荷蘭改革宗教在台的傳教工作，以1643年為界，可以劃分成兩個時期。這兩個時期的宣教，在教義上，基本上是不同的，前期以尤羅伯牧師（Rev. Robertus Junius）為代表，後期則以哈伯宜（Joannes Happartius）以及倪但理（Rev.Daniel Gravius）為代表。他們代表不同神學背景，並以彼此不同的神學思想編著「教理問答」。
1643年，正是尤羅伯牧師結束在台工作，返回荷蘭之時。根據Kuepers的看法，荷蘭改革宗教會在台宣教的工作，可以分為五個時期：
（一）開創期（1627～1635），以甘治士（Georgius Candidius）為代表；
（二）奠基期（1636～1643），以尤羅伯為代表；
（三）轉型期（1643～1647），是衝突最大的時期；
（四）固定期（1647～1653）；
（五）擴展期（1653～1661）。
前期的甘治士與尤羅伯牧師，皆畢業於萊頓大學之宣教神學院，萊頓大學是基督教中較偏重於人本精神亞米紐斯主義（Arminianism），的大本營；而後期的牧師們所走的是屬於加爾文正統派的路線。因此可以說，荷蘭教會在1609年到1618年間的亞米紐斯主義爭論，並沒有因多特會議（Synod of Dort）的召開而宣告結束。相反的，這種爭論的戰線延伸到台灣，造成台灣教會前後期在傳教方法上截然不同的差異，也間接導致牧師間的衝突。
亞米紐斯主義（Arminianism）與多特會議（Synod of Dort）
荷蘭改革宗教會在神學上是受到創立者加爾文（JohnCalvin）思想的影響。而加爾文的思想又以「預定論」最為著名。素來，荷蘭有人本主義思想的傳統，因而當否定人在上帝計劃中的主體性地位的預定論和以人為主體的人本主義思想相遇時，衝突與對立便很自然的爆發了。
亞米紐斯主義源自於來頓大學神學家，雅各‧亞米紐斯（Jacobus Arminius 1560～1609）。他原本在教會當牧師，因為質疑加爾文的「墮落前論」（Supra Lapsum）而提出「墮落後論」（Infra Lapsum）的教理，此舉引起教會間的爭議。
所謂墮落前論，是指上帝預定誰會被選誰會被棄，然准許人類墮落的可能性，後來果然墮落，於是上帝從中揀選一些人得到拯救，而另外的人則是拒絕上帝的揀選者，在墮落後論中，人有選擇的意志。後來亞氏因而離開牧職，前往萊頓大學擔任教職直到亡故。
亞米紐斯死後次年，他的繼任者艾屯波加特（JohanWtenbogaert）在官員阿爾頓巴內威（Johan van Olden-barneveldt)的支持下，發表了「抗辯宣言」。抗辯宣言有五條：
（a）相信耶穌的拯救者可得救。
（b）基督為所有的人死。
（c）聖靈幫助人行真正的善。
（d）上帝的拯救可以抗拒。
（e）基督徒也有可能失去拯救的恩典。
在這宣言中指出，預定論不是絕對的，它取決於人的回應，拯救是指向所有的人，所有的人原則上都能得救。而這恩典是可以被接受或拒絕的。因此亞米紐斯主義者又被稱為「抗辯派」（Remonstrance）。在抗辯宣言提出之後，正統加爾文主義隨即於次年（1611年），提出反抗辯宣言（Contra- Remonstrance），強調應回復至正統的加爾文信條。即拯救只臨到那些被揀選的人。人只能被動的接受上帝的恩典。
亞米紐斯主義與正統加爾文主義者原本只是教義之爭，後來這個爭論滲入政治因素，使得此一爭論益形複雜。支持抗辯派的阿爾頓巴內威是荷蘭省的首長，在政治上主張各省自治，而他的政敵莫理斯（Maurice of Nassau）則主張中央集權制。在對外關係上，阿氏主張與西班牙和談而莫氏則主戰。反抗辯派則依附莫理斯。 1618年，莫理斯發動政變逮捕阿爾頓巴內威，嬴得勝利並在次年處死阿氏。挾著政治上勝利的餘威，正統加爾文主義者隨即召開「多特會議」來解決宗教上的爭端。1618年11月13日在多特熱赫特（Dortrecht）召開會議，在議會中制定「多特教條」（Canon of Dort）並判定亞米紐斯主義者有罪。而且，此次的會議也決定，採用比利時信條（Belgic Confession）和「海德堡教理問答」（Heiderburg Catechism）作為荷蘭改革宗教會所使用的信條。由此可知，尤羅伯牧師繼任者廢除尤氏編著的《教理問答》背後的動機是教義的爭論。
來頓宣教師神學院（Leiden Missionary Seminary）與亞米紐斯爭論餘緒
當聯合東印度公司成立後，開始派遣人員前往海外任職，這些職員的宗教生活便由軍中牧師（Chaplain）照料。而這些軍中牧師後來逐漸轉變成為海外異教徒傳教的宣教師。隨著海外殖民地的增加，傳教人員數量便明顯不足；由於海外各地對傳教人員的需求急迫，但有意願前往殖民地任職的牧師並不多，因此設立一所專門培養宣教師的神學院便成為刻不容緩之事。
1614年Delft議會提議設立一所宣教師神學院（Miss-ionary Seminary），來密集訓練海外宣教師，神學院最初設立於來頓大學（Leiden），經過一段時間後再移至海外殖民地。1622年 4月 1日，公司決議設立神學院並聘請來頓大學華留士教授（waleus）負責。由於華留士教授是一位宗教上敬虔，道德上自我要求嚴格之人，所以在課程的設計上，非常注重學生在道德和宗教信仰上的表現，並且將這種要求落實在生活上成為規則。來頓神學院的學生不准參加宴會、發誓、口角、打網球及飲酒，學生要守獨身，夜晚十時就寢，外出訪友須在九時前歸院，每週六日必須參加禮拜，每日有早禱和晚禱。但是，因為神學院在宗教信仰和道德上的嚴格要求，所以當來頓宣教師至海外殖民地，見到公司職員在道德上的敗壞時，必定有所指責，因而造成二者間的衝突。當甘治士於1625年到達第一個宣教據點，加禮曼丹(Coromandel)的摩鹿加(Molucas)後不久，開始批判當地東部印度公司職員的粗暴，並嚴詞譴責當地行政長官 Jasques Lefebre 的蓄妾行為。由於甘治士的正直使他遭到誣告，被解送到巴達維亞送審，後獲清白。
來頓宣教師神學院成立十週年後，荷蘭聯合東印度公司決定將之關閉，公司方面的理由是在荷蘭已可找到足夠的牧師，因而此神學院已不再有需要。但觀諸前述的情況，恐怕是因為宣教師們與公司的磨擦才是導致公司將之關閉的主因。
來頓大學的神學院成立的十年間，訓練許多優秀的海外宣教師，有名可查的有十二位而其中與台灣有關的是：甘治士（Georgius Candidius）、尤羅伯（RobertusJunius）以及花德烈（Jacobus Vertrecht）三位。由於來頓大學自1603年至1609年間有亞米紐斯擔任教席，在亞氏亡故之後，他的朋友艾屯波加特（Johan Wten-bogaert）及弟子依皮斯科皮烏（Simon Episcopius）將其思想詮釋發揮，編成系統，因而說來頓大學是亞米紐斯的大本營亦不為過。
雖然1618年的「多特會議」判定亞米紐斯有罪，並且放逐了抗辯派的成員；但在1625年摩里斯亡後，亞米紐斯主義隨即捲土重來。而甘治士和尤羅伯在學時，正是這一神學論爭剛結束之時。因此他們定然受到亞米紐斯思想的影響。由於亞米紐斯主義強調人的意志自由，所以甘治士牧師在致行政長官努易茲（Nuyts）備忘錄中曾提及，以牧師誠實、道德和適當的生活來作模範，來影響西拉雅人。尤羅伯牧師則將十誡或教理問答內加入西拉雅人的生活習慣，讓西接雅人易於了解基督教信仰的內涵。尤羅伯牧師更改十誡的內容，這在基督教的歷史中可以說是絕無僅有的創舉。他的開放，甚至超越現今的基督教的教義。
除此之外，在多特會議中規定，荷蘭改革宗教會所使用的教理問答為「海德堡教理問答」（Heiderburg Catech-ism）和「比利時信條」 （Belgic Confession）。但尤羅伯牧師並未將多特會議的決定付諸實行，相反的，他卻為西拉雅人編纂適合他們文化的教理問答。由此可知，在來頓宣教師神學院中受神學教育的尤羅伯和甘治士，受到亞米紐斯主義氣氛包圍熏陶下，認為在上帝的恩典之下，人仍有意志自由，來選擇接受或拒絕，所以傳教工作必須使用原住民所能了解的語言，並且要針對原住民的生活實況來調整或修改教理的內容。
然而，甘、尤二氏的後繼者卻屬於正統加爾文主義者，他們認為受拯救的人上帝已經預定，人沒有選擇的權利，因此不需考慮宣教的方法。所以他們用和原住民的生活沒有什麼關聯的「海德堡教理問答」來作為信仰的準繩。
後期宣教師們與尤羅伯牧師的爭論
尤羅伯牧師在1643年離開台灣返回荷蘭。同年10月 7日，台灣小會（包括大員小會蕭壟小會）曾發出一封信函給阿姆斯特丹中會（Amsterdam Classis），報告教會的近況。在信中對尤羅伯牧師在台的工作成果大加讚揚，並計劃與歸荷後的尤羅伯牧師合作，由他訓練傳教人員。讓他們熟習西拉雅族的語言和風俗習慣。在該書信中，台灣小會也樂觀的認為這計劃將會使台灣教會的教勢獲得很大的進展。
但是到1645年，台灣評議會（Formosa Council）致印度政府主席及評議會的一封報告書中，有了截然不同的評價。報告中認為在南部教會的信徒，他們只空有基督徒之名，因為他們只能背誦若干基督教的基本教理，卻不知其意義。在報告中也認為先前的成就所獲致的名聲只是一種自我誇耀而已。並且在台的宣教成果也被過度渲染。
1646年 8月14～16日的《熱蘭遮城日記》中開始出現針對尤羅伯牧師所編的《教理問答》（catechism）提出批評，認為尤氏所編的問答會誤導信眾。而大員小會也認為尤氏所編的《基督教信仰要項》（Formulary Concerning the Christian Religion）不適用。8月16日大員評議會和小會的議錄，則針對尤羅伯牧師的教理問答討論修改的方案。
原先提議，在《教理問答》各章節間插入解釋的文字。但旋即遭到小會主度的反對，他反對的理由是尤羅伯所編的《教理問答》過於拙劣，根本不適合台灣學校的使用。經過小會員的檢視之後，決定再編製一份新的《教理問答》。但是為了不要使用習慣尤羅伯《教理問答》的人發現《教理問答》作了巨大的變動，因此要求儘可能保留尤氏問答的某些文字。議錄中並指出，小會非常驚訝的發現，在經過很長的時間之後，台灣的住民並沒有得到比尤羅伯牧師《教理問答》更好的問答，而尤氏的問答已被認定是不適用的。
由前述的文字可以得知，尤羅伯牧師受到亞米紐斯主義的影響，認為人有意志自由。因此當他在編纂《教理問答》時，修改或特別強調基督教信條中與西拉雅族風俗習慣較有關聯的教義。例如第一小教理問答第二、三問答：
問：有幾位上帝呢？
答：一位。
問：但你們的祖先卻說有許多神，他們對嗎？
答：我們的祖先錯了。
又如十誡中第四、六、九誡，尤羅伯牧師也作了修改。尤羅伯牧師作這種修改的用意，是想藉由和原住民風俗習慣有關聯的教義的討論，來說服他們接受基督信仰。但是尤羅伯牧師的繼任者，由於在神學思想上偏向「正統加爾文主義」（Orthodox Calvinism），因此強調預定論。所以後來他們以「海德堡教理問答」作藍本來教導原住民。而海德堡教理問答是歐陸神學背景下的產物，與原住民的生活習慣無任何的關聯。這種差異，適度的體現出亞米紐斯主義論爭的戰場悄悄的延伸至台灣。除此之外，尤羅伯牧師在回荷蘭之後，曾數度指控在台灣的宣教師們，沒有盡責在宣教的事工上，這引發了後來尤羅伯牧師與整個大員小會的衝突。1645年台灣評議會的報告書中曾說：
尤羅伯的數項指控對我們來說並不陌生，而我們只能說，如果這是發生於現在，我們是否會如其他人般的容忍他，特別當我們思及前任者為了避免各樣的麻煩和抱怨而息事寧人，以致遭受許多的痛苦。
尤羅伯牧師對台灣教會宣教師的指控，只能由台灣小會的答辯書中看出端倪。在1648年11月 3日由大員小會致阿姆斯特丹中會印度委員會的書信中提到，尤羅伯指控台灣教會並沒有關注到使福音傳揚到未開化人中的使命，這使得先前經歷種種困難和努力所建立起來的教會面臨巨大的衰退。
由這種種的資料可以知道，尤羅伯牧師離開台灣以後，台灣的教勢有了明顯的衰退，因此關心台灣教會的尤牧師曾在阿母斯特丹中會或南北荷的大會中指控台灣的宣教師們沒有盡責。而大員小會的宣教師們也提出反擊，除了說他們努力工作以外，另外就是指責尤羅伯牧師所編纂的《教理問答》非常不適用。因為他編的問答是草率編成的，所以無法供應西拉雅人健康的靈魂的糧食，相反的卻讓西拉雅人的靈魂生病、不健康。
尤羅伯牧師和大員小會的爭論，在阿姆斯特丹中會的調解下，至1650年才告塵埃落定。雙方不再追究，握手言和。雖然尤羅伯牧師與後期宣教師們的爭論是以言和收場，但是傷害已經造成。這論爭的期間，宣教師們的士氣定然大受影響。並且由於神學思想的差異，以致於前後期有截然不同的傳教方法。在這種爭論和更改的過程中，解消了許多原先建立的成果，也浪費了許多的資源和人員。
