天特會議(The Council of Trent)
抗議宗的改教運動在天主教內也激起了一些有識之士改革天主教的熱忱。在他們的鼓勵之下,教宗保祿三世在義大利北部山區的小城天特(Trent)召開大會。會議從1545年到1563年間,間歇的開會。天特會議更加鞏固天主教的思想及組織體系以對抗更正教,對內部的腐敗也加以改善。這次的天主教自我改革運動被稱爲「對應改革運動」(Counter Reformation)。這改革運動使天主教從腐敗及更正教的打擊中複元過來,並阻止了更正教在歐洲更大的擴張。之後天主教和更正教只能在宣教工場上爭長短了。
耶穌會(Jesuits)
在對應改革運動中,耶穌會的興起提供了很大的助力。這個在天主教宣教史上佔有重要地位的組織是由羅耀拉(Ignatius Loyola, 1491-1556)所建立的。羅耀拉出身軍旅,他在巴黎大學時認識了後來到亞洲宣教的沙勿略(Francis Xavier)。兩人志同道合,在1534年組織了耶穌會,旨在領人歸回天主教。耶穌會是一個紀律很強的修會,強調完全服從修會領袖,稱爲將軍(General)。因著他們的努力,使波蘭、奧地利及德國南部都歸回了天主教。也使好些歐洲地區如比利時、愛爾蘭留在天主教中。他們也到北美、南美和亞洲作了許多宣教工作。
對預格納派的逼迫
加爾文派信徒在法國稱爲預格納派(Huguenots),在1559年時約有四十萬信徒。預格納派後來取得相當的政治勢力,在1562年開始與天主教發生幾次內戰。之後王室策劃了1572年的聖巴多羅買日大屠殺,假意邀請預格納派的領導人物參加一位預格納派者波邦的亨利(Henry of Bourbon)和公主瑪格利特(Marguerite)。在八月二十四日教堂鍾響之時,大屠殺開始,在巴黎有二千人,全國超過一萬人被殺。後來經過一段時間的鬥爭,終於1594年波邦的亨利成爲法國國王,是爲亨利四世。爲了得到在法國居多數的天主教徒接受,他在即位之前宣佈自己是天主教徒。但他沒忘記他舊日的同道,在1598年頒佈南特上諭(Edict of Nantes),宣佈賦予預格納派公民權,並准許他們自由舉行崇拜。1610年亨利遇刺身亡,鬥爭再起,1629年後預格納派在法國的政治力量完全崩潰,信徒都逃到其他國家及新大陸避難。
德國的三十年戰爭
德國自1555年奧斯堡和約之後有一段的和平時日,但到了1618年天主教與基督教之間的戰爭又起。經過三十年的惡戰,人口從一千五百萬人減到五百萬人,直到1648年簽訂了西伐利亞和約(Peace of Westphalia)戰爭才結束。此和約的內容與奧斯堡和約相似,只是加上一點:在德國對更正教的容忍除了信義宗也包括加爾文派。各地的宗教也是看封侯的信仰而定。