進入第三世紀，我們的討論以地域來分野。我們會先由亞歷山大入手，屬於東方思想的地區。當地出了很出色的教父，並且建立第一所神學學院，出現學院神學。宗徒教父沒有很明確的神學，護教教父重視反駁異端，而到了第三世紀，開始做神學。
另一個地方是羅馬，出了依玻利，我們會介紹出來。再下去是西非亦有出色的教父。至於安提約基雅、耶路撒冷等地，一直是教會的重鎮，但是在此時期並沒有什麼重要的思想家。所以，我們在第三世紀，主要聚焦於三個地方：亞歷山大、羅馬、西非。
歷史背景：
第三世紀上葉，教會迅速地廣佈於整個羅馬帝國，基督徒們對真理的說服力及對教會的實力，信心日漸增強，且由以護衛傳統、防守外來攻擊及內部分裂為重心的態度，漸漸趨向於致力發揚福音、以真理引人皈依的新境界。當時在基督徒中，文化水平較高者漸多，博學多才者亦不乏其人，於是，對神學反省的要求也相對提高，加上當時各種異端的催激（特別是影響深遠的玄識學），基督徒們察覺到需要將教義作有系統及全面性的整理。
第三世紀雖然發生了數次劇烈而大規模的教難（如Decius於249-251年及Diocletianus於284-305年對基督徒的迫害），但教會仍有足夠的太平和空間去作神學的探討工作，況且，教難往往有其積極的催化作用。教難最烈的時代就是第三世紀，當時是有全面性教難，是由羅馬皇帝直接頒佈。幸好當時針對教會的皇帝往往短命，加上不同地方的執行方法有異，所以教會仍然有發展空間。
亞歷山大城在公元前331年由亞歷山大大帝興建，自此即成為當時希臘帝國及後來羅馬帝國首要的文化中心，那裏文人學士雲集，有最大的圖書館及最早的博物館；此城同時也是帝國重要的貿易中心。羅馬是帝國的政治心臟，雅典則歷史悠久，在希臘古典文學及純哲學傳統中高居首席，但亞歷山大卻掌握了當代的思想命脈，代表文化的渾厚及活躍，同時也為思想交流提供了最優越的條件。定居於亞歷山大城的猶太人相當多，舊約七十賢士的希臘譯本即在此誕生，而以使猶太及希臘思想匯流著稱的哲學家斐洛【本身是猶太人，希望把猶太思想介紹給希臘人，企圖用希臘思想方式來表達猶太思想】（Philo, 20BC-50AD）也是出於此。這一切都使亞歷山大成為基督教義發展的良好基地【相傳馬爾谷在此傳教，但是它所以能加為教會重鎮，以上的原因才是重點】。這裏的基督徒尤其著意使基督的福音滲入希臘文化，使信仰紮根於理智，而且在教義的精密鑽研以外，還盡力營造一個普遍的了解氛圍，建立一個研究教義的合宜方法、一套適當的思維工具，好使各種思想潮流都能受到基督福音的光照。
在這肥沃的土地上，當代流傳最廣的思想潮流——玄識學——生長發展得最蓬勃，教父免不了要正視它，但他們的態度卻不止於對它正面的抨擊，反之，在攻打異端之餘，他們所採取的方法也變得更多元化，而其中一大趨勢便是與異端對談和昇華它。
因著文化環境的多元化，第三世紀的亞歷山大教父們的著作範圍及體裁都漸趨廣闊，由宗徒教父的勸諭形式及第二世紀的護教性作品，擴展到更大的空間。他們顧及神學的理性探討，熱烈研究聖經，並尋求釋經的方法，同時也以更開放的眼光去討論神修、牧民及倫理上的種種問題。
在亞歷山大誕生了第一所由教會領導的神學學府，稱為didaskàleion。根據歐瑟伯的記載，這學府的創始人是一位來自西西里島的斯多亞哲學家Pantenus（+ 約190），亞歷山大的克來孟是繼之而起的名師，而這學府真正的大師及代表人物卻要推俄利根，學府是因著他而馳名昌盛的，但及後也是隨著他的離去而衰落。從俄利根的一位忠心弟子顯靈者額我略（Gregory the Wonderworker）留下的一篇謝師詞中，我們對俄利根領導下的學習課程得到約略的認識。全學程分為兩階段，第一階段屬前導性質，主要修讀的內容是希臘的普通人文教育（paideia），包括邏輯學、文法、辯證學、自然科學、幾何學、天文學等，然後再由這些學科進入哲學，這是第一階段的頂點。第二階段則以哲學為起點，並循序漸進地邁向真理的最高峰——聖經。
由此可見，俄利根及亞歷山大學府的治學原則是奉聖經啟示為一切學問的頂點，但要明瞭聖經，就必先由人文科學入手，以訓練人的思維及推理能力，可見聖經與其他科目並不與聖經脫節，反而是讓人可以真的認識聖經。而哲學則把人提昇到超物質的境界，為啟示預備道路，因此，這些學科一方面領導人明瞭啟示真理，一方面也是表達這真理的工具。
可見教父在本位化上又進一步，不僅認為信仰可以與文化交談，而是信仰是建基於文化之上；我們要理解聖經，人要經過基本的訓練，故此人文科學和哲學是必須的；人的人文修養愈好，愈能接近超性界。
對這些亞歷山大學派學者影響最深的哲學是柏拉圖學說，這可從其強調上帝的超越性及採用的寓意式的釋經原則可見一斑。
以亞歷山大為中心的神學路線，有其獨特的風格及內容重心，與小亞細亞的神學路線相比，這些特徵更形清晰，其中最突出的有以下數點：
1. 神學構思的一貫性。
2.
在聖經研究方面，著重寓意式（allegorical exegesis）或喻象式（typological exegesis）的詮釋，甚於字面的解釋（literal
exegesis）。
3.
在聖三學及基督學中，亞歷山大學派所發展出來的logos基督學，其思想模式是由上而下，由上帝而人的，且偏向於強調耶穌的天主性，對其人性則較少研究。
4.
在救援論及末世論方面，亞歷山大學派比小亞細亞學派較抽象，形上學氣味重，更少受猶太思想影響。
5.
十分著重神修，個人的修養及探討得救成全的途徑。
相對比較之下，亞歷山大學派被稱為「學府神學」，而小亞細亞的則較通俗化、平民化。
