羅馬天主教的領袖看見新教(改革後的基督教)傳到了歐洲的西北部，很不滿意，想設法抵制他們，所以教皇在天特(Trent)召開一個大公會議，想要藉這會議推翻新教。
當時幾個信羅馬天主教的國家，勸這會議把羅馬天主教徹底改造，恢復本來的面目，然而沒有獲得大家的認同。雖然這會議把《基督徒要學》這一本書，和一些信徒不可看的書籍判定成為信徒不可看的書，又議決信徒不可以個人的意見解釋聖經，這到底是有名無實的改教，新教還是藐視這樣的改革。
然經此次改革以後，羅馬天主教的教義雖然沒有太大的改變，而教皇和主教的行為，卻比前好多了。最可惜的就是羅馬天主教的態度，當新教的影響力越大，而抵制新教的心反越激烈。
耶穌修道會是教皇用來抵制新教最大的組識，創辦人名叫依格那丟羅幼拉(Ignatius Loyola)。他是西班牙人。年幼時去當兵，後來在陣上傷了腿，心很憂悶。養病的時候，專心研究聖經，閱讀關於聖人歷史的書籍，就立志做教會的精兵。病愈以後就當了修道士，並且遊歷遠方。返回歐洲時，有三十多歲。後來在巴黎讀書，與一班志同道合的青年組成一個修道會，此修道會在義大利、西班牙及葡萄牙迅速擴展。1540年教皇承認這會為耶穌修道會。這會的宗旨接受教皇為耶穌的代表，採用軍法去管轄會員，使會員完全服從首領的命令，看他們自己「如同枴杖在老人的手裏」一般。會長住在羅馬城，稱為將軍。
耶穌修道會會員誓守三條規律：一. 守貧窮。二. 守貞潔。三. 服從會長。
羅幼拉又為會長加添一規律，就是要服從教皇的命令。雖是違背良心，還是要遵行的；凡是對教會有利益的事，都要去做。
耶穌修道會比較注重羅馬天主教一些迷信的行為，說教皇沒有過錯，聖人的功勞能幫助人的罪得赦免，赴聖地可得功勞，也以拜「耶穌的心」作為一種特別的禮。
當日有一個女修道士說耶穌向她顯現，要藉她告訴其他人拜耶穌的心。這女修道士的牧師是耶穌會的一個修士，也為此事宣傳。現今也有人用耶穌心的形式畫符，並且說：「人若一面用這符，一面禱告，抵得上一百天的贖罪票。」此為拜耶穌心之禮的來源。
耶穌修道會在外邦不信耶穌的人和新教信徒中，竭力工作；設立學校，實行他們的計劃。他們學校中的特點也很多，比如注重獎勵，不用處罰，在教育史上它是首先用分數計算學生的成績的。所以也有新教的人，在他們中間讀書，受了他們的感化。
耶穌修道會想達到他們的意圖，遣派會員去西方各國，看見有以新教做國教的，就暗行詭計破壞。信新教的地方若有政府是信奉羅馬天主教的，而新教無多大勢力，就明明逼迫當地的新教。從此以後，奧國、法國、和德國南部的新教，差不多被滅絕了。幸而別處的新教，沒有受這大害。
沙未爾在印度遇著一個日本人。那人受洗以後自稱為保羅，勸沙未爾到日本去傳道。於是在公元1549年沙未爾和保羅坐中國的輪船到了日本，當地的地方官員也很優待他們。沙未爾雖然不能多講日語，還是常常用剛學回來的日語傳道，並且靠保羅的幫助著了一本說明基督教的書。過了兩年，已經有七百六十個信徒。後來，沙未爾來到中華，留下他的兩個朋友住在日本。那時日本雖然是帝國，但群雄割據互為兵爭，幕府稱為大將軍。
幕府雖沒有皇帝的名號，卻擁有皇帝的實權。這時又是佛教在日本最興旺的時代，和尚有統管炮台和陸軍的大權，真算是一個有勢力的機構。當時的大將軍長為因要壓制佛教，利用基督教為他的利器。當時天主教的耶穌修會依從了他的旨意，也不顧及干涉日本的內政的危險。當時教會在日本才稍有進步，願意信道的人也多，但中間也有因強迫而信的。比如在長崎有一個諸侯曾說：基督教的真神幫助他戰勝了他的仇敵，所以他吩咐那不信基督的，一概離開他的邦土。
主後1582年秀吉續信長為將軍。秀吉首先待基督徒很好。後來(主後1587年)因怕基督教帶來禍難，就變了態度，命令外國來的信徒，限二十天之內，都要離開日本。這命令一下，有些修道士即刻走了。不料有法蘭西斯(方濟會)和多米尼古派(道明會)的修道士，正從菲律賓群島來到日本。他們中間也常起紛爭。秀吉因此忿怒，在長崎把六個西班牙修道士，三日本修道士，和另外十七個日本人釘在十字架上。
以後的將軍也相繼逼迫基督徒。最初的基督徒還有忍耐的心志，但是到了主後1637年，就在長崎反叛起來。次年有男丁兩萬，婦孺一萬七千，佔據一個老炮台，藉此保全性命。過了三個月，他們屢被攻打，所有的人不是死在瘟疫和饑荒之中，就是死在刀劍之下。後來政府下一通令：「凡信基督教和與外國人有往來的，都處死刑。」
居留澳門的葡萄牙人，不信通令上的話，就遣派四個尊貴的老人，帶了珍貴的禮物到日本去作公使；另外還有五十七人。他們到了日本，日本人即把這四個老人和隨從的人殺了。未被殺的僅十三個人，為的是要他們回去報告。從這時起，西方的人不能明明的到日本去傳道。
主後1853年美國強逼日本開放海口，日本也藉著與西方來往進步很大。以後日皇便發出寬容宗教的告示。於是羅馬天主教的人來到長崎，調查那裏還有沒有信徒。後來他們在那裏找到了幾千人信徒。在這二百五十年的苦難時代，信徒還未絕跡。現在日本有基督教徒數十萬，教會多有自立的。
