台灣東部的宣教是由李庥牧師開啟的，他是第一位到「後山」傳道的牧師。去之前，為了瞭解後山的情形，他探訪過來旗後醫館就醫的卑南族病患，以及不少曾在府東山崗教會、南部諸教會聚會過的西拉雅平埔族信徒。1875年3月14日他由東港教會的長老陪伴，搭船前往當時仍受管制的後山探訪、傳道；途中路經寶桑（台東）、蟳廣澳（成功）、彭仔存（城山）傳道後，於4月23日回來，完成第一次東台灣的宣教。
1877年初李庥牧師南進的據點——阿里港教會，其信徒張源春搬至後山，寄居於蟳廣澳石雨傘社頭目的家，以奇妙的「祈禱水」點起東部三支福音小燭台，照耀於黑暗後山的蟳廣澳（新港）、觸階（加蜜山）及石牌（富里），也接續了李庥牧師的東部傳道事工。一百二十年前的台灣東部宣教就這樣開始了。
可惜不久，李庥牧師病逝。倘若他能多活幾年，對後山的宣教會有很大的幫助。因為在全台教會中，後山地處偏僻，條件惡劣，但懷有後山宣教「眠夢」的，李庥牧師恐怕是第一人。
1871年底加拿大長老教會首任中國宣教師偕叡理牧師（Rev. George Leslie Mackay， 1844-1901年），原受差遣前去汕頭宣教。但主的靈引領他來台灣，在打狗上岸後，立刻南下阿里港拜訪李庥牧師，大受歡迎，並同工達兩個月之久。
李庥牧師傳授偕牧師在台宣教的要訣，又建議偕牧師到北部——福音空白的地域傳教，攜手使全台歸主。當時李庥牧師邀請在府城的德馬太醫生，三人搭船北上，1872年3月9日從淡水上岸，瞬時完成長老教會台灣宣教的佈局。
爾後，李庥牧師要步行回南，偕牧師陪他順道巡視英國長老教會佈教最北區域的中部山地教會群：大社、內社與埔社的烏中蘭等教會。但第三天，李庥牧師瘧疾復發，只好坐轎。在此次中部教會的巡視中，李庥牧師與偕牧師初步決定以大甲溪為界，溪北為加拿大長老教會的宣道區，溪南為英國長老教會的宣道區，從此才有南、北部之分。
李庥牧師勤學向上，常研讀台語漢文，也努力學習客家語，因已有杜君英和南岸的客家教會。有一陣子，也曾請來一原住民少年來教原住民的話語。
李庥牧師注重傳道人才的培育，1870年2月聘來自澎湖的林兼金擔任助理後，積極創辦傳道師養成班（The Student's Class），地點設於旗後牧師館的樓下。當時學生有彭根源、黃深河、雷金、胡古、吳葛、林華及劉沃共七名，個個都是宣教開拓期的傑出傳道者。
1876年台灣府與打狗兩宣道區合併，旗後傳道師養成班的學生搬來府城成立大學（Capital College）。李庥牧師在大學裡教授舊約概論，並在天文學的課程上，以大望遠鏡給學生觀看木星、土星及月的形狀，也有全套大箱型照相機。
馬雅各醫生回台灣府（台南）宣教，打狗宣道區在李庥牧師承接後，開始有計畫地重整打狗宣教中心的旗後醫館及受嚴重破壞的埤頭禮拜堂。
1969年1月31日完成埤頭教會重建後，他憑一股熱誠與毅力南下，以「阿里港」(屏東里港鄉)為新據點，傳福音於台灣南部極端保守的漢人之中。
李庥牧師為人忠誠、體貼寬宏、勤勉節儉又熱愛事工，他與牧師娘同心協力，在短短數年內開設阿里港（1869年）、東港（1870年）、琉球（1870年）、阿猴（1871年）、竹仔腳（1871年）、杜君英（1872年）、鹽埔（1872年）、加蚋埔（1873年）、楠仔坑（1873年）、橋仔頭（1873年）、南岸（1874年）及建功庄、劉展庄等多處教會，完成他在高屏平原「南路漢人傳道」的佈局。即便在五十五年後的1928年，南部教會在高屏平原的宣教，也僅增加旗山與恆春教會而已。
李庥牧師來台頭四年，台灣教會的牧師僅有他一人。除了牧養打狗宣道區中旗後醫館與十數間教會外，還要去巡視馬醫生開創的府城教會與東方山崗的木柵、拔馬、崗仔林及柑仔林等諸教會。風塵僕僕，載月而歸，即使因遠途跋涉而腳底成泡，也毫無怨言。如哥林多後書十一章28-29節所言：「這且不說，我還為各教會的事掛慮，像重擔一樣天天壓在我的身上。有誰軟弱，我不軟弱？有誰失足犯罪，我不滿懷焦慮呢？」
李庥牧師，1840年9月14日出生於蘇格蘭的Mietport。英國格拉斯哥大學畢業後，因嚮往至中國宣教，於是前往倫敦長老教會神學院就讀。
1866年11月16日當他唸神學院三年級時，原先受派要來台協助馬雅各醫生的馬遜牧師（Rev. David Masson），從船上被大海浪捲走，殉難於南中國海。英國海外宣道會找不到適當的接任者，就揀選李庥牧師，等不及他畢業，於1867年6月17日他三年級結業時，即差派他到南中國海取代因「死的洗禮」（baptized for the dead）而殉教的馬遜牧師，並前來台灣協助馬雅各醫生。
1867年12月13日二十七歲的李庥牧師和懷有身孕的牧師娘，經過一百四十二天的航程，抵達打狗（高雄），受到馬雅各醫生及眾信徒的歡迎。
翌年，因英商走私樟腦，引發台灣人排斥洋教、洋人的風潮。馬雅各醫生赴香港結婚不久，就發生高長傳道被捕下獄、莊清風傳道在舊城活活被打死及埤頭禮拜堂受搶奪燒毀的事件，幸經英領事及馬雅各醫生的爭取，反而得到了信仰、宣教的自由與保障。
