加爾文的救贖論主要依據路德的說法，並無很多個人的發明。他同樣認信惟獨恩典和惟獨信心，否定人的作為能在得救的過程中佔有任何位置，連他的信心也是上帝所賜與的恩典。
其中較為特別的，是他將[義] 作更清楚的界分，分為「主動的義」（active righteousness）與「被動的義」（passive righteousness）。他強調人之所以蒙上帝悅納，不是由於人自身的利義，卻是上帝把他的義注入我們的生命中。這是上帝的義而非人的義，是被動的義而非人主動成就的義。
與路德略有不同的是，加爾文認為這個被動的義是人真實能擁有的，並非僅僅的在身份地位上宣稱為無罪，故基督徒與非基督徒在生命上有實質的分別。而這個為人所擁有的被動的義，便成了他能在重生與稱義後努力尋求成聖、獲得主動的義的可能條件。
加爾文的基督論大致與大公教會的傳統說法相同——高舉基督永在且完全的神人二性。不過，他不同意傳統教會過分將討論焦點放在基督的本體的做法，認為這已偏離了福音書的重點，使教義擺脫了聖經神學的約制。按照福音書的說法，基督的作為是更被關往的。對我們而言，真正有意義的問題是：祂為我們做了甚麼？。
對此，加爾文強調耶穌基督的三重職事。[基督] 就是受膏者的意思。舊約聖經有三種人要受膏立：先知、祭司和君王，耶穌基督乃兼具這三重職事。祂是先知，向世人宣告上帝的心意；祂是祭司，以自己的生命作為祭牲，為人類獻上贖罪祭；祂是君王，統攝萬有，掌管一切，並為再來的主。
由於耶穌基督是人的典範，所以基督徒也該履行這三重職事。我們是先知，向世人宣告世界的罪惡和上帝的救恩；我們是祭司，為人們的過犯向上帝代求；我們是君王，參與治理世界，並在將來與耶穌基督一起治理萬有，分享他的治權。
加爾文並非視人為一無可取、毫無價值的，事實上他相信人仍有內在的美善，並多次鼓勵人藉聖靈的幫助將其善念踐行出來，這也是他的重生與成聖觀的基本信念。不過，他卻認定人在得救的事上是無能為力的，因為人性已被罪性扭曲，失去了不犯罪的自由。
由於人在墮落後失落了自身的人性，無法活出上帝創造時對人的本意，因此，人要成為真正的人，便得參照在人間唯一未被罪所扭曲的人：耶穌基督。耶穌基督是人的原型，加爾文的人論與基督論是密切相關的，惟有透過耶穌基督，人才看見他原本的樣式。藉著傚法基督，我們學習成為上帝眼中所喜悅的真實而完全的人。
今天教會流行的信念，與加爾文的想法剛好相反。現在「人」學。有壓倒神學的趨勢。教會主日學及神學院最熱們的科目是輔導，最受信徒歡迎的課題是自我成長、自我發現、自我追尋等。此等科目大都毫無保留地接受心理學的研究成果，最多是以一、兩節金句作點綴，為人學理論抹上一點基督化（Christianization）的色彩而已。
加爾文認定不可能從人的角度瞭解人，必須從上帝的角度去瞭解。人的自我實現（seif-actualization) 不是實踐他早已為罪扭曲了的個人夢想渴求，卻是要實現上帝創造時早已預備的計劃。惟有認識上帝，人才能知道自己的本相，曉得當行的路。加爾文的人論等於基督論，因為基督是一個人的楷模、真正的人（The Man）。
1．上帝的絕對主權
加爾文在強調人的無能時，也非常強調上帝的全能。對加爾文來說，他認為研究上帝的所有屬性（例如無所不知、無所不在、無所不能）都不是太重要的。上帝是怎樣的上帝，他有多偉大多無限，跟我們有甚麼關係呢？我們唯一要知道的是，以耶穌基督為主，這才與我們有最切身的關係。因此，抽空地討論上帝的屬性，根本毫無意義，試問上帝能否造出一塊連它自己也抬不起的石頭，跟我們的生命有何關連？但倘若我們認真看待耶穌基督是主這個真理，我們的生命就有嶄新的改變。加爾文認為上帝最重要的屬性是：它是一位有絕對主權（absolute sovereignty）的上帝。上芾統管萬物，掌管人類的歷史。
上帝論是加爾文神學思想的關鍵。我們讀《基督教要義》，會發現他基本上是按照聖父、聖子、聖靈這三一論，將全書分為四大部分（聖靈論包括了卷三和卷四）來闡述。加爾文的神學是以三一論為架構的。聖父論關達到世界的被造，基督論關乎人論、罪論和救贖論，聖靈論則與基督徒的成聖（有稱為[工夫論] ）、教會論和末世論有關。加爾文強調上帝是宇宙萬有和人類歷史的主，祂的作為彰顯祂的本質，祂是一切的一切。
2．上帝的護理
從上帝的主權，自然推論到他的護理（Providence）。
上帝的護理觀念在加爾文的思想中佔有非常顯要的位置。他在相信世界是由上帝創造之餘，更認定世界仍由祂所掌管。他斷然拒絕日後（啟蒙時期）那種[自然神論]（Deism）的觀念——認為上帝在創造世界，為其設定軌跡和注入動力以後，便任由它自動運轉。上帝既然從無中創造萬有，祂便不能填臾離開世界，否則世界將復歸無有。上帝用祂權能的命令托住萬有，萬有常在他的執掌、保守及護理之中。歷史的每個時刻、宇宙的每個片段，都有上帝的恩典，也得靠賴上帝的思典。人的犯罪不能破壞上帝的計劃，但上帝卻能使壞事變為好事。
加爾文所提倡的預定論，與他的護理觀有密切的關係。人若拒絕上帝預定了人間一切的說法，在某程度上乃否定了他對世界的管轄權力。例如不少人便倡言上帝只決定了歷史發展的大方向，至於具體細節卻仍未有定案，需要由人開創，篇其賦予內容；更有人主張人是與上帝一起創造歷史（co－creation）。加爾文不能接受以上的觀點，他相信上帝早已經構畫了整個歷史的劇本，並且無時無刻ˍ不是這齣戲的導演，我們每個人不過是按本子演出的演員罷了。
路德神學的起點是人自覺自己徹底無能，無法倚賴行為成聖，故必須藉信心領受上帝在耶穌基督裡的恩典，因信稱義。從這裡出發，路德將他的神學思想扣緊著耶穌基督的救恩，建構出一套「十架神學」。他的神學肯定不是人本中心，卻是由人開始的。但是跟路德不同的是，加爾文的神學並不是以個人的屬靈經驗為始發點的。他的神學中心是上帝的道，而起點則是上帝的啟示。
加爾文認定人在屬靈的事上是徹底無知的，上帝的超越性是被罪污損了的我們所無法認識的；故單靠理性，人無法尋得或明瞭有關上帝的真理。我們之所以能認識信仰，乃因上帝首先向我們說話。上帝與人之間的鴻溝必須由上帝親自逾越。上帝取了人的樣式，向人說話，人才能有明白的機會。整個信仰及神學的起點是上帝的啟示。六十六卷聖經是信仰的起點，所以，加爾文的神學系統是建造在聖經神學之上的。
聖經不獨使信仰成為可能，也同時規範了信仰的範圍。不少人對神學家有所誤解，以為他們是閒著無事，翹著腿作天馬行空式、胡思亂想的傢伙（那些吹噓後現代理論的所謂[神學家] 倒不折不扣是這一類人）。對加爾文而言，一支針尖可供多少天使在其上跳舞、上帝在創世以前究竟做甚麼、信徒將來復活後是否每天都得唱詩…等，統統都不屬於神學的合法問題的範圍內。
神學問題是回應性的，就是回應上帝的啟示。聖經所不曾涉及的，便不能成為合法的神學議題（反正再反覆討論也不會有公認的答案）。畢竟，人無法窮盡宇宙人生的奧秘。
加爾文的思想由於受嚴謹的聖經神學所約制，也許沒有路德那樣具創意；但他的思想既清晰又系統化，卻亦為路德所不及。路德神學仍擺脫不了經院神學的格局，總喜愛作迴旋式的循環申論，且有許多富睿智卻不易明其所以的辯證式說法，諸如基督徒既是自由人又是奴僕等，一般人是很難充分掌握的。但加爾文則不然，他的思路明晰，邏輯細密嚴謹，首尾相貫，井然有序。
加爾文可以說是一位聖經狂熱者，他將其神學系統乃至基督教信仰都搭建於聖經之上。他肯定全本聖經皆為上帝所默示。由於上帝是恆久不變的，全本聖經（包括舊約與新約）具同等價值，並且互相闡明，完全和諧。
聖經具有四重特性：統一性（unity）、權威性（authority）、清晰性（clarity ）和充分性（sufficiency）。加爾文強調聖經的統一性，所以主張以經解經。聖經是基督教信仰最終極的權威，一切傳統和教義都得以聖經來加以證明，方取得在教會存在的資格。
聖經不是符咒圖冊，當中沒有甚麼內容是神秘不可知的；加爾文認定字面意思就是聖經的意思，人人都可以明白，不需要具備特殊的屬靈眼光，聖經的清晰性為[信徒皆祭司] 提供堅實的理據。
聖經在教義及信徒生活規範上有充足的指引，毋須作別的補充。加爾文是嚴謹的聖經神學家，他在《基督教要義》裡便花上大部分篇幅來闡明聖經的相關道理，而他更畢生撰述了大量的聖經詮釋（釋經講章）。
