第二個時間是發展期。主後1842至1895年，中國教會在這五十二年的時間裡有很好的發展。這段期間可分為兩個階段︰(一)五口通商時期，由1842年至1860年，共十八年。(二)內地傳教時期，由1860年至1900年，共四十年。
1. 五口通商時期
五口通商時期是中國教會發展的開始，是頗令人興奮的一個階段。這時，中國政府開始允許英國，以及其他國家的人，在上海、寧波、福州、廈門和廣州，這五個港口居住、通商和傳教。因此教會在推動福音工作方面，就獲得了相當大的自由。很多差會也把握機會，紛紛派宣教士來中國傳福音，並建立教會。在1842年至1860年，來中國的傳教士共有二百人，分別來自二十個不同的差會。可惜在五口通商時期，爆發了鴉片戰爭，這件事件不但增加了中國人仇視外國人的心理，也引起中國同胞對基督教產生了很大的誤會和成見。
鴉片戰爭(1840年)和南京條約
鴉片戰爭爆發的原因並不是一朝一夕的事，乃有它長年累月的在內在因素。鴉片戰爭爆發的近因是因為英國堅持要將害人的鴉片輸入中國，而中國政府則採取強硬的態度，嚴拒鴉片入口，結果發生衝突，後來英國軍隊進攻中國。其遠因是英國自十八世紀中葉爆發工業革命以後，工業產品的產量增加；出現供過於求的現象。因此急需尋找外國市場進行貿易。而中國的滿清政府實行“閉關自守”的國策。僅開放廣州一個港口作為通商之用，且對外國人加以重重的限制。英國商人因此常遇到沒法解決的問題，以致中英雙方常有衝突。
當時英國人經商是以白銀交換的，英國發現部份中國人有吸食鴉片的習慣，於是大量向中國輸入鴉片。清朝政府鑒於鴉片危害人民，曾下令禁止販賣，可是朝廷當中有一派人是反對禁止鴉片。到十九世紀五十年代，清朝道光王帝，採取嚴厲的措施禁止鴉片進口，但英國商人卻不遵守中國政府的禁令，因此在1840年，終於爆發了中、英戰爭。結果中國戰敗求和，中英雙方於1842年簽了歷史上所謂的“南京條約”。“南京條約”以後中國也連續與英國簽定更多的條約，可略見如下：
一. “南京條約”(1842)：開放五口通商口岸，傳教士得與合法在其中居留。
二. “虎門條約”(1843)：容許英國人在五口岸議定界址內建屋居住，又賦予英國最惠國待遇，基督教新教得以共用。
三. “望廈條約”和“黃埔條約”(1844)：允許外人在五口岸議定界址內興建房屋、學校、醫院、教堂。
四. “天津條約”(1858)：中國全面開放，容洋人遊歷各地，傳教士自由傳教，保護傳教士及中國信徒。
“南京條約”的是一個不平等的國際條約，其詳細內容是︰
一. 中國答允開放五個港口，准許英國及其也國家的人，在其中居住、經商和建立教堂傳教。
二. 英國人可以在這五個港口設立領事館，管理商務與英國的僑民。五個港口是廣州、福州、廈門、寧波和上海。
三. 英國商人從此可以隨意直接的與中國人貿易，不必再經過政府。其他還有香港的割讓，進出口關稅的制度，兩國官方文件用平行款式來往，賠償英國軍費等。
鴉片戰爭對基督教有許多的影響。從積極方面來說，外國人在中國的活動自由了，可以在五個港口活動，當時的傳教士也利用了這機會，紛紛在五個港口活躍起來。從消極方面來說，基督教的傳教士是靠賴南京條約入中國的。南京條約是中國人在英國的武力威脅下所簽定，是屬於不平等的條約，因而引起中國人對基督教反感。傳教士在不平等條約的方便之下，進入中國，並不是很智慧的行動。
這些不平等條約引起日後中國人把基督教說成是一個“帝國主義侵略中國的工具”，有些反對基督教的中國學者提出更多對傳教士的指控：一. 認為傳教士是搜集情報，贊助母國的侵略行動，二. 參與隨軍行動，三. 參與訂定不平等條約，四. 進行文化侵略，五. 以政治勢力維擭傳教活動。
現代的基督教學者為這些指控曾作出許多研究和分析，提出以下的回應：
一. 當時在中國的情報官並非真正的傳教士。
二. 傳教士的確勤力研究中國文化，目的是便於傳教，並不是進行文化侵略。
三. 傳教士努力介紹西學，目的是要促進文化交流，有助中國改革進步。
四. 在簽訂不平等條約的過程中，傳教士因為熟悉中文而被官方邀請擔任語言翻譯，並無權作任何決策。
事實上，日後不少教案產生，也是由於中國人對傳教士這種行動的不諒解。其實這些傳教士是絕對不贊成他們的政府售賣鴉片給中國，也大力的推動禁煙活動。
自從1858年，外國取得在中國販賣鴉片的合法地位開始，到1908年，中英政府雙方同意合力禁煙為止，在這半個世紀中，無論是傳教士還是中國信徒，都盡力作出了重要的貢獻。
這些傳教士來中國的動機是將救人的福音，永恆的真理帶給中國，他們本著愛神、愛人的心，在中國生活和傳福音，對中國社會的幫助，也是有歷史可證明的。
2. 五口通商時期(1842-1860年)的宣教工作
這時期的宣教工作是最具特色，可列如下：
一. 大量傳教士的湧入︰主要是英國和美國。但從1842年以後，其他歐美國家，如︰德國、加拿大和法國，也派了傳教士來中國。換言之，對中國的福音工作產生興趣和負擔的國家，是越來越多了。又如︰英國以前是沒有差派宣教士來中國的差會，但在這期間亦派了傳教士來華。各教會都更密切，更認真地關心中國的福音工作。大量的傳教士湧入中國，是五口通商時期，傳教事業的特色之一。
二. 差會之間的初步合作︰1842年來中國的傳教士，是來自不同的國家、文化背景及不同的宗派。他們的信仰，基本上都是基督教的信仰，以聖經為他們絕對的權威。但有時在一些細節問題上，卻有不同的觀點。然而大家都感到有重新翻譯聖經的必要性，因此開始了他們第一次的攜手合作，合力從事聖經的翻譯。1843年8月，傳教士們聚在香港開會，共同商討重譯聖經的計劃，並且傳教士們決定將日後譯出來的聖經譯本，命名為“委員譯本”。可惜翻譯工作並不順利，有些地區的傳教士翻譯的速度太快，有些則太慢。速度固然不同，用詞也不同。例如︰“洗禮”和“浸禮”，“神”和“上帝”，就曾經引起了一番爭論。但為了興旺福音，在翻譯聖經這事上還是同心合意的。在1850年新約全書譯本完畢，1853年舊約譯本亦告完成。這是差會之間開始初步的合作，亦是五口通商時期，宣教工作的第二個特色。
三. 宣教重地的轉移︰五口通商前傳教士只能在澳門和廣州活動。現在大部份傳教士都散居在上海、寧波、廈門和福州居住，傳福音及建立禮拜堂。另外在南洋一帶的差會及宣教中心也搬到中國來，而“英華書院”和英國倫敦會的宣教中心亦遷來了香港。這搬遷使差會和傳教士，能更直接地接觸中國人，更深入瞭解到中國人的需要，並可制定一套較合適的宣教方法。另外香港本身也是一個很大的福音禾場，是傳教士向中國傳福音的最好機會。十九世紀五十年代的傳教士，以香港為推動的中國福音工作的重要基地，實在是很有智慧的決定。
宣教工作情況
傳教士所採用的宣教方式，基本上與“開拓期”所採用的方法相同。不過當傳教士面對一個嶄新的局面，一個更大的機會時，宣教工作自然也有更好的拓展。
一. 文字工作︰聖經的翻譯是很重要的工作。在1842年至1860年間有些傳教士，用羅馬注音符號來拼廈門活、上海話和寧波話。非但用羅馬注音符號拼出各地的方言，還出版注音本的方言聖經。此外，傳教士又著手翻譯各種屬靈的書籍、一些佈道小冊子及佈道單張等，以便達到傳福音的目的。
二. 信徒栽培工作︰隨著中國的港口開放增多，傳福音的機會也多了，信徒人數亦隨之而增長，禮拜堂一個一個地建立起來。一般來說，如果剛信主的得不到適當的栽培，是很容易失去的。因此，栽培信徒實在是當時傳教士的重要任務之一。當時有一位英國傳教士名“賓威廉”，他把“天路歷程”譯為國語和廈門話，是早期中國教會最重要的靈修書籍。
三. 基督教印刷所的設立︰“美華書館”是在美國長老會的安排下，於1844年在澳門成立的。一年後遷至寧波。當時是中國規模最大的一間印刷廠，有工人、職員二百多人。中國有名的“商務印書館”的創辦人及職員很多都曾在“美華書館”就職。
四. 教育工作和醫療工作︰基督教在中國本土上設立的一些學校和醫院，無論在數量和質量方面都有很大的進步。本來中國傳統是“女子無才便是德”的，這時卻打破了傳統，設立了“女子學校”。這行動在當時是很革命性的。
1854年美國長老會傳教士嘉約翰來廣州，他是中國醫學和精神病學的先驅。這些貢獻為中國醫學界開拓了新的一頁。
