清教徒
當血腥瑪莉之日，許多更正教徒逃到日內瓦歸附了加爾文。當伊利沙白登位後，他們帶著加爾文的觀念回到了英國。他們不能滿足於1563年的《三十九信條》，希望看到英國教會在教義、教會結構及道德上澈底的純淨，因此他們被稱爲「清教徒」（Puritans）。雖然清教徒反對英國教會的主教制及許多儀式、條文，但他們絕不脫離教會，以期從內部按加爾文日內瓦教會的模式來改革英國教會。
分離派
另有一些加爾文派信徒則認爲留在內部改革英國教會只是浪費時間，他們決定脫離英國教會，因此被稱爲「分離派」（Separatists）。在教會制度方面他們強調每一群地方會衆（congregation）所組成的地方教會都是獨立自主的，沒有一個教會可以干涉另一個教會。因此，他們又稱爲公理派（Congregationalists）。
清教徒革命
清教徒長期受壓迫。1640年清教徒取得國會優勢，將兩位反清教徒的人物定罪處死。國王查理一世（1625-49）極爲不悅，發動與國會的戰爭。戰爭初期，國王占上風，但國會軍隊中有一位農夫，名叫克倫威爾（Oliver Cromwell，-1658），有高度的才幹與勇氣。他組成的軍團，都有宗教信仰，不喝酒；不打仗時，常在一起讀經、禱告、唱詩。1649年國王戰敗，被送上斷頭臺。1649-53年間，英國實行共和政體，克倫威爾被任命爲英國的攝政，因此實際上是軍人專制。在他治下，各宗教團體都得到相當的自由。
韋斯敏斯特會議（Westminster Assembly）
在內戰進行中，國會決定改革教會，乃於1643年廢除主教制，並在韋斯敏斯特召開會議，制訂了韋斯敏斯特信條（Westminster Confession），這是改教時期最後的一份偉大信條，是表明加爾文派又稱改革宗（Reformed）的教義。這文件在1648年正式爲國會接受，而且蘇格蘭全國大會也通過採納。
國王復辟
克倫威爾去世後，英國人對清教徒主義所加與人的嚴肅生活方式漸感不耐，於是將王子請回，立爲查理二世（1660-85），史稱「1660復辟」（Restoration of 1660）。查理心向羅馬，對清教徒又加壓迫，其中本仁約翰入獄十二年，並在獄中寫成了偉大的著作：《天路歷程（Pilgrim’s Progress）》。另有彌爾頓（John Milton）在瞎眼、孤單、貧苦中寫下了基督教史詩：《失樂園（Paradise Lost）》。
威廉與瑪莉（William and Mary）
查理之子雅各二世（James II, 1685-88）立志恢復天主教，又想以專制王權代替君主立憲，英國人民向國王的女婿、荷蘭總督威廉（William of Orange）求救。1688年威廉率兵登陸，使雅各逃往法國，而革命成功。1689年威廉與妻瑪莉被立爲國王、女王，共同統治英國。威廉爲更正教保全了荷蘭、英國及美洲。
寬容法案
1689年英國頒佈「寬容法案」（The Toleration Act），凡是接受以下各點的，都可以自由崇拜：
（1）發誓效忠威廉和瑪莉，
（2）拒絕教宗權柄、化質說、彌撒、向馬利亞及聖徒禱告，
（3）接受「三十九信條」。
這法案使得不同意英國國教者（dissenters）可以自由敬拜，包括長老會、公理會、浸會和貴格會等，約爲人口十分之一。但天主教及不信三位一體教義者不在寬容之列。
