西元1598年的南特詔諭使預格諾派（法國的加爾文派）獲得許多自由，從那時起一直到西元1685年 南特詔諭被廢除時止，法國大約有一百萬預格諾信徒、八百間教會及八百多位牧師。預格諾信徒包括社會的各階層，有貴族。士紳、工匠、專業人員與農夫，但大多數人屬於中產階級，他們都是商業界、銀行界、工廠及專業的領袖人物，在各社區中，預格諾信徒往往是少數人，卻具有很大的影響力，因此「像預格諾那麼有錢」 成為當日流行的一句話。
預格諾派聚會的地方大部份是簡單的木造房屋，有的很大，可以容納七、八千人聚會，而且總是擠滿渴慕的聽眾。在主日，往往一天有四場講道。他們總是慷慨奉獻，支持當地工作及外地受逼迫的聖徒。教會裏實行嚴格的懲治，舉凡觸犯安息日及輕浮行為都被嚴厲禁止。
這時期的預格諾派共有四個學校，分佈在西丹（sedan）、蒙陶本（Montauban），奈姆（Nimes），及掃墨爾（Saumur）。這些學校規模龐大，不但設備完善，而且有當時最好的師資。
西元1715年，路易十四去世後，逼迫暫時中止，卻又於西元1724年再度以新的氣勢爆發。參加復原派崇拜的男人被抓去當軍艦廚房裏的奴隸，女人終生監禁；不把兒女送進天主教學校就讀的父母，課以重罰；凡讓復原派舉行聚會的市鎮，全體需繳罰款。
雖在逼迫的壓力下，「荒漠」教會仍繼續成長，但是他們的教會生活完全沒有組織。後來將教會重新組織起來的功臣是庫爾，他被譽為「法國改革宗教會的恢復者」。
庫爾生於西元1695年，五歲時父親去世，堅毅的母親稟承先夫的信仰，謹慎地給兒子造就訓練；在幼小的年齡，母親已經將他帶去參加預格諾派的秘密聚會，因此庫爾很小就有了敬畏上帝的心；青年時期，他決定奉獻自己，作個傳福音的人。
庫爾常到分散在各處的預格諾信徒中作探訪工作，發現他們沒有組織、紊亂無紀的情形，便於西元1715年八月召集了一次會議，當時他才二十歲。他雖然未曾進過大學，但藉著自修得到相當高的教育，對於改革宗教義有充實完善的裝備。雖然年輕，卻有豐富的才幹及說服力，因此庫爾立刻成為預格諾派的領袖，他在這次會議中的演講，給他們帶來新的熱誠和勇氣。
逼迫奪走了法國改革宗教會所有的牧師，而按照加爾文的傳統，改革宗教會是不讓平信徒講道的；在缺乏講員的情況下，只有暫時讓讀完神學的學生講道，但教會仍持守只許按立牧師講道的條例。「荒漠」改革宗教會會友們一致通過在他們中間有兩位有資格作講員，即庫爾和科爾德茲（Corteiz）。科爾德茲比庫爾年長，因此他被送到瑞士去接受按立；回來後，他再接立庫爾為正式牧師。
為了當時的需要，庫爾於西元1730年在瑞士洛桑（Lausanne） 創辦了一間神學院，訓練傳道人，因為洛桑是法國政府的逼迫鞭長莫及之地。神學院極其簡陋，只有一間二樓的房間作為課室，卻有許多極具恩賜、完全獻身的年輕人，在那狹小簡單的房間中受造就。這間洛桑神學院又被稱為「死亡學校」，因為大部份受完訓練回到法國改革宗教會事奉的傳道人，遲早會成為逼迫下的犧牲品。
拉波比庫爾小二十三歲，當他二十歲時，將自己獻身於法國改革宗教會。庫爾曾經描寫「荒漠」教會的精神為：「一種苦修、內省、智慧、殉道的精神，它教導信徒天天向自己死，治死私慾，預備自己，在上帝呼召的時候，勇往直前，面對折磨與絞架，將自己的生命獻上。」
而拉波就是這種精神的具體表現。
拉波在庫爾的洛桑神學院進修一段時期，他充滿熱誠，又是一位有恩賜的講員，具有天賦的吸引力。他在法國改革宗教會工作五十六年，經歷說不盡的艱困，時常冒著生命的危險，然而「蛇的靈巧」使他可以躲避政府的追捕，他確實不愧為「荒漠教會的使徒」。
到西元1648年時，西班牙已經失去歐洲強權的地位；荷蘭共和國雖處於黃金時代，卻與英國在互爭商業及海上的霸權；德國因受三十年戰爭的影響而處於疲憊狀態；因此在這時候，歐洲最強的勢力要算是法國了。
法國是一個天主教國家，法王路易十四雄心勃勃，他要在有生之年擴張法國的疆土，他所覬覦的地方包括西班牙、荷蘭及德國的萊茵河谷地區，他也計劃降服英國。
身為一位專制暴君，路易十四最恨復原教主義，尤其是加爾文主義，因他知道加爾文主義強烈主張宗教及政治自由。
路易十四於西元1685年廢除南特詔諭；因此，大逼迫又起。法國改革宗教會有上千信徒為主殉道，有幾百人放棄信仰，約有五十萬到八十萬預格諾信徒逃到德國、荷蘭、英國及美國，他們的離開使法國工商業遭受重大打擊。
這次逼迫使法國改革宗教會幾乎失去所有信徒，只剩幾千「餘民」，他們重新把自己組織起來；接著發生的，是教會歷史中最偉大的英雄史跡之一。
這批「餘民」退到深山荒野，所謂「荒漠」的地區中。政府下令屠殺所有預格諾派，連婦女也不例外；留在國內的幾位牧師，幾乎全被殺盡。逃到國外的牧者，有時偷偷越境，回國探望這批分散的羊群。每次相聚都帶來莫大的鼓舞與喜樂。即使沒有牧師，他們仍然冒著生命危險，繼續聚會。其中有一位最勇敢的牧師，名叫布若孫（Brousson），他來回邊界好幾次，經歷數次驚險的逃亡，最後終於被捕，並在一萬人面前處死，群眾痛哭，被他的英勇堅毅所感動，甚至有許多天主教徒因他的感召而歸信了復原教。
這次殘忍的逼迫，將預格諾派逼到不顧一切、盲目狂熱的地步。西元1702年到1710年間，他們與逼迫者展開恐怖的遊擊戰，造成巨大的損失。
第一次世界大戰後，緊接著的是美國趨向繁華的年代。事業發達、錢財富裕，使許多有錢人將大量捐款奉獻給教會。於是興建了許多富麗堂皇的大教堂。最出名的是浸信會河濱教堂及聖公會聖約翰座堂，兩間都在紐約市。
為了配合美侖美奐的新建築，崇拜也更趨儀式化。牧師穿上牧師長袍，詩班也穿上詩班袍，教會音樂愈形莊嚴華麗，並加上牧師及詩班的入席和退席聖樂、會眾的應答詩歌以及詩班的聖歌。
教會儀式越來越複雜，參加聚會的人數卻越來越少。好些教堂已經聽不到上帝的話，敬拜的心已從聚會中消失。教會失去了傳福音的基本功用，反而由自由神學（Liberalism）及社會福音（Social Gospel）所取代。
今日的自由神學主義被稱為現代主義（Modernism）。這種神學思想將成千上萬的信徒帶進一種模糊、無稽和不能滿足的信仰中。因它的教導包括許多卓越的看法，所以能吸引那些缺乏聖經之真理基礎的人。
現代主義對於永恆的奧秘帶著敬畏的態度，他們對基督非常尊敬，認為祂是一位獨特的宗教奇才。他們贊揚聖經是一本了不起、偉大作品的總匯。但是他們不承認童貞女懷孕生子，及基督的神性。他們不承認世人都犯了罪及基督十字架的代贖之功。現代主義可以說否認全本聖經的基要教義，主要是因他們不信聖經是神所啟示的。他們認為聖經只是以色列人宗教思想、感情及經歷的紀錄。
現代主義不信信仰中有任何權威，因此，他們不接受任何信條。由於他們主張每個人都可以有自己的看法，所以彼此之間也有根多歧異。
今天，現代主義不像過去對自由那麼有把握，因為歷史證明瞭一些他們的錯誤。他們把人放在中心，取代上帝的地位；根據進化論，他們相信人類是朝向理想、美好、有用及幸福的境界邁進；他們把一切希望建立在人的身上，人可以用自己的能力建設更好的世界，過美好的人生。
然而，西元1929年發生經濟崩潰，接下來是第二次世界大戰的恐怖與殘酷，歷史證明人類確是不完全、充滿罪惡，而且無法向更美善的世界邁進。
西元1880年以後，美國的有錢人越來越多，大大影響教會生活。
靈命復興主義仍然繼續，大約有八十間至九十間教會每年冬天舉行一系列奮興培靈會。露天聚會也在鄉村地區舉行，尤其是在南部一帶。但是卻有顯著的改變。
在紐約沙妥誇湖邊（Chautauqua Lake）舉行的露天聚會，清楚顯出當時人的富足：小屋取代了帳蓬。過去露天聚會是在樹下舉行，現在則以大帳幕取代。到西元1874年，演講和娛樂節目開始取代奮興信息。
沙妥誇湖邊變成夏季活動的聞名地點。美國其他地區也開始了類似的營地，舉辦教育性及娛樂性活動，都以「沙妥誇」為名。
靈命復興主義因一本書而遭到強烈批評，那是一位公理派牧師布士內爾（Bushnell）所寫的「基督徒的教養」（Christian Nurture）。這本書使教會看重青年人的造就工作。靈命復興主義又於西元1902年再度受挫，這次是因「宗教復興的原始特點（Primitive Traits in Religious Revivals）」一書造成的。
工業時代使教會強調行政效率，於是成功的工商管理人才進入了教會的財務部門。
財富的增加也加強求學的慾望，不但各宗派設立的學院增加，每個學院的注冊人數和收入也空前地增加。大學校長變成行政專家，他們最大的目標在為學校爭取大量捐款。
這時，一些有錢人也在全美各地設立大學，包括芝加哥大學、康乃爾大學、史丹福大學及四間女子學院：華沙學院（Vassar）、史密斯學院（Smiih）、衛斯理學院（We11es1ey）及布林馬爾學院（Bryn Mawr）。其中有幾間是由一批認清自己是「上帝的金錢管家」的信徒所設立的基督教學府。
在工業發達、經濟成長的情況下，許多教會開始關心社區中的社會問題。
1880年代後，許多人往城市裏搬；新移民又為城市增加更多的人口，貧民窟漸漸形成，許多人受狹窄而不衛生的條件所影響；面對這些社會問題，所謂的「制度化教會」（Institutional Church）便形成了。
「制度化教會」的創始人是威廉米倫伯（William Muhlenberg），他是美國信義宗開荒牧師米綸伯的曾孫。從西元1846到1858年間，他是紐約市聖教會教區長，在他的激勵下，教會贊助一些社會服務機構。
紐約第一公理教會的畢察（Thomas Beecher）牧師，於西元1872年在教會加建體育館、演講廳及圖書館。康威爾（Con-well）牧師於西元1891年，在費城浸禮派聖殿教會中增加社會關懷部門，又開縫紉班、閱覽室、體育館及夜校。白天工作的人，可以在夜校接受義務老師所提供的免費教育，這間夜校後來發展成「聖殿大學」（Temple University）。
許多神學院課程中都增加了「基督教社會學」及「社會服務」的課程。西元1908年美國基督教聯會也采納了「社會信條」（Social Creed of the Churches）。
這一切關懷社會的活動，漸漸使教會忘卻它的主要功用，許多人迫切地遵照主耶穌「愛鄰舍」的命令，但卻逐漸忽略「因信得救」的純正福音。
「關懷社會」是基督徒應做之事，然而教會最重要的工作還是福音的廣傳，以及聖禮的施行，這些事永不可忽略，也不可放在次要地位。
美國教會歷史的一項特點是，自西元1880年後，教會面對宗教教育問題。
在該世紀的開始，已經有很多復原派教會對公立學校缺乏宗教教育，而深表不滿。在殖民地時代，宗教是教育的主要部門，然而，宗教內容逐漸被挪走。許多教會領袖看清這是全民的危機，而當時家庭與主日學工作尚沒有補上這個缺口。
於是他們嘗試把主日學工作做好。西元1872年，有系統的主日學教材開始出現，並有各種「教學輔導」版本。有些教會為了使主日學工作更趨完善而興建教育館，並推出師資訓練課程；結果挑起了主日學的熱誠，主日學工作有顯著的進展。有些大教會設立宗教教育部主任；有些州也有專人負責宗教教育部門；週間與暑期聖經學校設立起來；有些地區的學校提早放學，讓孩子可以參加聖經班。神學院裏增開宗教教育系，以便訓練更多的老師。然而這許多努力的結果，仍然令人失望。
天主教、信義宗、安息日會與改革宗的信徒，則采另一種作法。他們對公立學校給孩子的教導不滿；覺得每週只有一小時宗教教育課，師資又缺乏經驗，絕對無法與五天在專業教師下的教育抗衡，他們更覺得，不應該以撒一點鹽的方式教導孩子宗教，而應該讓所有的科目都浸透在其中，因此他們自己設立學校，自幼稚園到大學， 每週上五天課，所有科目的立場都符合信仰的原則。
天主教、信義宗、安息日會的學校和改革宗學校，在組織上有所不同。前三者為屬於教會的學校（Parochial School），後者則大半為社會管理的學校（society-controlled schools）。
改革宗教會跟隨荷蘭該伯爾的腳蹤，深信人生必須被基督教信仰所管理，但不是被教會所控制。他們相信教會的功用是傳福音及施行聖禮，而非興辦學校。但是基督徒家長必須建立、維持、並管理自己的基督教學校。因此改革宗家長協會負責三百五十間基督教小學及中學，管理七萬名學生及三千五百位受過專業訓練的老師，這些學校都是「國際基督教學校」（Christian Schools International）的會員。
「宗教教育」是一個國家最重要的問題，沒有宗教教育，這個國家必走向毀滅。美國國勢再強，若在公立學校中沒有宗教教育，必然難逃毀滅的結局。由於撒但在公立學校教育的影響越趨明顯，使其他宗派教會也感到有成立教會學校的必要。浸禮派、神召會及其他教會的家長所成立的基督教學校，組織了全國基督教學校協會，會址設在伊利諾州的惠敦鎮（Wheaton）。聖公會也有許多私立學校。
