在耶穌的時代，釘十字架和鞭打是很常見的事，過程人人都曉得，沒有必要詳細描述，因此聖經上只寫著：『彼拉多．．．．．．將耶穌鞭打了，交給人釘十字架』。
雖然聖經上沒有紀錄細節，但是從生理和解剖的觀點，我們還是能夠深入看到主在受難過程中所必定經歷的事情。拿撒勒人耶穌的身體在最後幾個小時所遭遇到的怎麼樣的折磨呢？
客西馬尼
主耶穌身體受苦是從客西馬尼園裡開始的。聖經上說祂「汗珠如大血點滴在地上」。主耶穌因為難過緊張而大量流汗；無論祂當時所流的汗裡是不是和有血，那樣地流汗會已經開始造成體內水分和鹽分的流失。有人認為主耶穌那時汗裡帶有血，這並不是不可能的。在極端緊張的狀態下，因為包圍汗腺的微血管破裂，而造成血與汗一齊從皮膚滲出的現象在醫學上叫做「血汗症」（ hematidrosis 或 hemathidrosis ）。如果主耶穌的確是汗與血同時流，祂的身體就更容易虛脫了。
雖然被捕後的緊張與孤單會對主耶穌造成一些自律神經和內分泌以及新陳代謝方面影響，然而這並不是直接的傷害，卻會加速消耗，使後來的遭遇更加辛苦。
第二件在醫學上意義比較顯著的事件，是發生在大祭司該亞法面前受審時。在這裡祂第一次受到身體的傷害。先是一個差役用手掌打祂的臉，然後是一群人用拳頭和手掌毆打祂。
在彼拉多面前
一夜未眠，身體也已經有些脫水，同時因為被打而到處淤青酸痛；天一亮主耶穌就這樣被押解著走到彼拉多那裡，再從彼拉多那裡走到希律安提帕那裡，然後又走回彼拉多那裡被鞭打。
按照凱撒皇帝的命令，鞭刑是有一定的方式的。首先祂的衣服要剝下來，兩手被高舉過頭綁在一根柱子上，然後羅馬兵丁開始用鞭子抽打。他們用來打犯人的是一種短短的鞭子，每個鞭子有好幾根強韌的皮條，每根皮條的頂端帶著兩個鉛做的小球。照規矩兵丁要用他最大最猛的力氣使勁揮起這個重實的皮鞭抽下去。主耶穌的肩膀、背後、和腿上都是這樣被猛烈地抽打著。最初，這些重實的皮條只是割破表皮而已；後來，這些皮條就切進皮下組織的深層，造成皮膚微血管和小靜脈破裂，血汨汨地往外滲；最後連肌肉裡較大的動脈也破了，血就一直不斷地流出來。
那些小鉛球打在身上，起先是造成皮膚深層大塊的瘀血；後來再繼續打就使打到的地方破綻了。最後背上的皮膚好像被撕裂般，變成一長條一長條掛在底下模模糊糊、爛爛一片的肌肉脂肪和鮮血中。在負責監督的百夫長判斷犯人已經差不多會死的時候才停止鞭打。
嘲笑
已經半暈過去的主耶穌兩手被鬆綁之後，就跌趴在石頭地上，全身都是自己所流濕濕的血。羅馬兵丁看著這個卑微的、半死的主耶穌，對祂曾經號稱自己是猶太人的王，充滿了譏笑與不屑。他們綁了一件袍子在祂肩上，在祂手裡放一根葦子當權杖。他們還需要一個王冠；於是他們用荊棘（一種戶外烤火時用來撥弄爐火的刺很長的植物枝子）彎起來編成一個王冠戴在祂的頭上。這個王冠被壓到頭皮上時，長長的刺割破血管豐富的組織，鮮血從頭皮不斷地流到臉上和頭頸。嘲弄完了，他們拿葦子打祂的頭；頭上荊冠被打到動來動去，許多傷口劃得更深更長。最後他們玩膩了，就從主耶穌的背上把袍子扒掉。袍子早已被凝固的血液和血清粘在傷口上，這樣粗魯地扒下來讓奄奄一息的主耶穌背上一陣劇烈疼痛，鮮血又從已經乾掉的傷口湧出來。
各各他
按照猶太人的習俗，兵丁顯然是把主耶穌原來穿的衣服又還給了祂。他們把十字架重重的橫木綁在主耶穌肩上，和另外兩個強盜由一個百夫長帶隊，緩緩走到行刑的地點。這一段路大約六百公尺。
儘管主耶穌努力站立著向前走，但是木頭巨大的重量，加上先前流過許多血，祂跌倒了。粗糙的木頭劃破札進祂頸項和肩頭的皮膚與肌肉。祂嘗試要站起來，但是沒有足夠的力氣。不願耽擱時間的百夫長抓住旁觀的一個古利耐人西門，叫他跟在後面替主耶穌背那塊木頭。主耶穌仍然在繼續流血，全身同時冒著冰冰粘粘的冷汗。到了執刑的地方，祂再度被扒光衣服，只留一條布圍在腰部。釘十字架開始了。兵丁拿苦膽（一種輕度麻醉劑）調的酒給主耶穌喝，祂沒有接受。他們命令西門把橫木放在地上，然後把主耶穌放倒，肩膀靠在那根木頭上。一個兵丁在主耶穌一邊的手腕找著沒有骨頭經過的地方，將一根方方的粗鐵釘從祂手腕的那裡深深釘進木頭去。另外一邊也同樣；釘的時候他們特別注意不使兩臂伸得太緊，讓犯人有一點屈張身體的空間。然後他們把橫木和直木固定好，再在直木上端釘了一個牌子，寫著「猶太人的王，拿撒勒人耶穌」。
主耶穌的左腳是與右腳疊在一起向下，腳趾朝下，用釘子穿過腳背釘在木頭上，讓兩膝略微能彎曲。
在十字架上
當主耶穌身體的重量使得身體墜向下時，手腕裡的正中神經（ median nerve ，一條在手腕及手掌中間經過的粗大神經）被釘子用力壓迫到；閃電般的劇痛從手掌穿過手臂到達頭腦，從頭到手痛的好像要爆炸那樣。當祂反射式地用腳將身體頂上來一點時，全身的重量就加在兩隻腳壓在那根釘子上；又是火燒撕裂般的劇痛從中足骨（ metatarsal bones ）間的神經發出來。
在這樣痛苦的掙扎中發生了另一個現象。手臂漸漸疲乏無力，肌肉開始一陣陣劇烈的痙攣抽搐，造成連續不斷、要命的劇烈痛苦。這時候主耶穌失去了控制雙臂肌肉的能力，軀幹垂掛在兩臂下，大胸肌（ pectoral muscles ，胸部的大肌肉）麻痺了，肋間肌（ intercostal muscles ，肋骨間的小肌肉）沒有辦法工作；空氣可以吸入肺裡，可是沒有辦法呼出來。主耶穌掙扎著把身軀頂上來一點，好稍稍換一口氣。終於祂肺中和血液裡的二氧化碳濃度升高到一個程度，肌肉痙攣稍稍緩和了點。
最後的話
祂暫時能夠隨著痙攣的抽動將身軀往上頂一下、頂一下，讓肺裡的空氣得一點交換。祂的七言是在這樣痛苦、短促的呼吸中說出來的。向下祂看見捻鬮分祂衣服的羅馬兵丁，祂向父禱告說：『父啊，赦免他們。因為他們所作的，他們不曉得。』
第二次，祂向悔悟的強盜說：『今日你要同我在樂園裡了。』第三次，祂看見站在下面哀痛逾恆的媽媽馬利亞，說：『婦人，看你的兒子』，然後轉向又悲傷又懼怕的少年、祂所愛的門徒約翰，說：『門徒，看你的母親』。
第四次，祂向父 神哀叫：『我的 神，我的 神，為什麼離棄我？』祂經歷了好幾個鐘頭無比的痛苦：一波一波將手臂狂扯亂扭的痙攣、一陣一陣的缺氧、背後粗糙的木頭在身體上下移動時割扯已經稀爛的皮肉時鑽心的疼痛。然後，一個新的折磨來臨了。祂的胸部開始感到要被壓碎般的痛苦，那是祂的心膜腔（ pericardial cavity ，包裹心臟的狹窄空間）慢慢地積滿血清，壓迫著心臟。
祂的生命快到盡頭了。體液的喪失已經超過極限，被心包腔積水壓迫的心臟掙扎著勉強唧送又濃、又粘、缺少氧卻帶著過多二氧化碳的血液，受盡折磨的肺慌亂地拼命要吸進一點帶氧的空氣。極度缺水的組織不斷刺激著腦子，祂喘出一口短短的氣，叫道：『我渴！』
有人拿海綿蘸醋送到祂嘴邊。祂的身體已經到了極限，祂感覺到死亡的寒意侵入祂身體所有的組織中。這個認識使第六句話『成了』從祂口中用微弱的氣息中吐出來。祂受苦的使命完成了，祂可以容許自己的身體死去了。用最後所能擠出來的一點氣力，祂把扯裂的腳向那根釘子拼命一蹬，把腿伸直，換了最後一口氣，說完『父啊，我將我靈魂交在你手裡』就死了。
死亡
釘十字架通常是用打斷犯人雙腿來結束生命的，這叫做 crurifracture 。打斷雙腿的作用是不讓他們再能將軀幹往上推，胸部肌肉的緊繃就沒有辦法放鬆，犯人沒有辦法換氣，很快就窒息死了。那兩個強盜的腿都被打斷，但當兵丁走到主耶穌跟前，發現祂已經斷了氣，就沒有去打祂的腿。
為了保證主耶穌確實已死，兵丁拿槍刺進主耶穌的肋骨間，一直刺進心臟裡面。心包腔的水和心臟裡面的血就從傷口流出來。很明顯地，主耶穌的直接死因是由於缺水休克以及心包腔收縮壓迫所引起的心臟衰竭，而不是一般釘十字架者死亡的原因窒息。
主耶穌是這樣為我們－－－為你、為我死的。
神愛世人，甚至將他的獨生子賜給他們，叫一切信他的，不至滅亡，反得永生。因為 神差他的兒子降世，不是要定世人的罪，乃是要叫世人因他得救。〔約３：１６－１７〕
