根據Blusse'的意見，荷蘭聯合東印度公司（De Vere-nigde Oostindische Compagnie）初來台灣時，只計劃將台灣作為倉儲地，它貿易的焦點完全在中國和日本。因此，公司對原住民的政策是「不干擾」（non- interference）的立場。1626年2月3日，印度總督在致十七人董事會的信函中，曾說明他對台灣住民的態度。卡本特總督（Governor- General De Carpentier）說：
在本地（台灣）的住民方面，我們的人保持和他們良好的關係和友誼，並不是說我們可以得到多少利益，而是為了不讓他們對我們 採取對立的立場。畢竟，他們是難以駕馭的、野蠻的、心地不良的、懶惰和貪心的民族。
但在與原住民相處一段時間之後，甘治士牧師則有不同的看法。在他致努易茲長官的信備忘錄中說：
因此我已描繪出，我誠摯地認為公司應該進行的步驟。如果依照這樣去作，公司不僅可以由此地得到許多的利益，並且可藉此讓他們知道真正的信仰，並且可以根除偶像崇拜和邪惡的行為。
公司最初的態度是相當消極的。與積極的宣教師比較，可以看出，雖然名義上宣教師是公司的職員，但與公司之間卻有著截然差異的態度。Blusse'認為，牧師鼓舞公司擴張領域的目的是為了讓教區隨之擴大，並且荷蘭領地的擴大，會帶來安定的政治氣氛，這有助於傳教工作的推廣。宣教師的態度和公司的態度之間有落差，這個落差可以是推動公司擴張的動力，也可以是造成公司和牧師之間衝突的主因。牧師和公司之間的關係可說是錯綜複雜的，因為在台灣同時有著兩套系統在運作：一是行政系統，另一是教會系統。一位牧師之上有教會系統的大員小會、巴達維亞小會、阿姆斯特丹中會，甚至還有南、北荷大會。在牧師之上的行政系統，則是行政長官及評議會、巴達維亞印度總督及評議會、以及十七人董事會等機構。
在虞魯提所編的檔案中，牧師可以對這些機構發出信函，因此一位能力強的牧師可以利用這些機構層級中與自己關係良好的管道處理爭議。但是，教會與行政系統之間的關係，並不一定是平行的關係，因為行政系統一直試圖將教會系統納於其下管理。此外，牧師在名義上還是公司的職員，所以在1651年以前宣教師除了傳教以外，還要兼行俗吏的工作。行政系統收編教會系統的工作，當然會遭致具有傳教使命感的牧師之反彈，兩者之間衝突的最高點是倪但理牧師（Rev. Daniel Gravius） 和台灣長官菲爾伯（Nicolaes Verburg）之間的衝突。
甘治士牧師與理加（Dika）事件
當甘治士來到台灣的時，先在熱蘭遮城從事神職工作一段時間後，之後很快就進入新港社。他在那裡搭建竹寮，並向西拉雅人學習語言。為什麼新港人願意讓甘治士牧師居住在他們當中？這純粹是政治上的考量。因為在當時西拉雅的部落之間經常有戰爭，因此如果能有一、二個荷蘭人住在他們當中，那麼荷蘭殖民政府自然會因為保護荷蘭人的緣故而保護新港社。
當時台灣長官努易茲曾拜訪新港社，答應給予新港社如此的保護，如果新港社人接受甘治士牧師傳給他們的教義。他也贈送新港社的「頭人」肉、飲料、以及三十批康甘布，並告訴新港社的頭人說這是甘治士牧師所贈。
但是，到了1629年 1月，整個情況有了變化。努易茲長官帶了一群武裝的兵士要逮捕新港社的人：理加（Dika）和他的十五位同伴。當時甘治士牧師正好奉命返回熱遮蘭城兩星期，主持荷蘭人的聖誕聖餐禮拜。根據努易茲的說法，理加和他的伙伴在一年前前往日本，造成荷蘭很大的傷害。而理加和他的伙伴早以聞風躲藏，努易茲長官威脅新港人說，若六天之內不交出理加和他的伙伴，荷蘭人將要對新港社宣戰。六天之後，努易茲果真帶著更多的軍隊再次來到新港社，但新港社民早已攜家帶眷躲進附近的叢林裏，只剩下一些老人仍留在社中。看到這種情形，努易茲改變計劃，對那些留下來的老人宣佈，要依照新港社人的習俗懲罰他們，要他們賠償三十頭豬、每一家十包米，還要為荷蘭人蓋一座屋舍，並摧毀前往日本的理加及其伙伴等人的屋舍。
同年2月26日，當甘治士牧師得到長官的同意回到新港社，發現一切都已改變，許多逃跑的居民不再回來。而其他尚留住村中的人也不再拜訪甘治士牧師所居住的地方，因為他們不再信任甘治士牧師，對他非常的疑懼。這就是甘治士牧師所描述的「濱田彌兵事件」中所牽涉到台灣長官與宣教師之間衝突的面貌。
由理加事件我們可以看到，基本上荷蘭東印度公司是贊成，並且願意協助教會對西拉雅人的傳教工作。但是，當傳教的工作牽涉到與公司利益衝突的時候，是以公司的利益為優先考量的。因此，原本是欣欣向榮的宣教區（在1628年聖誕節以前，已有一百一十名老人與年輕人能背誦主禱文，並能流利地回答一些基本的教理），在短短的半個月之內，這一切的成果就化為烏有。
由新港社、傳教者、和公司三方面來看，原先新港社眾和宣教師都需要殖民政府的協助，因此三者的合作關係是融洽的，但這種關係很容易就因公司利益而受到危害、破滅。夾雜在公司與新港社之間的甘治士牧師，則須擔起關係破裂後，再次將之彌合的角色。但是，甘治士牧師也不是默默地承受這一切的苦果。他越級向印度總督柯恩（Governor-General Coen）報告這一切事情的經緯，而且在書信中頗有抱怨台灣長官努易茲之意。或許甘治士牧師是希望利用台灣長官的上級，來給予一些壓力，以避免類似的事件再度發生。由此，我們可以看出傳教人員與殖民地官員之間的分合與張力。
尤羅伯牧師與麻豆的爭伐
1629年麻豆社民殺害六十名荷蘭士兵，對麻豆社的人來說，這是一件非常成功的屠殺。沒有人因而受傷。十二日後，台灣長官普次曼（Putmans）來台，接替前任長官努易茲，由於普次曼剛到，對整個情況尚不熟悉，未立即採取行動。受到麻豆社襲擊成功的影響，麻豆社及其附近的「番社」瀰漫著一股反荷的氣氛，並且時常騷擾領有荷蘭執照的中國人。由於情況愈演愈烈，普次曼長官請求印度總督布勞爾（Governor-Genaral Brouwer）派遣軍隊，並且由尤羅伯牧師出面招集新港社眾，決定於1635年11月23日以聯軍的形式出發，攻擊新港社的宿敵麻豆社。
攻擊隊伍首先來到目加溜灣社，由尤羅伯牧師召集目加溜灣社的長老，並加以勸降。25日，隊伍回到新港社。目加溜灣社的長老隨即趕到，表明歸降順服之意。26日，麻豆社派遣一名年老的中國人，至新港社求和。尤羅伯牧師出面接待，由普次曼在背後下達命令。同日，蕭壟社社民兩人前來，代表麻豆社，帶著矛與日本手斧，暗示承認荷蘭對麻豆社的主權，並放棄武器投降。27日，靠山邊的大武壟社，也送來矛，表示歸順之意。同日，又有兩名麻豆社的長老來訪，表示歸順之意，由尤羅伯牧師帶入教堂，他們表示反悔以往的惡行，並請求尤羅伯牧師為他們說項，在長官面前替他們求情。29日，荷蘭長官與麻豆社訂立合約。
由麻豆社的征伐，我們可以看到傳教者與殖民政府關係的另一種模式。在這種模式中，殖民政府與傳教者是合作的關係。在麻豆事件中，傳教者與殖民政府的利害關係是一致的，一個安定的政治環境對傳教工作的推展，是具有重要的意義。因此，對於普次曼遲遲未決定攻擊麻豆社，宣教師們在書信中表達不滿。
我們的國家成為被嘲弄的對象，在麻豆受難者的頭骨被斬示在台上，作為凌辱戲弄之物。在宴會當中，他們以摹仿這些受難者在河邊痛苦的呼喊來取樂。我們的國家成為被嘲弄的對象。
所以當普次曼決定攻伐麻豆社時，尤羅伯牧師扮演著積極的角色。這也是讓許多人認為宣教師是殖民政府的打手。在征伐麻豆社的事件中，可以看到尤羅伯牧師，扮演著台灣長官白手套的角色，由他們來召集新港社眾，商訂征伐事宜，歸降者也由他們接待。有時他們也替「番社」向台灣長官求情。很有趣的是，有關征伐麻豆社，以及次年平定南部各社的報告，由尤羅伯牧師向十七人董事會提出。由此可知，當時傳教人員和殖民政府關係密切的程度。
倪但理牧師與菲爾伯長官之間的衝突
1651年10月24日，政務員（Commisioner）與台灣評議會寫給印度總督及評議會的信函中提到，在台灣的行政系統和教會系統之間意見不合。代表行政系統的台灣長官菲爾伯與前財務員德史諾（Dirk Snoucq）和教會系統的評議員揆一（Federick Coyett）、牧師倪但理、和哈伯宜（Happartius），以及整個大員小會有很嚴重的衝突。這衝突在荷蘭人的團體中，造成很大的傷害。
這些意見不合，在團體中造成很大的騷動，帶來嚴重的傷害，幾乎沒有一個人可以倖免，也沒有任何對策可以因應。有一段很長的時間教會沒有舉行聖餐，台灣評議會和法庭也停止會議。人與人之間不能互相容忍，人們之間的愛消失了，變成冰冷的石頭。
這個事件肇因於菲爾伯長官指控倪但理牧師，私自給予幾位在蕭壟社的中國人人頭稅單，而不知會台灣長官，並且在稅單上蓋上倪氏自己的戳記。菲爾伯判決扣發倪氏的薪水，罰款一千基爾德（guilder）荷幣，並將倪氏軟禁直到前往巴達維亞城為止<ref>Ibid.</ref>。其實發給人頭稅單，這是傳教人員的職權，並已行之有年。而台灣長官菲爾伯卻認為這權力應歸屬台灣長官所有。這一件事情可以看出，傳教人員從事行政事務，當職權與行政系統的職權重疊時，所產生的困擾，正如前述宣教師除了擔任傳教工作以外，尚需負擔俗吏的工作。包括收稅、審判、通譯等等。其實這些工作對許多傳教者來說，是違背他們的良心，他們也一直請求能免除這些工作。倪但理牧師與菲爾伯長官的衝突，是由人頭稅的問題產生，但隱含在這事件的背後因素，恐怕是行政系統企圖將教會系統納入編制有關。尤羅伯牧師在1643年設立蕭壟小會，其目的就是要讓在小會中的西拉雅人學會管理自己的教會，使教會本土化。該小會也曾與大員小會連署信函，向阿姆斯特丹中會報告教會的近況。但是蕭壟小會在尤牧師離開台灣不久後，被行政系統的台灣長官關閉，理由是沒有這個必要。
在檢視教會對外的報告，原先由牧師負責。到1643年開始出現以小會名義發出的信函；到了1646年，則出現台灣評議會與大員小會的聯合決議錄。在該次的會議記錄中，記載著有關教理問答的討論。在該議錄中也決議小會的任何決定，必須報告台灣長官及評議會。由此可知，行政系統的勢力一步一步地干涉教會的事務。倪但理事件只不過對此趨勢一個微弱的反擊而已。
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