在萊茵河以東、多惱河以北,原住著野蠻的日耳曼部落,因受到更野蠻的匈奴人的侵逼,就於主後376年越過多惱河入侵羅馬帝國,但在東羅馬打了敗仗,轉而攻打西羅馬,纏戰一百年,終於在主後476年征服了西羅馬帝國。
在這戰爭連綿,痛苦與混亂的一百年中,安波羅修、耶柔米、約翰‧屈梭多模、奧古斯丁等偉大的教會領袖均在世。當時,耶柔米聽到日耳曼族的侵略蠻行時,正在伯利恆的洞穴中寫他的《以西結書註釋》,他驚愕得不能自制,深信「敵基督」近了,就在書上寫著說:「全世界正衝向毀滅,帝國首府,榮耀之城,慘被巨火吞滅,神聖教會淪為灰燼,上帝的聖徒被捉拿、苦待、殺戮。誰能相信立在得勝基石上的羅馬城,竟會毀滅,而她這個國度之母,竟成墳墓?」
在羅馬的異教徒,一向認為羅馬的偉大是由於他們所信的許多神明所造成的,他們怪責基督徒離棄這些神明,以致災禍臨到羅馬。奧古斯丁在震驚之餘,寫下他最偉大的書:《上帝之城》(The City of God)以回應異教徒的控訴,此書成為基督教最精彩的一本護教書。
羅馬帝國教會的歷史,終於在主後476年,隨著西羅馬帝國落入日耳曼族手中,而告結束。