在荷蘭人牧師與西拉雅人互動的關係上，基本上也可分為前期和後期的差異，前期的甘治士和尤羅伯想透過派遣西拉雅人到荷蘭受神職訓練、建立蕭壟小會以及建立學校教育系統，使西拉雅人能有某些程度的自治。後期的宣教師們則嘗試將西拉雅人「荷蘭人化」。例如：使用荷蘭改革宗教會所使用的教理問答「海德堡教理問答」、學校教授荷蘭語以及規定在週日必須穿上「荷蘭人的服飾」。整體來說，宣教師們由始至終，一直都和西拉雅人的宗教信仰和風俗習慣在鬥爭。
宣教師們努力嚐試透過教會、司法和學校的制度，改造西拉雅的文化。另一方面，前期的宣教師又試圖建立西拉雅人的自主性，這兩者之間也存在著些許的張力與矛盾。
甘治士《台灣略說》（A Short Description on
Formosa）與西拉雅族
現今台南一帶是以西拉雅語為共通語言的族群，根據甘治士牧師的記錄，它包含有新港社、麻豆社、蕭壟社、目加溜灣社、大目降、鐵福錄降（Tifulukan）、大奧班（Teopan）以及大武壟（(Tefurang）等社。下列就是甘治士在《台灣略說》中對上述這些西拉雅社群的描述：
它們的地理位置由海濱延伸到山邊，由台灣城（Zeelandia）總部到這些村落大約一天可以到達，最遠的是大武壟，它位於山間由堡中到此地來回約三天的行程。……這幾個村社，它們有相同的風俗習慣以及宗教，並且說相同的語言。……居民的身材，男人非常高大健壯，幾乎可以稱的上是巨人，在夏天時，他們幾乎赤裸而不覺的羞恥；女人們非常矮小而肥胖，除了每日兩次的溫水浴之外，她們因為害羞，所以穿了一些衣服。……整體來說，他們天性友善、忠誠並且親切，對待外人非常慇勤，用最好的食物和飲料招待他們。他們除了蕭壟社以外，皆不會竊取佔有他人財物。……他們待人誠信，寧可受苦也不會出賣朋友。他們有極好的記憶力，因此他們能輕易的了解或記憶事情。……他們的耕作，大部份由婦女來從事，既不用牲畜也不用犛，完全使用鶴嘴鋤來耕地。……雖然當地的土地肥沃，但他們只耕作足夠自己食用的食物<ref>Ibid.</ref>。從上述的這段述描我們可以感受甘治士對西拉雅的友善態度，但是在提到有關教義的討論時，又覺得西拉雅人是「野蠻人」，是需要被拯救的異教徒。事實上，甘治士對西拉雅人的好感，是來自於西拉雅的社會組織沒有強有力的領袖，這有益於宣教工作的推展。
甘治士認為，在這些平埔族的村社中，沒有王統治的制度，最高的權力機構是社民大會，雖然在各社中有十二位頭人（Headman）所組成的議會，但他們的功用並非為統治而設立，而是作為提供意見以供社民大會時參考。頭人的選舉由村中具有好名聲者擔任，一任兩年，年齡皆約在四十歲左右。村中有什麼難題出現時這些頭人們便聚集開會，一當有解決方案提出時，則召集全村的人在公廨前的廣場洽商。會中，頭人們竭盡所能的說服社民接受他們提出的方案。頭人另一個功用則是監督禁忌被遵循的狀況，他們有權懲罰觸犯禁忌的人。
西拉雅社會中的尊卑並非以財富或階層權力大小來決定，而是以年齡來決定。年長者有權較年輕者做某些事情，而較年輕者不得拒絕。在男女分工方面，正如前述，婦女從事大部份的田間勞動以及家務事。男性方面可分為兩種：最富戰鬥力的年輕人，大約從十七歲到二十四歲，除了狩獵和戰事之外，不做任何事情；而年紀較大者，約從四十至六十歲則大部份在田間建築小寮並且住在當中。
西拉雅的宗教信仰，對甘治士則呈反面的意義。他們的宗教型態接近多神信仰，他們崇拜許多神祇，其中最主要的神和方向有關，而方向又和他們的農業活動有關。另外，他們也崇拜與戰事有關的神，他們崇拜的對像又與性別的分工有關；前者和農業有關的神被女性奉祀，與戰事有關的神則由男性崇拜。與方位有關的神明，有東方女神Taxankpada、南方男神Tamaaisanhch，與北方惡神Sariafingh。南方之神Tamagisanhch創造人，並且使他們好看、美麗、管理雨水，住在南方。東方之神Taxankpada是南方神的妻子，當她覺的應當降雨時，便用雷聲來叱責其夫──南方之神降雨，於是她的先生便降下雨水。北方之神Sariafingh，居住於北方，使人變醜陋並且長瘡痘，或使人有其它缺陷。於是人們祈求祂不要傷害他們，或請求南方之神保護他們，因為他們認為南方之神是最有力量的主神。此外還有戰神Talafula及Topaliapo ，當男人要外出征戰時召請祂們。
除此之外，這些平埔族人相信，這個世界是永恆的，沒有開始也沒有結束。相對於死後的世界，人的靈魂也是不朽的。然而死後，人的靈魂會受到賞罰，賞罰是根據人在世時的行為來決定；有好的行為的人，會通過通到應許之地Campsun Eliseum的竹橋，而惡者將會由橋上墮入污穢的溪中，在那裡承受疼痛和哀傷。
西拉雅族宗教的神職人員由女性擔任，稱為Inibs，有如我們現在的尪姨，她的主要工作是請神和獻祭，如果族人家中有什麼困難出現，也會請尪姨到家中來作法。尪姨也有預言善惡，預測天氣狀況、驅除不祥、驅除住在人們之中的惡靈和魔鬼的能力。在公眾的祭祀中，祭品包含了宰殺的豬、檳榔、煮熟的米以及大量原住民所釀製的酒，和鹿頭及豬頭。在獻祭品之後，尪姨中的一或二位起來以長串的話召請神明，當神明降臨，這些尪姨轉動其眼珠，倒在地上，嘶喊出可怕的聲音。在這些尪姨如死屍般躺在地上時，就算五、六個人也無法將她抬起來。最後，恢復知覺，她們劇烈的顫抖，彷彿經歷了極大的痛苦，而這記號表示神明已降臨在她身上，這時，圍繞在她身旁的人開始哭泣哀號。
這儀式歷經一小時之後，她們爬上公廨的屋頂，站在屋角的邊緣，再次進行冗長的演說或對神明說話，最後將衣服脫光，用手拍打赤裸身體，再用水清洗全身。由於極度興奮，使她們幾乎無法站立。
西拉雅族中有許禁忌存在，例如作物接近成熟階段時，村中的人不能醉酒、碰到糖或Pictang以及任何的肥肉。因為如此做的話，鹿會進入園中踏壞農作。一年中大約有三個月的時間，全村的人必須完全赤裸。因為如果不如此行的話，他們的神不會降下雨水。以上這兩種禁忌皆是尪姨宣告，由村落中的頭人來監督村民執行的狀況。
在禁忌當中最為奇特的，就是當一個婦女結婚之後，不管結婚的早晚，一定要到大約三十六至三十七歲方能懷孕生子，在這個年齡之前如果懷孕的話，則由尪姨施行墮胎的處置。一般來說，婦女結婚的年齡並沒有限制，結婚也不與先生住在一起；她們仍然住在娘家，丈夫只有在夜間偷偷的跑到妻子的房中與她過夜，在天亮前便要離開其妻子的房間。如果在三十六、七歲以前懷孕，則會被看成極大的差恥，極大的罪過。
從以上對西拉雅人社會、宗教層面的描述，我們很清楚地可以瞭解為什麼當時的宣教師，一方面對西拉雅人是非常友善的，但另方面又對他們的宗教排斥而認為需要拯救。這種矛盾的態度也深深地影響宣教師與西拉雅人之間的關係。
建立本土化教會
甘治士牧師，是第一位駐任台的牧師（1627年至1637年），其中1631年曾離開台灣兩年。在他八年的任期當中，甘氏以新港社作為宣教的中心。初期的工作，由於荷蘭統治當地的時間尚短，因此工作頗有些阻力。這些阻力有三個因素，政治上的因素、原住民宗教的抗拒、以及原住民的社會組織缺乏權力中心。
政治性的因素來自日本人對原住民的煽動，造成理加（Dika）事件。此事件使荷蘭和新港社人之間薄弱的互信關係遭到破壞，也使得甘治士牧師一度回到堡中避難。原住民宗教的抗拒，主要來自原來在原住民宗教社會中扮演宗教性角色的尪姨。她掌管有關生育、獻祭、預言、驅鬼等等，與日常生活關係非常密切的角色。但是當宣教師隨著荷蘭的統治而來，宣告原住民的宗教是虛幻後，尪姨們利用原來宗教信仰的力量來恐嚇原住民，勿接受基督教的信仰，不然五穀會欠收，神的忿怒亦會降臨。原住民缺乏權力中心，更談不上中央集團組織，因此教會無法藉由傳福音給領袖，藉以影響或鼓舞原住民為基督徒。
甘治士曾在致努易茲長方的備忘錄裡提到，由於原住民沒有統治者統治他們，因此他們可以隨自己的意願來選擇他們喜愛的宗教。因此他樂觀的認為在台灣傳福音的成果會很豐碩。但是事實上，由於缺乏強而有力的領導者來引導原住民歸信，因此甘治士牧師初期工作的成果並不是很順利。
甘牧師來台數年後，逐漸發覺基督教信仰本土化的重要性，而尤羅伯牧師也有此同感。而要落實信仰本土化的最重要步驟便是訓練本地人的牧師，逐漸讓原住民的教會能自立自主。因此，甘、尤兩位牧師透過台灣長官普次曼（Putmans）寫信給荷蘭聯合東印度公司最高管理機構的董事會，要求選派四或五位原住民到荷蘭留學；但這個提議遭到拒絕。選派原住民到荷蘭受神學教育是教會本土化的最重要的步驟，二百年後長老教會來台是以設立神學院開始，教會很快就能本土化，在歷經逼迫後仍能生存下來。甘治士牧師於1637年離台，之後這個建立台灣本土教會工作的擔子便落在他精力充沛的同工尤羅伯牧師身上。
甘治士牧師在台的工作，除了宣教的工作以外，他也寫了著名的《台灣略說》一書，對原住民的風俗、習慣以及宗教作一全面性的描述，是瞭解荷蘭統治早期台南一帶原住民生活狀況不可或缺的材料。除此之外，為了使繼任者能很快學會西拉雅語，於是編了一部西拉雅語字彙集；並且也為原住民將祈禱文編成西拉雅語。
荷蘭改革宗教會在台的宣教工作，由新港社伸向「北方六部落」，以及南方諸部落。在1635年至1636年經過南北征伐之後，隨著荷蘭統治基礎獲得穩固，才獲得長足的進展，由新港社伸向北方六部落和南方諸部落。
1635年，荷蘭對麻豆社的攻伐是源於1629年的理加事件。當新港社居民因理加事件被罰而仇恨荷蘭人時，附近的村落也受到影響。結果目加溜灣社殺了一名荷蘭人，而麻豆社殺了六十名荷蘭人。由於當時長官普次曼（Put-mans）在事件過後九天才到達，對台灣的狀況不是很瞭解；並且兵力尚嫌不足的情況下，並沒有立刻討代麻豆社。由於麻豆殺害這六十名荷蘭人時，居然沒有人受傷，在這極少見的勝利，且荷蘭人並沒有即刻反擊的情況下，使得麻豆社人逐漸驕傲起來，也影響了其他村落對荷蘭人的態度。這使的荷蘭人統治的根基動搖。反抗的聲勢日漸高漲。除此之外，在附近種植甘蔗的中國人，也時常受到麻豆社等原住民的騷擾，因而要求荷蘭人政府的保護。再加上新港社人和麻豆社人是世仇，如果麻豆社的人聲勢高漲，將會威脅到新港社的存在。普次曼長官於是決定攻擊麻豆社，請求巴達維亞城總督布勞爾（Brouwer）派遣軍隊至台灣。
1635年11月25日，荷蘭援軍加上新港社的盟軍，合作攻打麻豆社將其征服，聲勢所及之處，各社皆表順服。1636年 2月20日，在新港社舉行南北二十八部落的歸順典禮。隨著政治勢力的擴充而來的是原住民的歸信。在歸順典禮過後不久，尤伯羅牧師前往巡視歸順的部落，勸他們歸信基督教的上帝，獲得良好的回應。
1639年10月初，台灣長官范得堡（Van
der Burg）與巴達維亞城來的行政長官（Commissianer）寇克巴克（Couckebacker）一起去巡視新港、目加溜灣、蕭壟以及麻豆諸社。他們對傳教的成果感到印象深刻，在范得堡寫給總督的報告中，對信主的人作了一番統計如下：
新港社：總人口數為一千零四十七人。全部的男女及小孩皆受洗。其中一一九對夫婦依照基督教的典禮舉行婚禮。耶數德（Jeest）傳教師（Sickentroostors）駐於該地，他娶原住民為妻。
蕭壟社：總人口數二千六百人。其中二八二位受洗。四位原住民傳教師駐該地，小孩一百三十人就讀小學（其中若干人能寫能讀）。
目加溜灣社：總人口一千人。其中二百六十人受洗。八七人係小學生，其中十二名學習當書記（Penmanship，將來可當學校教師）。傳教師馬其紐斯（Merkinius）駐於該地。他與一位荷蘭婦女結婚，但他對傳教事業非常熱心。
麻豆社：人口計有三千人。其中二百一十五位受洗。一百四十孩童入學。二位傳教師，楊與西蒙斯（Jan & Jan Sijmons）。
大目降：人口一千人。他們是由大伐里簡（Tavalikan），大奧邦 （Teopan）和大古答（Taqupta ）三社合併而成。其中有三十八位學童由傳教師阿格里拉（CarolusAgricola）負責教導。
以上這些部落合計八千六百四十七人。在尤伯羅牧師的宣教工作中，建立本土的教會是他所努力的方向。正如前述，他與甘治士一起要求荷蘭當局允許派遣四至五位原住民青年至荷蘭留學以外，此外他也想透過教育以及建立原住民的教會組織來達到他的目標。
尤羅伯牧師在巡視各部落解釋合約內容同時也勸誡它們丟棄原來的宗教歸信基督教時，只有新港社的村落願意即刻丟棄偶像。他發現原來宗教對原住民的影響非常深刻的，甚至稻作物是否有好的收成決定了他們是否願意接受的態度。尤牧師深刻體會到，基督教不能建立在如此淺薄困乏的基礎上；於是決意建立學校，讓原住民的人自孩童起接受基督教的宗教教育，如此建立起來的教會才會有永久穩固的基礎。
1636年 5月26日，第一所學校在新港社建立。大約有七十個男孩，六十個女孩入學。由於尚未有課本，所以他們教導原住民用羅馬拼音書寫自己的文字。繼新港社之後，附近的蕭壟、麻豆、目加溜灣、大目降社等地也陸續地建立學校。學生大多是十歲至十三歲或年齡稍大的男孩童，此外還有女孩以及女青年每天在學校接受同樣的教育。使用的教材則為朝夕的祈禱文、主禱文、摩西十誡、飯前飯後之祈禱文、以及若干詩篇的篇章。學校教師的來源有二：一是由軍中的兵士來擔任，其二是由原住民本身派選。
在兵士選派中的傳教師，讓他們學習語言，使他們教育原住民。由原住民間選任的教師，乃是自學校中選出若干優秀的人來擔任。在1642年時，原住民選任的教師計有五十名，分配在大部落中。（尤羅伯牧師曾為這些教師編了一部教理問答，計有三百五十三個問答）。除了對少年人推行教育以外，尤羅伯牧師也將教育推廣到成人身上，成人們每週二次要到學校來接受宗教教育，此外他們也學習讀和寫的課程。
在建立原住民的教會組織方面，尤牧師認為建立原住民的小會（Consistory），將使原住民處理教會本身的事務。1643年10月 7日的一封書信中提到，在蕭壟已設立一個小會，小會成員（長老）由荷蘭人和原住民共同組成。至此，在台灣除了有荷蘭人組成的小會外，也有原住民組成的小會。
尤羅伯牧師的宣教事業中，可以看出一個很明顯的方向，那就是建立一個由原住民自立自主本土的教會，他所使用的方法便是透過選派原住民青年接受神學教育、教育制度以及教會組織來達成這個目標。而他之所以會有這種遠景，除了他的個性以外，我想最主要的原因恐怕就是背後神學思想的影響。雖然我們沒有直接的證據來證明──羅伯‧尤紐斯是一位亞米紐斯主義者；但是從他為原住民編寫甚至改寫教義的內容，尊重並嚐試建立原住民自主的教會體系，這不是一位當時正統的加爾文主義者的牧師願意做的，因為這樣根本抵觸了加爾文主義當中預定論的信條。
甘治士牧師在致台灣長官努易茲（Governer Nuyts）的備忘錄中曾樂觀的認為，原住民將會很快丟棄他們的宗教、風俗和習慣。他很自信地說：
我不懷疑督教將會受到住民的讚揚，而他們的宗教、風俗和習慣，將會因抵觸了上帝的律法而遭到揚棄和拒絕，我自信的認為，在島上不僅將建立起全印度模範的基督教社會，甚至連在荷蘭也將之視為值得誇耀和榮耀的。
他之所以會有如此的自信，有幾項理由。首先是西拉雅人的記憶力極強，並且他們沒有領袖來左右其信仰。其次是西拉雅人沒有書寫的文獻、勇士或著名的教師來傳佈西拉雅族的宗教信仰，而西拉雅宗教正在衰退中。
甘治士牧師是過於樂觀，他認為西拉雅人沒有書寫的文字和教師來教導宗教知識，因此基督教將容易被接受；事實上，宗教和禁忌在西拉雅社會中具有相當重要的地位。根據甘治士《台灣紀略》的記載，頭人的功能之一，便是監督宗教禁忌被執行的狀況。西拉雅社會中尪姨扮演的角色也被甘治士忽略，雖然他從村中一些老人口中得到西拉雅宗教正在衰退中的說法，但是只要有尪姨存在，西拉雅宗教以及與該宗教有關的習俗仍會頑固的保留下來。因此，對西拉雅文化的改造，便成為宣教師與西拉雅族人的一個矛盾。一方面，早期的宣教師們試圖藉由教會、教育以及栽培本地牧師的方法來建立西拉雅人的自主性。但另一方面，宣教師們又藉用行政的力量，消滅西拉雅宗教與文化。後期則試圖要將西拉雅人荷蘭化。
宣教師們對西拉雅文化的改造由二個方向進行。第一個是減少或消滅尪姨在西拉雅社會中的影響力。第二個是建立基督教化的婚姻制度。減少尪姨的影響力，可以減輕基督教傳佈時遭到的阻力，也可藉此來抑制西拉雅社會中墮胎的習俗。建立基督教的婚姻制度，則可以打破西拉雅社會中，以性別及年齡的區別而集中居住的社會制度，使夫婦在婚後能一起居住，減輕淫亂的社會風氣。
根據Kuepers的看法，這些原住民宗教的尪姨反對新的宗教——基督教，由於傳統的影響，這些尪姨對原住民的心靈有很大的影響力，甚至連對基督教的知識有足夠瞭解的西拉雅人，也不敢輕言廢棄對他們神明的崇拜。他們也根據夢和預兆來行事。這些尪姨也對那些尚未達到三十六、七歲而懷孕的婦女進行墮胎。曾有西拉雅人告訴甘治士牧師：
我們的風俗是一代一代的傳承下來，一直到我們手中，因而不能揚棄。我們的尪姨，她們每日都與靈界溝通，因而知道什麼是對的，也叫我們據此而行，如果我們輕視尪姨，我們的神將會生氣，不降雨水給我們，讓我們的仇敵攻打我們，他們將會把我們趕出家園，毀滅我們。
1636年，尤羅伯牧師致阿姆斯特丹董事會的報告書中，亦曾提及尪姨對西拉雅人的影響。
在新港社有許多老人，特別是先前曾擔任過尪姨者，竟敢對那些歸信基督教的人恐嚇說，如果他們忽略其偶像而拜荷蘭人的上帝的話，他們的田將不會有好收成。
1646年，台灣長官決定採取強硬手段對付尪姨，他說：
為了不使事態更加惡化，大武壟必須從女巫和女祭司的手中解放出來，她們未開化並且殘酷迷信，對我們尚未開化的基督徒展開惡劣的影響；並且阻礙了我們的住民接受得救的信仰，這種邪惡已無法再忍受。
荷蘭人採取的方法首先是除了尪姨所住的地方以外，禁止她拜訪村社其他的居民。此外，是將她們放逐到西拉雅族居住地北部，靠近諸羅山之地，最後則是將她們遣送到巴達維亞。由此我們可以看出宣教師對西拉雅的宣教是失敗的，最後還是要依賴政府的強制力量來對抗傳統的宗教力量。
荷蘭宣教師除了儘可能地破壞西拉雅的宗教制度以外，還設法改造西拉雅人的婚姻制度。甘治士的《台灣略說》中曾仔細的描述了西拉雅人的婚姻制度。
當一位男性覺得喜歡某位年輕的女性時，他所做的第一件事是請他的母親、姐妹、堂姐妹或者任何其他女性的朋友到女方家裡，送禮物給他未來的妻子，並請求她的父親、母親或朋友准許讓這女性嫁他，如果父母親或朋友覺得滿意這提議，禮物就留在女方家中，婚約就算敲定。……妻子她的同代女伴們擁有共同的田地，她們自耕自持，在同一間屋子共同生活，丈夫也遵守相同的規則，和他的同伴們擁有共同的田地，和親人住在自己家中，夫婦們很少見面，除非他們秘密的在一起……根據習俗的律法規定，婦女在年齡到達三十六或三十七以前是禁止懷孕的，因為在此之前她們若懷孕的話，腹中的果實會被毀掉。
西拉雅人這種特殊的婚姻制度所生的問題是通姦的事時有所聞，婦女墮胎的情況非常普遍。曾有人告訴甘治士，她有墮胎十七次的經驗。為了解決問題，宣教師們於是強調基督教婚禮的重要性。按照基督教婚禮的要求，夫婦必須住在一起，並且不得用人工的方法進行墮胎。
荷蘭改革宗教會希望藉由基督教婚禮儀式的推行，由根來改造這原住民的生活習俗，以及原有的性別分工等。
