卷一，創造的上帝；
卷二，救贖的上帝；
卷三，接受基督之恩的途徑；
卷四，教會。
在「上帝論」部分，加爾文避免了上帝隱藏的本質（上帝是什麼）的討論，只按聖經來解釋上帝的屬性（即他是誰的問題）。當上帝說到他的名字，就是宣告他的「永恆及自存性」︰「我是自有永有的」。加爾文強調的，永遠都是上帝道德的屬性或上帝的「能力」。他認為上帝這些屬性，在《出埃及記》34：6-7及《耶利米書》9：24這 兩段經文，已經充分表達出來︰它們均強調上帝的憐憫和公義。在實際行動方面，加爾文特別指出上帝在教會及社會運作上，他是「公義的上帝，也是救贖主」，二者必須並重，丟棄一面，另一面的功能也就不保了。
在討論上帝的教義上，加爾文並沒有提到「上帝的主權」，這並不總是（如一些人所以為的）他的神學的主導原則。對他來說，榮耀是上帝的一種特別的屬性，在世界每一角落都充分表現出來，也是他救贖工作最重要的彰顯，而表達得最完滿的，卻是在十字架上的謙卑和愛。
他以三位一體作為上帝屬性的核心，因為啟示的目的，是要讓我們可以進入上帝本體的奧祕（三位一體是加爾文論上帝屬性的核心，因為啟示的道就是耶穌基督，而叫我們明白、接受及與上帝聯合的，卻是聖靈的工作）。加爾文不斷提醒我們，上帝已經完全地在基督裡面向我們啟示他自己，因此要認識他，就一定要按他已啟示的來認識他，而不是轉向其他來源或途徑。
加爾文討論上帝的照管（providence）時，會令我們有一個感覺，他是以牧者的身份來牧養我們（這是加爾文神學的重要特性）。他向我們保證，上帝一直在工作，一直維持並引導他整個創造，以一個作父親的情懷來引導人類整個歷史。教會與基督徒是在上帝特別愛憐的手中，正如基督是在上帝的手中一樣。信徒從來就不受「命運」或「機緣」的掌控，不受制於這等盲目的力量。不過，加爾文對上帝的照管的討論，不是很容易明白。他說，上帝在太古之初就以他的諭旨（decree），來掌管人的計劃與意志，以至於人的計劃和意志會完全照著他所命定的方向而進行。論到預定論的問題，他又說那些不被預定得救的人，也是出於上帝的諭旨，他用一個拉丁字來形容上帝的諭旨︰「horribile」，意思是「可畏的」。
這點是今天許多人會質疑的，他們會問到，加爾文是否忠於他所闡釋的上帝論，以及他是否公平地對待聖經中提到的，上帝似乎會在各種情況的發展中行動，並予以回應的自由。我們必須記得，加爾文一邊寫釋經書時，也一邊在修改《基督教要義》，他並不認為自己的神學已經是終極的、不可修改的。
有關基督的工作和身份的問題，加爾文精簡又準確地覆述教父和大公會議的教導。他強調中保的身份是一個奧祕，說：「上帝的兒子從天而降的方法，是他既未完全離開天上，卻願意藉童貞女降生，來到世間，被掛在十字架；又一直充滿著整個世界，就像太初的時候一樣」。但加爾文有時非常強調耶穌人性的限制和軟弱，以致有人懷疑，他是否還相信耶穌的神性。
在「上帝論」部分，加爾文避免了上帝隱藏的本質（上帝是什麼）的討論，只按聖經來解釋上帝的屬性（即他是誰的問題）。當上帝說到他的名字，就是宣告他的「永恆及自存性」︰「我是自有永有的」。加爾文強調的，永遠都是上帝道德的屬性或上帝的「能力」。他認為上帝這些屬性，在《出埃及記》34：6-7及《耶利米書》9：24這 兩段經文，已經充分表達出來︰它們均強調上帝的憐憫和公義。在實際行動方面，加爾文特別指出上帝在教會及社會運作上，他是「公義的上帝，也是救贖主」，二者必須並重，丟棄一面，另一面的功能也就不保了。
在討論上帝的教義上，加爾文並沒有提到「上帝的主權」，這並不總是（如一些人所以為的）他的神學的主導原則。對他來說，榮耀是上帝的一種特別的屬性，在世界每一角落都充分表現出來，也是他救贖工作最重要的彰顯，而表達得最完滿的，卻是在十字架上的謙卑和愛。
他以三位一體作為上帝屬性的核心，因為啟示的目的，是要讓我們可以進入上帝本體的奧祕（三位一體是加爾文論上帝屬性的核心，因為啟示的道就是耶穌基督，而叫我們明白、接受及與上帝聯合的，卻是聖靈的工作）。加爾文不斷提醒我們，上帝已經完全地在基督裡面向我們啟示他自己，因此要認識他，就一定要按他已啟示的來認識他，而不是轉向其他來源或途徑。
加爾文討論上帝的照管（providence）時，會令我們有一個感覺，他是以牧者的身份來牧養我們（這是加爾文神學的重要特性）。他向我們保證，上帝一直在工作，一直維持並引導他整個創造，以一個作父親的情懷來引導人類整個歷史。教會與基督徒是在上帝特別愛憐的手中，正如基督是在上帝的手中一樣。信徒從來就不受「命運」或「機緣」的掌控，不受制於這等盲目的力量。不過，加爾文對上帝的照管的討論，不是很容易明白。他說，上帝在太古之初就以他的諭旨（decree），來掌管人的計劃與意志，以至於人的計劃和意志會完全照著他所命定的方向而進行。論到預定論的問題，他又說那些不被預定得救的人，也是出於上帝的諭旨，他用一個拉丁字來形容上帝的諭旨︰「horribile」，意思是「可畏的」。
這點是今天許多人會質疑的，他們會問到，加爾文是否忠於他所闡釋的上帝論，以及他是否公平地對待聖經中提到的，上帝似乎會在各種情況的發展中行動，並予以回應的自由。我們必須記得，加爾文一邊寫釋經書時，也一邊在修改《基督教要義》，他並不認為自己的神學已經是終極的、不可修改的。
有關基督的工作和身份的問題，加爾文精簡又準確地覆述教父和大公會議的教導。他強調中保的身份是一個奧祕，說：「上帝的兒子從天而降的方法，是他既未完全離開天上，卻願意藉童貞女降生，來到世間，被掛在十字架；又一直充滿著整個世界，就像太初的時候一樣」。但加爾文有時非常強調耶穌人性的限制和軟弱，以致有人懷疑，他是否還相信耶穌的神性。
這是歷代均有的一種過激反應；加爾文當然不可能懷疑耶穌的神性，問題是我們怎樣講論他的人性。他的人性若是真實的，就必如《希伯來書》作者所說的，他凡事與我們一樣，只是沒有犯罪。假如他的人性既沒有軟弱，又沒有限制，我們實不認識這種人性，而這種人性與神性亦沒有什麼分別。歷代神學家能
正視耶穌真實人性的，常有人緊張過度，會立刻問他還信不信耶穌是真神。只講耶穌的神性，是一種異端，反之亦然。
加爾文指出，我們一定要 努力明白耶穌藉工作而顯出的身份，不是他隱藏的本性。他是第一個藉基督的三重職分（先知、祭司、君王）來系統解釋基督工作的神學家。他強調基督在十字架上受苦，其中刑罰的部分；但他也同時強調他一生的順服，認為這也是上帝所看重的。這種順服包括了主動與被動兩個層面︰他認同我們的人性，與我們站在一起。道成肉身創造了一種他與我們「神聖的兄弟關係」，以致他可以「吞噬死亡，代之以生命；戰勝罪惡，代之以公義」。
在討論墮落怎樣影響我們的人性（原先是上帝按他的形象造的）時，加爾文會允許我們在下面的意義上使用「全然敗壞」（total depravity）這個詞：即人的本性與行為的每一方面，無不受到罪的影響。然而，在我們與別人的交往上，無論人在罪中沉溺多久多深，我們仍要看對方具有上帝的形象。人的生命有兩個層面是由上帝定規的──即屬靈的層面及時間的層面。從屬靈層面來說，自墮落後，人完全無能認識屬天的事，他既沒有這種知識，也沒有那種能力；從時間的層面來說，自然的人仍然具有高貴的品質及能力，去過多元化的生活。
舉例說，加爾文十分欣賞昔日異教徒制定法律的智慧；他認為即使一人已墮落了，上帝仍然向人施恩，使他具有非常的恩賜，讓他得著安慰，得享快樂，以及具有藝術的創作力來表達自我。加爾文說，上帝創造世界的時候，不單預備了我們賴以活命的東西，也同時創造了許多純為我們享受和快樂的東西。他在日內瓦的最後一項成就，是建立一所人文學科和科學的研究院，裡面的教師都是接受教外學術訓練的精英。但加爾文關心的是，文科與理科的發展，均需符合上帝的律法，目的是推展上帝的道和鞏固基督徒群體。
加爾文努力要傳承馬丁路德和其他人開始的改教運動；他常呼應改教先賢對羅馬教廷的批評，因為羅馬教廷否認一般人在恩典的上帝的面前，個人的安全感有任何的地位。在《基督教要義》中，他用了九章的篇幅來論到唯獨靠恩典稱義的教義，以及與此相關的基督徒的自由。
與此同時，加爾文比同代的人更堅持成聖或悔改的重要性。他還為那個時代的信徒清楚界定，怎樣的基督徒生活模式，才算配得過上帝在基督裡賦予我們的恩典和呼召。 因此在最後一版的《基督教要義》（1559）中，他先以九章篇幅論到成聖或悔改，才用九章篇幅論到稱義。他認為沒有悔改，就沒有赦罪，因為二者都是本於與基督聯合而有的恩典，二者是相輔相成的。他堅持，我們若不藉著信與基督聯合，那麼他為我們成就的救贖恩典，就完全不能用在我們身上。他說，這種與基督「奧祕的聯合」，正是聖靈的工作。
基督徒不單要與基督聯合，他們的生活模式，也要在基督的死和復活的形狀上與他聯合。他要順服基督至高的命令 ︰「你們要聖潔，因為我耶和華你們的上帝是聖潔的」（《利》19：2），追隨基督，捨己跟從他。加爾文認為人罪惡的根源，就是愛自己過於愛人，人只有捨己才 能愛人。他認為任何形式的受苦，都會令我們更像基督。當我們努力於地上的聖召使命時，就是表達我們對基督信仰的順服。我們可以盡情享受上帝賜的百物，因為它們都是上帝為我們預備的；在享受中，我們的心不能浸淫物慾之樂，要常保持儆醒的心，保持某種距離，好叫我們常盼望要來的生命，其中的福樂是現在就可以預嚐的。
為要幫助信徒過有確據的基督徒生活，他討論了預定論的問題。他相信基督徒若不清楚自己是因蒙揀選而得入救恩之門，就沒有信心過一種得 勝的生活。他相信聖經有明確的預定論教導，因此凡不信的人，都是預定要滅亡的。許多人反對這種教義，以致加爾文不得不在好幾個地方為預定論辯論。不過，我 們不要以為，預定論是他的神學中最重要的教義。有意義的是在《基督教要義》中，預定論的下一章，正是他討論禱告的地方，他鼓勵人要運用自己的自由意志，在 上帝面前代求，並且尋求禱告蒙應允之道。
《基督教要義》有很大一部分討論教會與她的事奉。他說，教會的事奉，特別是牧者的事奉，一定要反映 出基督謙卑的模式，對個人關懷，以及藉著聖靈的能力，忠於真理。他十分重視教會教導的職責、紀律，和使窮人得釋放；他相信上帝賜下教師或「博士」（即專於聖 經及神學的人）、長老及執事給教會，這一切都有聖經的明訓；但他不認為凡教會做的事，都要有聖經詳盡的保證。
他很欣賞教會在最初六個世紀發展出來的教義和崇拜禮儀，也嘗試讓它們的特色重現於當代教會。他相信新約的「監督」（或作「長老」），正是改革宗教會的牧師。教會一切的儀節，都須從簡 易明，又要具有聖經的支持。他認為十誡中的第二誡，不單禁止人為上帝造像來幫助崇拜，也包括為刺激人的宗教感情而造出來的儀節。他鼓勵會眾在崇拜中唱詩，但 使用樂器卻似乎與一個理性的崇拜不太吻合。
加爾文同意奧古斯丁對聖禮的看法，認為那是代表不可見之恩典的一個可見的記號。他相信只有聖餐和洗禮具有聖經的權柄。關乎聖餐，他反對變質說（transubstantiation：這是天主教的看法，認為餅和酒在神父祝聖後就真的變成基督的 肉和血），也不認為只有以某種形式舉行的聖餐禮才有效。同時，他亦不讚成某些人的看法，以為餅與酒只是一種象徵（symbol），用來代表他的身體，目的是刺激人的記憶、敬虔或信心。
加爾文認為，聖禮賜下的，就是它們所代表的；主不僅要求我們看，而且是吃與飲，這就表明在他與我們之間，有一種生命的聯繫。這個聯繫在道被宣講及人以信心來回應時，就已經創造出來；當人以信心來領受聖餐禮，生命的聯繫就得以加強而更形密切。
加爾文反對當時路德派對聖餐具有神秘功效的解釋。他認為基督的身體一直是在天上，我們是被聖靈的大能提升到天上，來領受他的身體。加爾文堅持，領聖禮的人若 沒有以信心來領受，聖禮就沒有功效。他贊成嬰孩洗禮，是因為舊約與新約是一個整體；而一個聖禮是否有功效，與施行聖禮的時間並沒有直接的關聯。
在加爾文時代，教會與國家的關係是個重要的課題。他在日內瓦曾與政府有過一場尖銳的衝突，更加深他認為政府不應干涉教會的事之信念；他覺得教會內部的事，應 由教會自己組織的仲裁機構來決議。他對國家是十分尊重的，一直要信徒遵守法律，尊重在上掌權者。他也強調掌權者的責任，是去照顧自己的子民，像個牧人一樣。他認為就算掌權者是個暴君，信徒也要順服；信徒就算接受不義的苦難，也比策劃革命好。但他也相信，暴君若走到一種天怒人怨的地步，該國的人民就可以由 合乎公義的組織來把他推翻，或是由上帝在別處所興起與揀選的「復仇者」來推翻他。
加爾文指出，我們一定要 努力明白耶穌藉工作而顯出的身份，不是他隱藏的本性。他是第一個藉基督的三重職分（先知、祭司、君王）來系統解釋基督工作的神學家。他強調基督在十字架上受苦，其中刑罰的部分；但他也同時強調他一生的順服，認為這也是上帝所看重的。這種順服包括了主動與被動兩個層面︰他認同我們的人性，與我們站在一起。道成肉身創造了一種他與我們「神聖的兄弟關係」，以致他可以「吞噬死亡，代之以生命；戰勝罪惡，代之以公義」。
在討論墮落怎樣影響我們的人性（原先是上帝按他的形象造的）時，加爾文會允許我們在下面的意義上使用「全然敗壞」（total depravity）這個詞：即人的本性與行為的每一方面，無不受到罪的影響。然而，在我們與別人的交往上，無論人在罪中沉溺多久多深，我們仍要看對方具有上帝的形象。人的生命有兩個層面是由上帝定規的──即屬靈的層面及時間的層面。從屬靈層面來說，自墮落後，人完全無能認識屬天的事，他既沒有這種知識，也沒有那種能力；從時間的層面來說，自然的人仍然具有高貴的品質及能力，去過多元化的生活。
舉例說，加爾文十分欣賞昔日異教徒制定法律的智慧；他認為即使一人已墮落了，上帝仍然向人施恩，使他具有非常的恩賜，讓他得著安慰，得享快樂，以及具有藝術的創作力來表達自我。加爾文說，上帝創造世界的時候，不單預備了我們賴以活命的東西，也同時創造了許多純為我們享受和快樂的東西。他在日內瓦的最後一項成就，是建立一所人文學科和科學的研究院，裡面的教師都是接受教外學術訓練的精英。但加爾文關心的是，文科與理科的發展，均需符合上帝的律法，目的是推展上帝的道和鞏固基督徒群體。
加爾文努力要傳承馬丁路德和其他人開始的改教運動；他常呼應改教先賢對羅馬教廷的批評，因為羅馬教廷否認一般人在恩典的上帝的面前，個人的安全感有任何的地位。在《基督教要義》中，他用了九章的篇幅來論到唯獨靠恩典稱義的教義，以及與此相關的基督徒的自由。
與此同時，加爾文比同代的人更堅持成聖或悔改的重要性。他還為那個時代的信徒清楚界定，怎樣的基督徒生活模式，才算配得過上帝在基督裡賦予我們的恩典和呼召。 因此在最後一版的《基督教要義》（1559）中，他先以九章篇幅論到成聖或悔改，才用九章篇幅論到稱義。他認為沒有悔改，就沒有赦罪，因為二者都是本於與基督聯合而有的恩典，二者是相輔相成的。他堅持，我們若不藉著信與基督聯合，那麼他為我們成就的救贖恩典，就完全不能用在我們身上。他說，這種與基督「奧祕的聯合」，正是聖靈的工作。
基督徒不單要與基督聯合，他們的生活模式，也要在基督的死和復活的形狀上與他聯合。他要順服基督至高的命令 ︰「你們要聖潔，因為我耶和華你們的上帝是聖潔的」（《利》19：2），追隨基督，捨己跟從他。加爾文認為人罪惡的根源，就是愛自己過於愛人，人只有捨己才 能愛人。他認為任何形式的受苦，都會令我們更像基督。當我們努力於地上的聖召使命時，就是表達我們對基督信仰的順服。我們可以盡情享受上帝賜的百物，因為它們都是上帝為我們預備的；在享受中，我們的心不能浸淫物慾之樂，要常保持儆醒的心，保持某種距離，好叫我們常盼望要來的生命，其中的福樂是現在就可以預嚐的。
為要幫助信徒過有確據的基督徒生活，他討論了預定論的問題。他相信基督徒若不清楚自己是因蒙揀選而得入救恩之門，就沒有信心過一種得 勝的生活。他相信聖經有明確的預定論教導，因此凡不信的人，都是預定要滅亡的。許多人反對這種教義，以致加爾文不得不在好幾個地方為預定論辯論。不過，我 們不要以為，預定論是他的神學中最重要的教義。有意義的是在《基督教要義》中，預定論的下一章，正是他討論禱告的地方，他鼓勵人要運用自己的自由意志，在 上帝面前代求，並且尋求禱告蒙應允之道。
《基督教要義》有很大一部分討論教會與她的事奉。他說，教會的事奉，特別是牧者的事奉，一定要反映 出基督謙卑的模式，對個人關懷，以及藉著聖靈的能力，忠於真理。他十分重視教會教導的職責、紀律，和使窮人得釋放；他相信上帝賜下教師或「博士」（即專於聖 經及神學的人）、長老及執事給教會，這一切都有聖經的明訓；但他不認為凡教會做的事，都要有聖經詳盡的保證。
他很欣賞教會在最初六個世紀發展出來的教義和崇拜禮儀，也嘗試讓它們的特色重現於當代教會。他相信新約的「監督」（或作「長老」），正是改革宗教會的牧師。教會一切的儀節，都須從簡 易明，又要具有聖經的支持。他認為十誡中的第二誡，不單禁止人為上帝造像來幫助崇拜，也包括為刺激人的宗教感情而造出來的儀節。他鼓勵會眾在崇拜中唱詩，但 使用樂器卻似乎與一個理性的崇拜不太吻合。
加爾文同意奧古斯丁對聖禮的看法，認為那是代表不可見之恩典的一個可見的記號。他相信只有聖餐和洗禮具有聖經的權柄。關乎聖餐，他反對變質說（transubstantiation：這是天主教的看法，認為餅和酒在神父祝聖後就真的變成基督的 肉和血），也不認為只有以某種形式舉行的聖餐禮才有效。同時，他亦不讚成某些人的看法，以為餅與酒只是一種象徵（symbol），用來代表他的身體，目的是刺激人的記憶、敬虔或信心。
加爾文認為，聖禮賜下的，就是它們所代表的；主不僅要求我們看，而且是吃與飲，這就表明在他與我們之間，有一種生命的聯繫。這個聯繫在道被宣講及人以信心來回應時，就已經創造出來；當人以信心來領受聖餐禮，生命的聯繫就得以加強而更形密切。
加爾文反對當時路德派對聖餐具有神秘功效的解釋。他認為基督的身體一直是在天上，我們是被聖靈的大能提升到天上，來領受他的身體。加爾文堅持，領聖禮的人若 沒有以信心來領受，聖禮就沒有功效。他贊成嬰孩洗禮，是因為舊約與新約是一個整體；而一個聖禮是否有功效，與施行聖禮的時間並沒有直接的關聯。
在加爾文時代，教會與國家的關係是個重要的課題。他在日內瓦曾與政府有過一場尖銳的衝突，更加深他認為政府不應干涉教會的事之信念；他覺得教會內部的事，應 由教會自己組織的仲裁機構來決議。他對國家是十分尊重的，一直要信徒遵守法律，尊重在上掌權者。他也強調掌權者的責任，是去照顧自己的子民，像個牧人一樣。他認為就算掌權者是個暴君，信徒也要順服；信徒就算接受不義的苦難，也比策劃革命好。但他也相信，暴君若走到一種天怒人怨的地步，該國的人民就可以由 合乎公義的組織來把他推翻，或是由上帝在別處所興起與揀選的「復仇者」來推翻他。
