加爾文欲使日內瓦變成一可見的「上帝的國」，以聖經教訓來管治人民，社會紀律非常森嚴。
當時市議會通過繁瑣的法律，限制人們的衣著、飲食、言行，及生活的每個層面，如監管貨品的售賣價格、服務收費、銀行利率，以至貨品的供求等；甚至禁止用聖經以外的名字為孩子起名。
即使是在家裏舉行私人聚會，他們也得遵守政府和教會的法令，而在公共場所的規限，便更為嚴格了。曾有人主張全面禁止跳舞，而玩紙牌等娛樂亦在絕對禁制 之列。凡觸犯法令玩紙牌者，會以紙牌造成枷鎖枷號示眾：甚至新娘在出嫁時衣著過分豪奢，也可能會被逮捕入獄。此等規定大都不是由加爾文提出的，他也從未主持過市議會的會議；而我們也有理由相信，以上的嚴厲規條是得到當時大多數民眾所支持的。
加爾文亦極其抗拒賣淫行為，曾企圖用火將妓女燒死，卻遭到市議會反對。及後在1558年，市議會通過凡第二次觸犯賣淫罪的，便須戴上帽子遊街示眾。加爾文又建議取締所有酒館，將之改為咖啡店，其經營方法亦受市議會嚴格控制，客人嚴禁在店內說下流的言語，粗鄙的音樂也要禁止。倘若客人不謝飯，便不准為其上菜。
必須公允地說，加爾文並非一個完全不肯妥協的人，他甚至接納別人對他個人的冒犯。譬如說，1554年，市議會竟然要求審查他所出版的一本新書，他雖然深覺被侮辱，卻也作出讓步。但是，他卻不肯在有關信仰的問題上作任何的妥協。其中一個常為人提及的事例是這樣的：生產玩具及紙牌的廠商安姆（Pierre Ameaux），由於日內瓦全城嚴禁紙牌，他的生意大減。在某個宴會中，他出言攻擊加爾文，認為他的教導有欠正確。加爾文得悉後憤怒非常，下令重重懲治他，結果安姆被捕，除公開認罪外，又被囚禁了五個星期。加爾文認為這懲罰仍未足夠，進一步要求安姆公開懺悔，市議會最後同意將安姆遊街示眾，在不同地點下 跪認罪。加爾文堅持此事並非僅關乎他個人的聲譽，更是牽連到他所作的教導，而這正是與真理相關的，所以必須嚴肅處理。
1553年，在加爾文強力影響下，一名為塞爾維塔斯（Michael Servetus）的異端者在日內瓦被判以火刑。塞氏是西班牙人，原本修習法律， 在天主教會當文書，後來眼膺宗教改革思想，輾轉在巴塞爾和施塔斯堡當教師。他自1531年起，便寫書公開反對三位一體論，指這教義來自魔鬼，結果招致天主教及更正教的領袖（如布塞爾）分別譴責，並要將他逮捕延訊，但他以假名匿藏了一段時間。
1540年起，塞氏在維也納（Vienna）定居，開始寫信給加爾文，表達他個人的神學見解，並且撰寫了一本《新基督教要義》（Restitutio）來批判加爾文的說法。他對加爾文的感情是複雜的，既崇拜這位更正教的神學巨人，又志切打倒他以自嗚身價。加爾文對塞爾維塔斯標奇立異的神學主張極表憎惡，乃揭穿他在書信往還時所暴露了的真正身分，後來塞氏在法國被天主教會逮捕，幸而逃脫。幾年後，塞爾維塔斯竟然來到日內瓦，加爾文得悉此事後，提出控告，結果他被拘捕。在加爾文的指證下，塞爾維塔斯被定為異端，被判處以火刑。這件事並未引起歐洲太大的震動，大概這種做法在當時也不算太罕見，但此事在日後卻成為反對加爾文派者指控加爾文的一個主要罪狀。
