1．查理五世致力剷除改教運動
皇帝查理五世是個寡言的人，每次開口必先經過深思；但是有一次，也許在他一生中僅此一次，他直接說出了心中的話。那是發生在沃木斯國會中，當路德公然蔑視教皇與皇帝時，他起誓說：「我要以王位和生命作賭注，全力剷除異端。」他果然一生守住他的誓言。
皇帝頒佈了沃木斯詔諭，下令逮捕及處死路德。若不是智者腓勒德力的保護，路德早已像許多被判為異端的人一樣，燒死在火刑柱上。
沃木斯國會後的短期間，改教運動還只是個幼小的樹苗，若不是當時皇帝被其他事情纏擾，他可以將它連根拔起。但是，那時他必須與法國交戰；後來又要為自己的國家抵禦土耳其人。
打敗所有敵國之後，他終於有時間可以關注德國的路德派信徒。西元1546年，路德死後，查理便將他的攻擊對準復原教徒。然而從沃木斯國會到這時，已經過了廿五年，改教運動已有足夠時間發展；這棵小樹苗已經長成大樹，需要強大的力量。揮動巨斧，才能將它砍倒。最初，皇帝贏得數度勝利，使改教運動的前途黯淡無光，甚至連路德發動改教的威登堡城也被查理佔領。
正當查理皇帝開始要對路德派作進一步攻擊時，他自己又遭到一次不幸的突變：撒克遜的摩裡斯（Maurice）原是皇帝最強支持者之一，卻突然背叛他。摩里斯本可將皇帝捉拿下監，卻放他脫逃。有人問起原因時，摩裡斯回答說：「我沒有一個夠好的籠子，可以關這樣一隻精緻的小鳥。」
西元1555年，皇帝發現自己處於困境，被迫與路德派簽訂「奧斯堡和約」（Peace of Augsburg）。根據這項和約，德國境內每個王侯，有權在復原教及天主教之間選擇自己的宗教，在他領土轄區內的人民，則全體接受王侯所選擇的宗教。
2．改教運動停頓
有一段時期，改教運動所向披靡，因為有路德狂暴的前鋒衝刺，加上慈運理、加爾文及許多改教者的援助；而另一方面，羅馬教會繼續腐化、教皇處事不慎，以致使這個巨大而古老的建築物，從根基開始搖動，甚至到一個階段，幾乎全幢倒塌。然而，突然間，改教運動停頓了下來。有幾個原因使然：
第一個原因是：西元1525年路德在農民之戰中所采的立場。德國農民多年受到貴族與高級聖職人員的壓迫，因此，他們以「上帝的公義」為名，憤然起義。路德起先同情他們，認為他們有權抗議。但後來，當狂熱份子起來領導時，便肆行殺戮、破壞，路德就轉而反對他們，鼓勵政府用鐵腕鎮壓。這一來，下層社會份子便遠離路德和改教運動，使改教運動從此局限於德國的中產階級與高階層社會人士中。
第二個原因是：重洗派的影響。早期重洗派多屬狂熱份子，他們反對天主教的行動遠超過路德或加爾文，他們不但聲言要摧毀教會制度，也說要摧毀政治和社會制度。羅馬教會立刻抓住這一點而宣告說：「改教運動的教義會破壞一切制度和權威，不僅在教會中，也在國家和社會中。」這種說法，使許多上層社會份子留在羅馬教會中。
第三個原因是：復原派本身的分裂，再度為羅馬教會製造良機。因為要在路德、慈運理和加爾文之間作選擇，必須經過許多思考和透徹的研究。羅馬教會說服這些懶惰、不關心、不會思考的人留在羅馬教會中，讓教會替他們思考。
第四個原因是：「因信稱義」教義的錯誤應用。許多人認為「因信稱義」就是不必行善。這樣的誤用使道德低落到比羅馬教會時期更差。也有許多人將「基督徒的自由」變成放肆，他們以為既然不是靠行善得救，就不必過良善的生活。羅馬教會的人，就用這點反駁路德的教義。這個可悲的發展，對路德本人而言，是個痛苦的打擊。
路德這邊的局面，使加爾文在日內瓦更堅定實行嚴格的教會懲治。一方面防範德國的情形在日內瓦重演，一方面堵住反對改教者的指責。
第五個原因是：復原教徒之間的隔離。法國、荷蘭、蘇格蘭的復原教徒，雖在教義上一致（均采加爾文信條），卻在地理上隔離。路德派與加爾文派因教義不同而隔離。奧期堡和約又將德國的路德派信徒因政治不同而分開。
3．天主教主義復興
羅馬教會本身的改革與復興，使這個教會再度站起來，而且奮力向前。這是改教運動減速的最大原因。這一次它預備了三樣有力的武器：禁書目錄（Index）、西班牙異教裁判所（the Spanish lnquisition）、及那穌會（Order of Jesuits ）。那穌會是西班牙人羅耀拉（Ignatius Loyo1a）組成的。這時，「復原教主義」已因內部分裂而衰弱，它所面對的是從改教震憾中多元的、合一的「天主教主義」。
天特會議在許多成就之外，還編寫了一份禁書的書單，這份書單稱為「禁書目錄」。目的在防止天主教徒閱讀天主教會認為錯誤或有害的書籍。當改教初期，路德和加爾文的著作，可以自由在全國廣傳閱讀。現在天主教把復原派著作列入禁書目錄，使復原派看法的傳佈，大大縮減。
「異教裁判所」又叫最高宗教法庭（Ho1y Office），專司偵察及刑罰那些信仰不合天主教教義的人。異教裁判所所長就是最高裁判官，他直接向教皇負責。在他下面有許多調查員、公證人及法律顧問，同時也有許多僕人和獄卒。異教裁判所很快便撲滅了復原教主義在義大利及西班牙的微弱火花，凡加入改教運動的人，即刻下監、被殺或被逐。
羅耀拉是一個西班牙軍人，他在西元1521年的一場戰役中負傷；療傷期間，有人將一本「聖徒言行錄」給他讀，讀完該書後，他便決定放棄軍旅生涯，成為基督那穌的跟隨者。他在朝拜聖地巴勒斯坦後，便於西元1528年進入巴黎大學，為成為神父，進修神學。
在巴黎大學，他認識了方濟沙勿略（Francis Xavier），他們兩人在西元1534年組織了那穌會，宗旨在領人歸回天主教。由於那穌會的努力工作，使波蘭、奧國及德國南部恢復了天主教。也使巴伐利亞、比利時及愛爾蘭保留在天主教範圍內。那穌會也在北美及南美洲做了許多宣教工作。
天主教的「反改教運動」，廣義而言，是指阻止改教運動及恢復天主教失土的各種措施；狹義而言，是指天主教本身的改革與復興。
現在羅馬天主教已經預備好，要得回他們所喪失之地。奧斯堡和約只保護德國的路德派復原教徒，並未包括法國、荷蘭的加兩文派復原教徒。因此，這些人必須面對天主教強烈的攻擊。而這時，他們偉大的領袖加爾文又已經去世了。
4．預格諾派為生存奮鬥（西元1562一1629年）
法國和德國一樣，也分成天主教和復原教。預格諾派復原教徒組織成堅強的團體，他們是一批成功的、有才智的人，其中有不少貴族，只是他們在社會上是一個小團體。
天主教與復原教徒都想控制政府，年輕的法王查理九世和他的攝政母親迦他林，有時親天主教，有時親復原教。西元1562年，這兩個宗教團體爆發內戰，在預格諾派勇敢抵禦下，獲得不少勝利。
西元1570年中，有一段短暫的和平，政府給預格諾派幾座城，使他們可以自由保衛自己。預格諾派領袖科利尼（Coligny）曾經擔任查理和他母親的總理；這時一位復原教徒波邦的亨利（Henry of Bourbon）即將與查理的姊妹瑪格麗特結婚，照情勢看來，這位亨利很可能成為法國國王。天主教極端派立刻去警告迦他林說：預格諾派陰謀奪取王位。迦他林遂說服年幼無知的國王，策動一次狡詐的集體屠殺陰謀。
所有預格諾派的領導人物均被邀，前往巴黎參加亨利與瑪格麗特的婚禮。西元1572年八月廿四日正是聖巴多羅買日（Saint Bartho1omew’s Day），巴黎城所有的鐘都敲響了，其實這是大屠殺開始的暗號；三天三夜之久，大屠殺不斷進行著，單單巴黎城就有不止二千個復原教徒被殺；後來大屠殺擴展到其他城市，以致全法國超過一萬人被殺。第一個遇害的是預格諾領袖科利尼；波邦的亨利總算逃脫；這件事成為歷史上最污穢的罪行之一。
聖巴多羅買日不但沒有將內戰結束，反而為內戰帶來新的衝力，雙方的鬥爭一直延續到查理的下一任國王亨利三世時代，而且變成「三個亨利」之間的「三角衝突」，這三個亨利是：天主教領袖——吉斯的亨利（Henry of Guise），復原教領袖——波邦的亨利，及采中庸路線的國王——亨利三世。
國王亨利三世下令謀殺了吉斯的亨利後，他自己也因敵手的報復而被刺身亡。因此，到西元1589年時，剩下來的波邦的亨利便可以名正言順地繼承王位。由於大部份國民是天主教徒，無法容忍復原教國王的統治，亨利便於西元1593年宣佈自己是天主教徒，並於西元1594年，凱旋地進入巴黎，成為國王亨利四世。
雖然不再是復原教徒，亨利還是沒有忘記他舊日的同道；便於西元1598年頒佈了南特詔論（Edict of Nantes），宣佈賦予預格諾派信徒公民權並准許他們自由舉行家庭崇拜及公共崇拜。西元1610年，亨利四世遭刺去世，法國再度進入戰爭狀況，許多法國人民逃到其他國家及新大陸避難。
西元1629年，復原派在法國最後一個據點拉羅雪爾城（LaRochel1e）失落，預格諾派在法國的政治力量也告崩潰；但是他們仍以一個復原教團體的形態，繼續存在。
5，荷蘭的復原教徒（西元1568一1609年）
義大利、西班牙、法國、英國、蘇格蘭各地的復原教徒都被加上異端罪名而遭火焚處死；然而卻沒有一個國家像荷蘭一樣，有這麽多人為了信仰而殉道。
德皇查理五世身兼西班牙與荷蘭的國王，在他與他兒子西班牙王腓力二世（PhilipH）的治下，荷蘭有一萬八千多信徒成為西班牙異教裁判所的犧牲者。為了逼這些人承認自己是異端，無論男女，均施以慘無人道的折磨，然後將男人燒死，把女人淹死或活埋。
西班牙王腓力二世的暴政到令人無法忍受的地步；當日的西班牙是全歐最強的國家，而荷蘭只是一個小國。西元1568年，荷蘭人在一位偉大的改教運動英雄領導下，起來背叛西班牙，這位領袖人物是橙縣王侯沉默者威廉（Wi11iam the si1ent）。荷蘭的加爾文派信徒成為全世界復原教主義的最佳鬥士，這些荷蘭人在漫長的黑暗的日子中奮戰不輟。可惜於西元1584年，沉默者威廉也成了刺殺者槍彈下的犧牲品。
英國伊莉沙白女王對復原派友善，為這些荷蘭人提供大量軍援，以致天主教徒多次策劃要暗殺她，都沒有成功。
這時，西班牙的腓力國王開始了一項堂皇的計畫：他建立一支龐大的艦隊，號稱「無敵艦隊」（Invincib1e Armada）；計畫先以這支艦隊進攻英國，把英國征服後，便可輕易地平定荷蘭的叛亂。然而，英國在荷蘭的幫助下，卻擊敗了西班牙無敵艦隊。這支自以為傲的艦隊只有一小部份回到西班牙，剩下的殘骸在蘇格蘭及愛爾蘭岸邊可憐地遭風暴摧殘。
西班牙的威力受到強大的打擊後，荷蘭人在威廉的兒子摩裡斯王侯（prince Maurice）領導下，繼續與西班牙交戰。直到西元1609年，西班牙終於承認荷蘭北部獨立，建立荷蘭共和國。
6. 德國的三十年戰爭
自從西元1555年奧斯堡和約簽訂後，德國享受了相當長的太平時間。但是到了西元1618年，奧斯堡和約被毀，致使復原教徒的奮鬥，看起來好像絕望。在這危急關頭，興起了另一位偉大的改教英雄——瑞典國王亞道夫（Gustavus Ado1phus） ，他起來為拯救復原原教主義而戰。經過三十年兇殘的交戰，直到西元1648年，戰爭才因為韋斯發裡亞和約（Peace of Westphalia）而結束，這項和約與奧斯堡和約相似，只是加上一點：在德國對復原教徒的宗教容忍，除了路德派也包括加爾文派。和前一次和約一樣，由每個封侯決定自己轄境內的宗教。這真是一次毀滅性的戰爭，單單德國，經過三十年戰爭後，人口就由一千五百萬人減到五百萬人。
7．雙方界限確定
從過去歷史中，我們看到：自西元1520一1562年間，改教運動經歷無數流血事蹟。自西元1562一1648年間，復原教徒為自己的生存而奮鬥。這期間，從西元1562一1618年間，主要是加爾文派信徒與天主教之間的鬥爭，其間經歷無數感人的殉道事蹟；從西元1618年一1648年間，路德派信徒也被迫投入戰場。這些年日中，德國、丹麥、瑞典的路德派信徒與荷蘭的加爾文派信徒都為了維護復原教而戰。
西元1648年，韋斯發裡亞和約簽署後，結束了復原教與天主教之間的爭戰。羅馬教會與復原派教會的地理界限也得以確定。從那時起，直到今天，這個界限沒有太大變遷。
這期間，很少有東方教會的消息；只知道在小亞細亞及巴爾幹半島的希臘教會受到土耳其人的重大逼迫，而且他們在逼迫中，英勇堅持；歷經數世紀之久，仍然存在於巴爾幹國家中。雖然希臘東正教會在它的發源地受逼迫，卻在俄羅斯境內穩定地發展，幾乎成為全蘇人民的信仰。
