加爾文在強調人的無能時，也非常強調上帝的全能。對加爾文來說，他認為研究上帝的所有屬性（例如無所不知、無所不在、無所不能）都不是太重要的。上帝是怎樣的上帝，他有多偉大多無限，跟我們有甚麼關係呢？
我們唯一要知道的是，以耶穌基督為主，這才與我們有最切身的關係。因此，抽空地討論上帝的屬性，根本毫無意義，試問上帝能否造出一塊連它自己也抬不起的石頭，跟我們的生命有何關連？
但倘若我們認真看待耶穌基督是主這個真理，我們的生命就有嶄新的改變。 加爾文認為上帝最重要的屬性是：它是一位有絕對主權（absolute sovereignty）的上帝。上帝統管萬物，掌管人類的歷史。
上帝論是加爾文神學思想的關鍵。我們讀《基督教要義》，會發現他基本上是按照聖父、聖子、聖靈這三一論，將全書分為四大部分（聖靈論包括了卷三和卷四）來闡述。加爾文的神學是以三一論為架構的。聖父論關達到世界的被造，基督論關乎人論、罪論和救贖論，聖靈論則與基督徒的成聖、教會論和末世論有關。加爾文強調上帝是宇宙萬有和人類歷史的主，他的作為彰顯他的本質，他是一切的一切。
改教運動肇端於馬丁路德之張貼九十五條款，時為主後1517年10月31日。所謂九十五條款，乃是路德對當時羅馬天主教販賣贖罪券的看法。路德此舉並不代表改教運動，這只是帶進改教運動一連串活動中的第一個行動而已。
路德將九十五條款釘在威登堡教堂門上的那一天，正是萬聖節。按照羅馬天主教的慣例，要將教堂的神聖遺物展列出來，給來自遠近各地的人觀賞，並藉此獲得捐款。這些來賓很自然地看到教堂大門上張貼的大紙。他們駐足而讀，回家後，報告給鄰里街坊的人；這些人又傳給別人，於是這件新聞像野火般地傳開了。
當時印刷術剛發明不久，這九十五條以拉丁文寫成的條文，立刻被譯成各種文字並付印，以令人無法置信的速度，傳送到西歐各國。不到兩個禮拜，全德國都知道了路德的九十五條。四個禮拜後，全西歐的人都讀到了。它所帶來即時而巨大的影響是：幾乎停止了贖罪券的出售。
帖次勒(Tetzel)的出售贖罪券，乃是馬丁路德脫離羅馬教的起因。
所謂贖罪券者，就是用以減輕煉獄中的痛苦，即以贖罪券來消除罪惡的刑罰。根據羅馬教的教訓，煉獄是與地獄大同小異的，不過它的時間是比較短暫，並且各人都是必須經過的。
教皇曾擅自以為有權能減輕或完全消滅這些痛苦，這一個特權是單獨屬於教皇所有的。
贖罪券出售乃 是先招人承包然後纔零估出去的，因此將犯罪的權利出售乃是教皇國庫最主要來源之一。
帖次勒是販賣贖罪券的高手，他漫遊德國，到處出售教皇所簽押的贖罪券， 宣稱凡購買者本人或其朋友親屬都可獲得赦罪，而毋需經過認罪、悔改、懺悔及神父赦罪的宣告。
主後1517年，他在威登堡一帶使用一些順口的歌謠和低俗的笑話來促銷贖罪券：「只要錢在箱中響，煉獄鎖鑰不久也來響噹噹。」
就是這一件事大大的震驚了馬丁路德。
到了十七及十八世紀，「唯理主義」(Rationalism)入侵神學領域，達於高峰。從「科學和神學十分相合」，而演變成「科學和神學互不相干」，最後，竟宣稱「哲學理論和神學根本不相合」。
此種觀念，影響了當時的信徒和教會領袖們，轉而注重理性；教會中有順應潮流的一派，應運而生，就叫「唯理派」。這派在教會中頗有勢力。他們只注重：「上帝」、「道德」、「永生」三項，卻不明白十架贖罪的道理，所以多半以耶穌為教師，而非救贖主。雖然如此，他們倒以為只有他們纔是真實的基督徒。
茲列舉當時著名的唯理主義思想家及其主張如下：
(一)牛頓(Sir Isaac Newton，1642~1727年)
牛頓因發現萬有引力而享負盛名，他是英國教會的會友，但他的神學見解並不「正統」。他承認上帝之超然性、全能及完美，他不接受汎神論中世界心靈的思想。但他僅基於對宇宙秩序的崇敬而相信上帝；他認為上帝自創造宇宙之後，定立固定的規律，使它自行運作，此後，上帝不再介入或指引。他這種思想觀念，為「自然神論」(Deism)舖路。
(二)伏爾泰(Francis-Marie Arouet de Voltaire，1694~1778年)
伏爾泰是法國哲學家，曾受教於巴黎的耶穌會教士門下。伏爾泰不是無神論者，他著書反對無神論，並提倡自然神論；他相信上帝的存在，但因世上的苦難與罪惡，使他認為上帝並非全能。他的悲觀主義，也使他對正統基督教的教義，滿懷憎恨。
(三)盧梭(Jean-Jacques Rousseau，1712~1778年)
盧梭被稱為法國革命之父，因為他的自然理性原則，推動了革命的精神，並燃起其火花。他是日內瓦一個法國難民家庭的兒子，起初是加爾文宗的信徒，後來成了天主教徒，最後改信自然神論。他所提倡的是一種感性的自然神論，亦即相信上帝存在，相信靈魂、永生及人需要遵循良心行事。《社會公約》(The Social Contract)是盧梭著作中膾炙人口的名著。
(四)休謨(David Hume，1711~1776年)
休謨是蘇格蘭哲學家及歷史學家，他提倡懷疑主義，對於自然神論加以駁斥，把理性降為經驗的產物；他說：「人的腦袋，捕捉經驗及觀念，留下印象，成為感性知識，而這類知識只是印象的虛假複製品。」
他也攻擊神蹟，說：「神蹟若是真實的話，就與經驗相違。」
休謨的推理，把傳統那種以神蹟證明基督教的做法說成一文不值。
(五)康德(Immanuel Kant，1724~1804年)
康德被稱為日耳曼理性主義之父，是他使唯理主義達於頂點，也是他使唯理主義趨於盡頭。康德指出理性有驚人的可能性，但也有明顯的限度。他說明純粹的理性，不能證實，也不能推翻信仰的對象。理性有它不能逾越的領域。
康德承認有關上帝的概念是至高的才智，但他否認有關上帝屬性的任何知識；他視耶穌基督為歷史上的典範，祂是一位最能取悅上帝的人，僅此而已。
亞他那修年輕時教會受到逼迫，他在亞歷山太教義學院受教育；因其能力與敬虔，亞歷山大主教（Bishop Alexander）對他另眼相看。他還作執事時就陪亞歷山大主教去參加尼西亞會議；亞歷山大去世後他成為主教共46年，期間被放逐5次（共17年）。
他的作品顯出深博學養和豐富的品性；對道成肉身教義認識極深，對亞流絕不妥協，辯論思路分明，說服力強；他的《節期書信》（Festal Letters）真摰的教牧心腸，聖安東尼傳（Life of Antony）表露他對修道主義的嚮往。《反亞流》（Against the Arians）及類似作品，基督教神學及認識論（Epistemology）向前邁進一步。按亞他那修的看法，這是個關係教會生死的問題，他對亞流主義是絕不妥協的。《論道成肉身》有很強宇宙論，重點在道與世界的關係。道本來就是上帝，而整個創造都是靠上帝的恩典才能存在，但人認識道，只是認識世界，不是三一神的本體；這是傳統神學的立場。上帝不能從受造界歸納出來，只能從聖經來了解。亞他那修對聖經及釋經學（Hermeneutics）掌握非常深厚。
《論聖靈的書信》（Letters Concerning the Holy Spirit），亞他那修處理人否認聖靈神聖地位的問題，因此他的三位一體神學得以進一步的推展，他把聖靈完全融入他的神學體系去。
亞他那修的神學可用「同質」（homoousion）來作總結──聖子與聖父是同為一質的。成為肉身的聖子，是我們明白啟示和救贖的基礎。雖然這個詞語聖經沒有用到，卻是一個上佳的「指標」，具有很大的詮釋及照明的力量，使我們明白三位一體之上帝的本性和工作。會議中君士坦丁大帝接受亞他那修的見解，作成了二十條教會法規。其中與三位一體的教義有關的，有以下三個重點：
（1）耶穌是上帝的獨生子。
（2）耶穌是真實的上帝，不是靠恩典而存在，在本質上就是上帝。
（3）耶穌與天父是同質，耶穌並不是次等。
