依加爾文對三－神論的理解、體會，就創造主上帝(聖父)、救贖主上帝(聖子)、使人成聖的上帝(聖神)及預定論的各種教義，來看上帝主權在加爾文神學中的表達。
John Murray在研究加爾文的上帝主權論時，他所依據的加爾文著作並非以《基督教要義》為主，在其所引用的資料中，大都分是環繞著《羅馬人書註釋》、《上帝永恒的預定》。在《基督教要義》的英譯本索引中可看到，Sovereignty(of God)一詞出現的次數很少，趙中輝牧師在他所編著的《英漢神學名詞辭典》中也表示，「上帝的主權」一詞在《基督教要義》裏出現不多，但「承認上帝之主權已 成為真正加爾文主義的標誌」。雖然，上帝主權的字眼在《基督教要義》裏甚少出現，不過，我們若留意的話，整個《基督教要義》內可謂處處有上帝主權顯現的文意和信仰。
加爾文曾說：「當我們僅僅引用上帝二字的時候，不但是指父而言，也是指子與靈兩者而言。」
他非常贊同Gregory of Nazianzus的話：「我一想到唯一的上帝，就立刻被三位的榮光所照射；同時，我們發現三位，立刻回到唯一的上帝。」
因此，在討論加爾文的上帝觀時，我們分別卻不分立場來看創造主上帝、救贖者上帝、聖神上帝的主權表達。有關《基督教要義》中所顯示加爾文的上帝觀，我們將其列於下表示：
而根據《加爾文神學對上帝的認識》一書的作者E. A. Dowey，Jr.所採取的觀點，他認為我們對《基督教要義》結構的了解應如下：
這種看法和啟示論的角度有關，也不失是一種值得參考的觀點。
Ⅰ、創造主上帝的主權
從上述對《基督教要義》的結構性理解中，我們由卷Ⅰ來看有關對創造主上帝的認識。
《基督教要義》卷Ⅰ，若由啟示論的觀點來看，其安排大概如下：
第 1～5 章－對創造主上帝的認識，啟示在創造中。
第 6 章－對創造主上帝的認識，啟示在聖經中(因為罪)。
第 7～9 章－論聖經的有效性。(6-10章是特別的啟示)
第 10 章－指出1～5及6章，其對創造主上帝的認識是相互關聯的。
而其中，由在創造中的啟示來認識創造主帝又可分為二種：
依照加爾文的看法，我們對創造主上帝的認識可有兩種途徑：創造與聖經。
「創造者上帝以祂的權能扶持我們，以祂的照顧管理我們，以祂的仁慈養育我們，並以各種福祉加惠於我們」，這是加爾文所確信的。
加爾文在《基督教要義》中雖未見專論上帝主權的一章，卻在全書中常出現如此的思想和虔誠。加爾文的上帝觀是極具天人交流特色的，他說：
「自我認識不僅激勵人尋求上帝，也幫助人發現上帝。」(卷Ⅰ，1章，1節)
對加爾文而言，認識上帝與認識自己是彼此密切關聯，但為教導上的正當次序則先教人認識上帝。
和一般自然神學(natrual theology)相
似，加爾文認為從宇宙的構造與繼續管理中，可認識到上帝，「你目光所及之處，沒有不從宇宙間的每一原子之中看到祂榮光的」。但宇宙自然界並不就是上帝本
身，「因為自然既是上帝所規定的一種秩序，如果把上帝和祂的工作混為一談是很危險的」，加爾文提醒我們，應由反省自身人的本性時 來面對上主：「我們每逢想到自己天性之時，就應當記得祇有一位上帝統治世界和一切自然，又要我們敬重祂、信仰祂、崇拜祂和祈求祂。」
《基督教要義》卷一第十六章，加爾文討論上帝以祂的權能保存並支持宇宙，以祂的旨意統治宇宙。在論上帝的攝理上，加爾文也提醒我人「所謂天命(providence)，不是指上帝高踞天上，清閒自在地注視著下面人間所發生的故事，乃是說上帝掌握了宇宙的樞紐，統治一切。」
在此，加爾文一方面排除了自然神論(Deism)的看法，一方面則已指向預定論的說法，「一切都是出自上帝一定的旨意；因此，沒有什麼事是出於偶然的。」
「人
在上帝的權能以外，甚麼都不能做」，這是加爾文信仰中很根本的一個觀念，上帝的主權即在此顯明。在《基督教要要義》卷一第十七章中，加爾文再深入發揮上帝
的主權的觀念，加爾文說：「祂統治世界的奇妙方法，稱為『深淵』是很正當的，因為那雖不是人力所能認識的，還應該是我們崇拜的目標。」(卷Ⅰ，17章，2節)
加爾文更指出：「上帝統治世界的權力，既不是我們所能知道的，我們就應當接受這最高的統治，認祂的旨意為公義的唯一規律，和萬有最適當的原因。」
加爾 文認為，「一個虔敬的人必把每一幸福與愉快的事完全歸於上帝」，但所謂幸福，愉快的事不是指物質方面的。
Ⅱ、救贖者上帝的主權
《基督教要
義》卷二是討論「對顯現在基督裏救贖主上帝的認識」，在此卷中，加爾文探討救贖的必要和救贖的本身。我們可以說，《基督教要義》卷二是以原罪論為境況描述
和分析，發現人可能有罪的情況，從這種認識中來進入救贖論、基督論的領域。《基督教要義》卷二的前三章雖由原罪論切入，卻也 蘊含了某些神學人學的幅度，加爾文認為，「人受罪奴役之深，到了本性不能努力，甚而存向善之心也不能」的地步，接著他又指出，「人若相信自己沒有稱義 的能力，就算已經相信了那得救所必須知道的，但我想有一點也是不應該忽視的：好叫我們知道，一方面當我們的心思選擇，並意志傾向於那有利於我們的；另一方 面當我們的心思避免那有害於我們的，這兩方面都是由於上帝的特恩。」
加爾文要我們知道，一切都是出於上帝；因為，「虔敬的第一步是認識上帝為我們的父、祂保護、管理，和支持我們，直到我們得到天國永遠的產業」，但「若沒有基督，我們就無法認識上帝而得救」。在基督裏，人才有得救的盼望。
在《基督教要義》卷2第12章裏，加爾文確切地發揮了他的基督論正題，「作為我們中保的，必須一方面是真神，一方面又是真人」，救贖者須一方面是上帝一方面是人，「祂的任務是要吞滅死亡，除非生命的本身以外，那能做到這一層呢？祂的任務也是要克服罪惡，除了祂自己是義的以外，那能做到 呢？…所以最仁慈的上帝，當祂決定要救贖我們的時候，就藉著獨生子的身份和自己化身為人，來拯救我們」，加爾文認為「上帝所以把一切權柄和統治交給基 督，不是叫上帝藉著祂治理我們嗎？…基督將統治」。
上帝「是應許藉著祂的兒子做教會永遠的統治者和保護者」，但是「凡在基督所應許的一切利益，都不是屬於外表的享受，…乃是屬於王國的境界。…乃是屬靈的，它提高我們，使我們達到永生，並叫我們可以渡過憂愁，飢寒和顛沛流離的苦難生活；因為祂的統治 目的是把祂(從於父)所領受的一切，都交給我們。」
加爾文對耶穌基督的理解(加氏的基督論)是頗具傳統色彩的，因為基督「在可怕的磨難中，完全不顧 及
自己的生死，這樣無比地愛我們，決不是一個平凡的模範。我們必須承認，除了由基督完全順從上帝的旨意，犧牲自己的一切以外，沒有別的方法可以同上帝和
好」；至於基督的復活則「表現了祂的屬天的權力，這權力是祂神性的反照也是我們信仰的根據」。我們要信復活的道理，基督的復活是最穩定的基礎和憑証。
Ⅲ、使人成聖的上帝之主權(聖神)
加爾文的聖神論見解，多半分散在《基督教要義》的卷三、卷四中，然而在卷一第13章 論三一上帝時，也可大略看出其端倪。加爾文對聖神上帝的肯定是基於聖經神學的理由和傳統教義的傳承：他認為，「聖經每逢說到靈的時候，常用上帝的稱號」， 他以保羅在哥林多前、後書中的話－「我們是上帝的殿，聖神住在我們裏面」為依據，引用教父、聖經中的語句來闡明聖神是上帝。「世界的創造也是聖神的工作， 不祇是主的工作」；三位一體彼此間的區別是：「動的原則和一切有限的根源，歸之於父；把智慧、忠告與一切運行的調度，歸之於子；把行動的權能與功效，歸之 於靈」。就整個上帝的本體之靈性表現，「上帝既稱為一 個靈，也稱為聖靈，因為聖靈是整個本體中的一位，既說祂是上帝的靈，也說祂是由上帝發出的靈」。這是加爾文聖神論的基本觀念。
《基督教要
義》卷三告訴我們，聖神是信仰、新生命和一切聖行的基礎，此即聖神的運行。聖神的工有那些？大致可歸納為三項：拯救，信仰，悔改。加爾文告訴我們，「人心
不僅需要聖靈的光照，也需要祂的權力來堅固」，「若沒有聖靈的啟示，上帝道就難發揚」；「人的智慧，一旦為聖靈 所光照，便開始愛好上帝國的事」，這是聖靈作我們內心的教師啟揦我們。我們因靈的教導才稱上帝為父，約翰壹書3：24說：
「我們所以知道上帝住在我們裏面，是因祂所賜給我們的聖靈」；也因聖靈的見証，才確信拯救是為我們預備的，「我們若不被聖靈的寶劍治死消滅，就不知敬畏上
帝，也不會有虔敬的心」，「上帝的靈把祂的聖潔灌輸到我們心裏，叫我們有新思想與情感以後，才真能算是新，與前判然不同」。在拯救、信仰與悔改的聖行中，
我們得救，上帝的榮耀顯揚。因此，弗所書1：13～14說：「你們既聽見真理的道，就是那叫你們得救的福音，也信了基督；既然信祂，就受了所應許的聖靈為印記。這聖靈是我 們得基業的憑據，直等到神之民被贖，使祂的榮耀得著稱讚。」，加爾文在《以弗所書註釋》裏說，「藉著聖靈証實收養我們為祂的兒女。…我們現在雖尚未獲得， 但卻在盼望之中。…上帝在以弗所人身上，証明了祂仁慈，使祂的榮耀得到讚頌(宣揚)，公開為人所知曉」，這段話使我們更加明白，聖神的工作，就是為了彰顯上帝的榮耀和主權。
如果將聖神的工作、能力用來揚顯個人的成聖或能力，依加爾文來看，則是屬奪取上帝主權和榮耀的事。
Ⅳ、加爾文預定論中所表顯的上帝主權
特爾慈(Ernst Troeltsch)在所著《基督教社會思想史》(The Social Teaching of the Christian Churches)書中，論及加爾文主義部分時，Troeltsch提到：「加爾文主義的第一個特點，也是最重要的特點，是它的預定論。…預定論是加爾文那奇特的上帝觀的表現，是漸漸形成，到最後纔被特別強調的。…加爾文的預定論背後，還有那表現他個人虔誠的特性的上帝觀。在預定論中，加爾文不祇要發現和 擬見人的拯救是一種絕對的神蹟，是超自然的，以及是完全出自思典的這一事實，他還要說明上帝那具有絕對至上旨意的性質。」
也就是說，要看出加爾文其 上帝觀的特色，無法不重視預定論；其次，Troeltsch更指出：「在加爾文派的上帝觀中，最重要的觀念…是威嚴，聖潔，最高權力和恩典」。在強調 預定論和上帝的威嚴、最高權力…的特質上，其實均是「上帝的主權」此一概念的轉化。
在《羅馬人書註釋》第九章的註釋文字中，我們可以見到加爾文彷彿是保羅知心至友，細說他所瞭解的保羅，以及在上帝揀選人的課題上，加爾文他自己的見解。加爾文他認為：「上帝的旨意完全是在乎上帝」，這話似如「一套邏輯」，卻有極深的意義，加爾文和保羅一樣，認為羅馬書9：11的經文是告訴 我們，「行為完全沒有考慮的餘地。我們蒙選的恆久性祇在上帝的旨意裏面才能全部了解」。羅馬書9：18的經文是最具權威性和代表的話：「上帝要憐憫誰，就憐憫誰；要叫誰剛硬，就叫誰剛硬。 」，加爾文認為基督徒得蒙揀選，不是出於人自己的定意或奔跑，卻是出於上帝的憐憫扶助。因此，人所當做的是讓我們決心來歸榮耀於上帝。羅馬書9：21，保羅引用來說明造物主的權柄，「權柄不但是指造物主有權能力量隨祂心意而行，而且這個權柄也是指祂能隨祂心意而行公正的事」。
1552年在日內瓦出版的《論上帝永恒的預定》，是加爾文所寫有關預定論主題方面最長且最具份量的論文。論文中顯示羅馬書9：20的一句話〝人啊！你是誰？〞
對加爾文而言，可以是瞭解他的預定論的一個準針，在這話的背後，我們看到加爾文對上帝主權的敬重。除了這篇專題論文外，《基督教要義》卷三的廿一～廿四章所討論的便是關乎預定論的問題。
加爾文告訴我們，「除非我們認識了上帝的永恒揀選，知道上帝的恩惠並不是毫無分別地把得救的指望賜予所有的人，卻是將救恩賜予某些人，而 對
另一些人則加拒絕。」，否則「必不能正確地相信我們的拯救是從上帝的白白慈恩的泉源中流出來的」而且當我們「若不明白這個道理，就必減損了上帝的榮耀，並
減少了真正的謙卑心」；依照加爾文的體會，「除揀選的教義以外，再也沒有甚麼能產生謙卑和感恩的心的。而且除此之外，我們的信念也再沒有堅強的根據。我們
這樣說是依照基督權威的」。
關於預定論，當我們追究此思想信仰時，乃是「深入上帝的智慧的極隱祕處」，本來神祇許我們崇拜，而不是要我們靠理性去了解的，加爾文認為，我們若在上帝所啟示的話語以外來了解預定論，那是表示我們的愚笨。在預定論的態度上更可看到加爾文對上帝主權的尊重，他說 ：「關於主所隱蔽的事，不得追究探索，同時對於主所顯示的事，也不可疏忽」。
揀選此一救贖工程，「在基督的肢體上，恩典的優越效果更為明顯；因為既與元首基督聯絡，他們就永不至失掉救恩」。加爾文引用奧古斯丁(Augustine)的說法，「在教會元首基督身上，我們對於白白揀選這件事得到了一個透澈的例証，好使作肢體的人的揀選不再使我們惶惑」，接著加爾文點出了基督論、救贖論中一項根本的觀念，基督不是像一般東方人文主義的宗教所響往的「人→神」的自力成聖的，「基督並不是因為過義的生活，而得稱為上帝 的兒子，這一個最高的尊榮乃是白白賜予祂的，好使祂後來叫別人也能分享祂所得的恩賜」。加爾文以新約聖經裏的話來提醒我人，「上帝從創造世界以前，在 基督裏揀選我們，使我們在祂面前成為聖潔，無有瑕疪」(以弗所1：4～5)，「上帝以聖召召我們，不是按我們的行為，乃是接祂的旨意和恩典，這恩典是 萬古之先，在基督耶穌裏賜給我們的」(提後1：9)，凡此均表明，「一切都出自祂自己的慈悲憐憫；因此，上帝對祂百姓的拯救乃是祂自己的作為」。在《基督教要義》卷三24章中，加爾文則強調，揀選是由上帝的呼召而証實，而呼召和揀選的程度，一樣也分兩種：
