【禱告的基本目的】
為何要禱告往往是探討禱告的第一個問題。若上帝在我們禱告之先已經知道我們的需要，那麼禱告還有什麽意思呢？
加爾文在馬太福音6:5的註釋中解答了這條很基本的問題。他認為信徒禱告並不是要告知上帝一些祂不曉得的事情，或刺激祂作工，或催促祂做一些祂不願意做的事情。反之，禱告能夠提醒信徒去尋求上帝，透過默想上帝的應許去實踐信心，並且能夠幫助他們從焦慮中得到舒緩……。
在《要義》中，加爾文認為我們藉著禱告領受父神給我們存留在天上的豐盛，禱告也是上帝所預定的，並非為祂，而是為了我們 （for ours）。在禱告中我們將上帝所應得的榮耀歸給祂，並向祂獻上敬拜，但同時也使我們獲益。
禱告的重點在於耶穌基督的不斷地為人代求，信徒藉著唯一的中保和聖靈的推動向上帝禱告。加爾文所強調禱告乃信心的首要實踐。他把“救我們脫離凶惡”從“不叫我們遇見試探”分別出來成為第七個請求，以凸顯其重要性。
【上帝的預定和護理】
加爾文的禱告觀令人很感興趣的其中一個原因，是加爾文處理人的呼求與上帝的主權之間的問題。在加爾文的思想中，上帝的預定是一個非常核心的題目，在上帝至高主權的前提下，有些人便會質疑既然一切已有定旨，哪麼禱告有何意義, 特別是請求和代求的禱告。
當我們探討這個弔詭的疑問時，首先我們可以了解加爾文寫成《要義》過程中的神學發展，特別是有關預定論和上帝的護理這兩個課題究竟有何關連，是否所有大少事情都已經在上帝的旨意下全然預定？從1536寫《要義》第一版開始，直至1559年出版的最後第五版，他在不同時期對這兩個課題也有不同的處理。 這或多或少與加爾文在期間與Pighius 在有關人的自由意志的論點上的爭議有關。加爾文認為人仍有能力在不同的選擇中作出決定，但不同意人仍有自由意志（free will）, 他只會以自由意志來形容能選擇善的能力，但這能力已經在墮落後失去，只有透過救恩（被揀選的）才能被更新。為了糾正Pighius對於必然性的誤解而引伸出人無需對自己的罪負責的問題，加爾文在其回應的文章中明顯把護理與預定分開處理。雖然在期間的基督教要義第三和四版並未作出改動（即預定論和護理仍一併討論），但這卻很可能是在第五版分開護理與預定的編排的其中一個因素。最後的《要義》版本把上帝的護理部份移到第一冊有關上帝的教義，而上帝的預定卻仍然留在第三冊關乎救恩的部份。那我們必須要問，如果在加爾文的思想中，預定是上帝的護理所極為強調的一部份，為何他要把這兩個議題分開，並且是最終的版本呢？
詩篇第八篇4說：「人算什麽，你竟然顧念他？世人算什麽，你竟眷顧他？」在註釋中，加爾文認為上帝對詩人的愛就好像父親的愛，包含保護和關心，並且提供護理。這可以讓我們看到加爾文視上帝護理的重點為對人的關愛，而非對萬事的預定。 在詩篇113:5-6 說：「誰像耶和華我們的上帝呢？他坐在至高之處，自己謙卑，觀看天上地下的事」。
加爾文認為上帝雖然在天上，但距離並不能阻止上帝在我們面前顯現，並為我們賜下好處。在《要義》有關上帝的護理的論說中，雖然明確指出上帝的護理決定萬事，但也多處提到祂的護理是出於對人的看顧。加爾文強調上帝的護理並不是袖手旁觀，反之「祂不但觀看，祂也干預萬事」， 如亞伯拉罕在獻以撒時上帝為他所預備的。
若上帝的護理不是等同萬事皆預定，那麼人的禱告在上帝的全然護理下又任何角色嗎？或說得直接一點，能影響上帝的作為嗎？令人感到詫異的是，在加爾文的詩篇註釋中，有不少地方表達了他認為禱告某程度上能夠影響上帝（affect God）。當信徒把自己的需要藉著禱告帶到上帝面前時，它會催使上帝以恩典給予幫助。
詩篇27:7 是一個好的例子，「耶和華阿、我用聲音呼籲的時候、求你垂聽．並求你憐恤我、應允我」，加爾文在註釋中說：「詩人透過呼求，表達了他的強烈願望，正如我在其他地方說過，他或許因此能驅使（move）上帝早一些幫助他。」
這意味著人的禱告在上帝的作為上有實質的角色。 在《要義》談到人有時不是照上帝隱藏、不變的旨意禱告時，加爾文甚至指出「上帝會照祂測不透的旨意調整事情的結局（tempers the outcome of the events），好讓聖徒的禱告（雖然有信心和謬誤混雜在內）至終不會落空。」
當然, 這並不等同於操控上帝, 上帝的旨意仍是決定性的, 就如加爾文在詩6:3的註釋中所說：「因著祂的恩慈，上帝容許我們祈求祂快點幫助我們，但當我們自由地向祂投訴祂的延遲時，我們的禱告卻不可僭越界限，我們必須要仰望祂的旨意，且不應期望比祂看為好的更快。」
其實，雖然加爾文強調上帝的旨意是天上地下一切事情的唯一原則和至高的起因（all-high cause），但他在《要義》談到護理時也強調「敬虔的人也不會忽略次要的起因 (inferior cause)」;「若這敬虔之人因自己的忽略或不謹慎而受損，他也會承認這是出於上帝的旨意，但同時他也會怪罪自己。」
這觀念要說明人所履行的責任並不會因為上帝的定旨而變得沒有意義。加爾文在要義同一段中續說：「既然他不知道自己現今所做之事的結局如何（他只知道主會在萬事上幫助他安排妥當），他就會用上帝給他的智慧竭力追求對他有益之事。」;「若我們相信上帝的護理，就會使我們離棄一切魯莽和自信，也會激勵我們不斷地求告上帝。」
這裏更清晰讓我們看見，在加爾文的思想中，上帝的護理不單與禱告沒有衝突，反而會激勵人禱告。加爾文在卷三也再次呼應這教導：「禱告讓我們發現自己的軟弱以及更確信上帝的護理……那些胡謅既然上帝護理掌管萬事，所以求告上帝是沒有必要的人，不過證明自己的愚昧。」
無論如何，在人的禱告如何能影響不變的上帝的問題上，加爾文並不十分熱衷於提供一個理性的解釋。對他來說，重要的是聖經教導上帝是全知、美善、掌權，並透過這一切成就祂完全的旨意。並且，很重要的是聖經重複的應允我們祂會垂聽和答允我們的祈禱。在邏輯上似乎不能兩者並存，但根據加爾文，聖經卻能夠。
近代神學巨擘巴特在這問題上有更銳利的立場。對於加爾文強調上帝回應 (answer) 禱告的論點，他有進一步的解釋。他認為「上帝必定垂聽禱告，且不單聽，且行動。上帝的作為是會因應我們禱告與否而有所不同的。更進一步，他認為禱告不單影響上帝的作為，甚至影響祂的存在，這就是“回應”的意思。」
這並不是要操控上帝，而是深信上帝回應禱告的應許。
另一位當代的加爾文派神學家Wayne Grudem 也持有類似的立場：「假如我們真的相信禱告改變上帝作為的方式，又相信上帝真會顯著地使世上所發生的事有所改變以回應我們的禱告，就如聖經一再地教導我們的，那麼我們就會比現今禱告更勤了。假使我們禱告疏懶，可能是因為我們根本就不相信禱告能成就什麽事。」
【俯就（accommodatio）】
加爾文強調人與上帝之間不單有距離（distance），更有地位上（rank）的分別。這分別當然地存在，但卻透個上地的俯就而得以彌補。加爾文以俯就指出上帝是全然他者（total otherness of God）。上帝俯就我們的理解能力來啟示自己，如祂以父親來啟示自己以致我們能夠明白上帝的心意。我們無法完全的知道上帝，也無法從上帝對我們的俯就把祂還原。
人因著自己的限制和軟弱，常有不按上帝心意或以不當言詞的祈禱，特別是在困苦中的哀求。在詩篇44:23的註釋中，加爾文認為詩人呼求上帝在沉睡中醒來，是上帝俯就人的一個例子，上帝容忍人好像嬰孩般向祂胡亂說話。這樣的禱告當然是扭曲了上帝的屬性，但上帝的恩典卻寬恕了人的罪並給人空間如此祈求。這意思就是說上帝容許在禱告中催促祂，只要人懂得順服祂的旨意。
在詩篇八十九47中， 詩人在哀求中呼喊：「你創造世人，要使他們歸何等的虛空呢！」
這也明顯與上帝創造美善的屬性相違背。加爾文指出只要人保持在溫和的界限內，克制自己的魯莽並 存心仰望上帝的旨意，上帝會容許人這樣禱告。並且，上帝不會以完全的準則來判斷詩人對上帝的投訴，因為這並不是由平靜安穩的心所發出，乃是因為強烈的困苦在人心中 所引發的沒有節制。加爾文指出，就算是我們最小心組織的禱告，也常會有失言的時候而必須上帝的赦免。因著與大衛的認同，加爾文在註釋詩篇時往往能代入詩人的哀求，甚或對上帝的埋怨，但這都在上帝的俯就中仍得到垂聽。
加爾文在《要義》中也有提到這觀念。他認為既然上帝知道我們不夠清楚自己的窮困，不曉得上帝允許我們求什麽，或那些事對我們有益，所以祂就屈就我們的無知，以我們所能明白的表達 — 主禱文，來幫助我們禱告。在主禱文中，有關我們日用的飲食的祈求是放在人的需要祈求的首位。加爾文認為：「雖然赦罪比身體的滋養重要得多，然而基督將這事項擺在第一位，為了逐漸帶領我們留意在乎屬靈生活的最後兩個事項， 主這樣是屈就我們的遲鈍。」
加爾文亦認為上帝會垂聽人有瑕疵的禱告，如動機混雜或缺乏信心的禱告。詩篇一零七6，13指上帝也會垂聽非信徒的祈禱。
【結論】
加爾文的禱告觀一直被忽視，原因之一相信是因為後來的加爾文主義者的相關論爭大都環繞著加爾文主義五要點上，而上帝的主權往往成為焦點，甚至強調到了一個地步使信徒覺得人的禱告在上帝至高的定旨下並無實質的意義。
我們從加爾文的原典中發現幾點對於信徒禱告非常重要的激勵。
首先，禱告不單是遵行上帝的吩咐，也是為了我們的好處。這並不是功利主義，乃是因在禱告中發現上帝對人慷慨的恩典而欣喜。
第二方面，加爾文不單深信我們的禱告必蒙垂聽，也確信我們的禱告對上帝的作為有一定的影響角色，在某些情況下，上帝甚至願意照祂測不透的旨意調整事情的結局，好讓聖徒的禱告至終不會落空。
當
然我們亦得留意這未必是常規，而加爾文亦必不會認同開放神論中矮化了的上帝觀。在加爾文眼中，上帝必然掌管萬事與上帝按祂的旨意回應人的禱告並沒有必然的
衝突。最後，上帝願意俯就人的軟弱，儘管我們的禱告時常混雜不當的動機或言辭，祂仍願意聆聽人不完全的禱告和哀求，並按祂的旨意回應。這成為信徒禱告的鼓
勵，人只管存敬畏上帝的心，坦然無懼地向上帝祈求。
