加爾文捲入改教運動

 　　1533年，加爾文首次被捲進宗教改革運動的旋渦中。該年11月，他的一位好友確克（Nicolas Cop）被委任為大學的院長。在就職禮的講道中，確克引述宗教改革先驅伊拉斯姆對登山寶訓的解釋的若干觀點，將新宗教與舊宗教作一對照，被認為是鼓吹路德主義的思想。

    確克低估了這篇講章所煽起的反對浪潮，他的講道觸怒了反對宗教改革的政府和教會人士; 為了逃避被逮捕的命運，他與加爾文被迫逃亡到國外。為甚麼此事會牽連到加爾文的頭上來呢？

    除了因著他是確克的好朋友外，有說這篇講章事實上是由他代筆的，故他逃不掉這個責任。不過，我們未必需要相信代筆這個傳奇性的說法，只須確定加爾文在此時已接納更正教的觀點，他的思想與確克不會有很大不同。既然確克因其宗教改革思想而在安危上受威脅，加爾文乃自覺必須作出信仰立場上的抉擇，並且在行動上表達這樣的抉擇。他與確克一起逃亡，並且放棄領取多年的教會資助， 中斷與天主教會的關係。

　　加爾文首先逃回家鄉，然後才輾轉在1535年前往瑞士巴塞爾（宗教改革運動風起雲湧之際，瑞士不少城市紛紛響應，巴塞爾是其中一個，此地日後成了加爾 文的避難所）。由於那時加爾文已悔改及涉足改革運動，他決定不再從事人文科學的研究，轉而認真探究宗教改革的思想，特別是改教的神學理據。他開始廣泛的聖經和神學研究，並著手撰寫他的名著《基督教要義》（The Institutes ofthe Christian Religion)。