營造府城成為台灣的宣教中心，一直是英國長老教會的目標。在「樟腦紛爭」之後，傳教士有了宣教權和保障，於是一八六八年馬雅各又重返府城安平，在二老口租下許家大厝，重開醫館，開始了後人俗稱「舊樓」（新樓醫院的前身）時期的醫療傳道工作。
馬雅各是一位傑出的外科醫生，求助於他的病人也多以外科居多，眼疾、難產、手腳潰爛……等各式各樣的病症，四處求醫無效時，都轉而來找馬雅各。
而醫療也確實對馬雅各的傳道工作產生非常大的助益。長老教會黃茂卿指出：「唯有解救人的生命和解除病痛等實際經驗，最容易消除人們對基督教的反感和排斥，初期信徒大多數是因醫療而接受福音的。」
特別的是，馬雅各多以平埔族為宣教的對象，初期所建立的教會也全都是屬於平埔族的教會。究其原因，主要是因為性格單純的平埔族在當時常受漢人欺壓，買賣經常受騙，相較之下，「紅番」醫生馬雅各的愛心深深打動平埔族人，很快就傳遍各部落。
馬雅各初期在台灣醫療傳道的路途十分坎坷，除了文化的藩籬、觀念的差異，當年傳道的時空背景也十分複雜。上帝愛世人的昭告無法打破民眾先前船堅炮利的印象；基督教義與經濟利益、救人的醫療和害人的鴉片，糾結、混淆不清，民眾普遍知識程度不高、生活水準低落，對外來文化既恐懼又排斥。
台灣基督教長老教會長老黃茂卿在《台灣基督長老教會太平境馬雅各紀念教會設教一百二十年史》一書中，提及馬雅各宣教之初的時代背景：「設教之初，台灣人眼見基督教的來臨，是隨著外國兵炮洋槍，經濟侵略和不平等條約同時而來，無法接受福音。何況來台的英國人中，確有許多牟利不屑舉動……」
清華大學歷史所教授傅大為稱當年傳教士「挾著外科利器與奎寧白粉行走東方」的醫療傳道為「半殖民醫療」，他在「從馬偕談清末台灣的半殖民醫療」一文中指出，最早來台的馬雅各醫師常遇困難與衝突，而後來台的傳教士之所以較為順利，是拜「樟腦紛爭」之賜。
話說當時擔任清朝海關職員的英籍人士必麒麟，明知樟腦是台灣專賣品，卻在非條約港梧棲買下一批樟腦，企圖以英國人的威勢走私牟利，被查獲沒收。
在此同時，長老會在埤頭（鳳山）的教會遭破壞，馬雅各來台宣教所收的第一位信徒──高長，在鳳山傳道時，被暴徒痛毆，並關進監獄。
樟腦紛爭加上教會遭破壞，英國從香港出動二艘軍艦攻擊安平。事後，清廷除了賠償教會的損失外，並明文宣布外籍宣教士在島內有居住、傳教之權，迫害基督教與信徒係犯法。
不過，當時民眾甚至政府官員，對基督教仍是充滿憤怒與歧視。
（中央社記者楊思瑞台南20日電）台南市政府感念已故英國傳教士、醫師馬雅各（James Laidlaw Maxwell）對台灣現代化醫療貢獻，近日前往馬雅各出生地英國愛丁堡懸掛紀念碑牌，並象徵台南與愛丁堡間友誼。
台南市長黃偉哲今天透過新聞稿表示，台南曾在2021年馬雅各逝世百週年時盛大舉辦紀念活動，如今能在台南400年、新樓醫院160年以及愛丁堡邁入900年時，於馬雅各出生地懸掛紀念碑牌，不僅感念馬雅各奉獻，更是台南與愛丁堡從19世紀以來交流歷史見證。
黃偉哲表示，感謝台灣基督長老教會、新樓醫院、愛丁堡大學、愛丁堡市議會、愛丁堡市政府、蘇格蘭台灣協會以及駐英國台北代表處愛丁堡辦事處等單位協力，讓紀念碑牌得以順利鑄造，並懸掛在愛丁堡市區要道上，供來往行人和遊客紀念。
台南市政府提供資料指出，馬雅各紀念碑牌懸掛於其出生地愛丁堡卡農門（Canongate）200號附近的西蒙勞瑞之家（Simon Laurie House），位於愛丁堡舊城區熱鬧道路上，現屬於愛丁堡大學所有，馬雅各為英國長老教會首名派遣到台灣的醫療宣教士，對台灣醫療發展有深遠影響。
台南市政府指出，紀念碑牌上刻有馬雅各對台灣與台南醫療貢獻，掃描QR Code則可直接連結至他生平介紹網頁；碑牌上同時陳列台南市徽、愛丁堡市徽及新樓醫院院徽，象徵台南與愛丁堡因馬雅各串起的友好情誼。
馬雅各19世紀後期到台灣南部傳教及行醫，在台南創建台灣首座西式醫院看西街醫館（今天的新樓醫院），1921年在英國去世，享壽85歲。（編輯：謝雅竹）1130620
「一府、二鹿、三艋舺」，早期台灣幾個繁榮的地區都在港口，排名第一的台南府城，自然是宣教師進入台灣傳教時的第一個據點。
一八六五年五月二十八日，馬雅各隨著杜嘉德牧師和兩名信徒，在高雄旗津港上岸，六月十六日來到台南看西街亭仔腳開始他的傳道醫療工作，這一天便成為英國長老教會日後的「在台設教紀念日」。
在低矮的平房中，前半部做禮拜堂，後半部當診所，先講道、再看病、領藥，台灣第一家西醫診所就這麼開張了。
然而，作為開路先鋒，馬雅各在府城醫療傳道工作並不順利。他不僅受到當地中醫師的圍剿，當地居民甚至還謠傳他會挖人眼睛和心做藥，開業二十三天，禮拜堂兼診所就不得已被迫關閉。
馬雅各只好避走有英國領事館保護的旗後（打狗的政治中心），當年九月，他又在旗後設立一所可以容納八名患者的醫館，並在醫館對面設立禮拜堂。
其實，明朝末年，荷蘭、西班牙割據台灣時，基督教曾一度傳入台灣，但鄭成功收復台灣後，宣教工作便就此中斷，只留下荷蘭人宣教時所使用的羅馬字。
清末，南京條約開放五口通商後，英國長老教會便在汕頭、廈門設立宣教據點，與廈門僅一水之隔的台灣，自然也引起長老教會的注意。
一八五八年，天津條約開放台灣府與淡水港，一八六○年，基督教長老教會隨即「登陸」台灣。英國長老教會的杜嘉德等牧師來台短期停留，他們看到當時台灣衛生醫療條件不佳，疫病嚴重，於是建議教會派員來台宣教。馬雅各就是首位被派來台的醫療宣教士。
西元一八三六年出生於蘇格蘭的馬雅各，畢業於英國愛丁堡醫學院，先後到柏林、巴黎醫學院受訓，是一位出色的外科醫師。
一八六四年，他飄洋過海到廈門接受語言訓練，一年後來到台灣宣教。
1868年，英商「怡記洋行(Elles &
Co.)」違反禁令私購樟腦準備運往海外，遭到官府查扣，最終擴大為國際糾紛，史稱「樟腦事件」。英方以武力為後盾，逼使清政府達成協議，除開放樟腦自由貿易並止民眾誹謗基督教、承認傳教士在台灣各地有傳教居住的權利等。在得到法定協議的保護後，馬雅各帶著剛剛完婚不久的妻子重返台南，開設醫館與禮拜堂。這間醫館就是今日新樓醫院的前身。
1871年，馬雅各在台灣的服務任期屆滿，返回英國。值得一提的是，馬雅各的兩個兒子在耳濡目染下，長大後也投身醫療宣教工作。長子馬約翰(Jhon Praston Maxwell，1871～1961)在中國大陸行醫；次子馬雅各二世(James Laidlaw Maxwell Jr.，1873～195l)則跟隨父親的腳步來到台灣，出任新樓醫院院長。父子3人均從事醫療宣教工作。
馬雅各曾說：「如果我還有其他的孩子，也願意奉獻給上帝。」他認為在台灣將近7年多的時間，是他一生中最美好的時光；而對台灣來說，馬雅各帶來的西方醫學概念與技術，則為台灣現代醫療打下重要的基礎。
