地安人買了現在羅得島州首府普諾維登斯（Providence，意為眷佑，以記念上帝在患難中對他的看顧）地區的土地，就在麻州的管轄之外建立了新的殖民區。他執政的原則是平等的民主，完全的宗教寬容與政教分離。他也於1639年在普諾維登斯建立了第一間的美國浸會，由他的友人先為他施全浸禮，然後由他為其他人施浸。他的宗教寬容政策在教會歷史中創了先例，在他之前或有短暫的宗教寬容，但他的殖民政府是第一個以宗教寬容為基本原則的。美國憲法中的宗教自由與政教分離的條文，也無疑受到威廉斯在羅得島之政策的啟發。
中部殖民區的多元宗派
查理二世1660復辟後，就論功行賞給有功人員，將新大陸的土地賞給他們。這些殖民區稱為「復辟殖民區（Restoration Colonies）」，是位於馬利蘭與新英格蘭中間的地區，包括紐約（由荷蘭手中奪得）、新澤西、賓西法尼亞等地，另有在南部的南、北卡羅來納兩地。這些殖民區為了要吸引移民，就在宗教上採較寬容的政策，因此其居民有著許多不同的宗派背景，在種族上也不只是英格蘭人，還有蘇格蘭人、蘇格蘭－愛爾蘭人、荷蘭人及德國人等。其中最值得一提的是賓威廉在賓西法尼亞所建立的政教分離政府，此點前面已述及。
大覺醒運動（Great Awakening）
大覺醒運動是指在十八世紀初在北美所發生的屬靈復興運動。美洲的大覺醒是和德國的敬虔主義及英國的福音復興運動性質相同的。
北美的大覺醒賦與了各宗派共有之形態，減少了彼此間的差異。美國式的基督教於焉產生。
復興開始是在紐澤西的荷蘭改革教會中發生。
大覺醒的四位主要領袖：
弗瑞林浩生（Theodore Freylinghuysen,
1691-1747）
騰仁特（Gilbert Tennent, 1703-64）
愛德華滋（Jonathan Edwards, 1703-58）
懷特腓德（George Whitefield, 1714-70）
